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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23803 | |||||||||
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タイトル | A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler | |||||||||
マップデータ | A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler | |||||||||
試料 |
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キーワード | Membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Thelot F / Liao M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Distinct allosteric mechanisms of first-generation MsbA inhibitors. 著者: François A Thélot / Wenyi Zhang / KangKang Song / Chen Xu / Jing Huang / Maofu Liao / 要旨: ATP-binding cassette (ABC) transporters couple adenosine 5′-triphosphate (ATP) hydrolysis to substrate transport across biological membranes. Although many are promising drug targets, their ...ATP-binding cassette (ABC) transporters couple adenosine 5′-triphosphate (ATP) hydrolysis to substrate transport across biological membranes. Although many are promising drug targets, their mechanisms of modulation by small-molecule inhibitors remain largely unknown. Two first-generation inhibitors of the MsbA transporter, tetrahydrobenzothiophene 1 (TBT1) and G247, induce opposite effects on ATP hydrolysis. Using single-particle cryo–electron microscopy and functional assays, we show that TBT1 and G247 bind adjacent yet separate pockets in the MsbA transmembrane domains. Two TBT1 molecules asymmetrically occupy the substrate-binding site, which leads to a collapsed inward-facing conformation with decreased distance between the nucleotide-binding domains (NBDs). By contrast, two G247 molecules symmetrically increase NBD distance in a wide inward-open state of MsbA. The divergent mechanisms of action of these MsbA inhibitors provide important insights into ABC transporter pharmacology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23803.map.gz | 6.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23803-v30.xml emd-23803.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23803.png | 79.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23803.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_23803_additional_1.map.gz | 20.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23803 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23803 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7metMC 7mewC 7ritC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10778 (タイトル: A. baumannii MsbA in complex with TBT1 / Data size: 267.1 Data #1: motion-corrected micrographs of A. baumannii MsbA in complex with TBT1 stimulator [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23803.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: unfiltered, unsharpened map
ファイル | emd_23803_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unfiltered, unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler
全体 | 名称: A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler |
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要素 |
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-超分子 #1: A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler
超分子 | 名称: A. baumannii MsbA in complex with TBT1 decoupler / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
-分子 #1: ATP-dependent lipid A-core flippase
分子 | 名称: ATP-dependent lipid A-core flippase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 67.758688 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMHHHHHHHH GGVNQDFKVY LRLISYLKPY WGVALLVLIG FGMNSATEVS VAKLIKFIID AIQNASRAD LDWFPLLIIL LVFFRGLGLF MGGYYTAVIS RSLVFSIRQE VYAKLLRLPA QYYLDNSSGH ITAKIMYNVE Q LTAASSES ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMHHHHHHHH GGVNQDFKVY LRLISYLKPY WGVALLVLIG FGMNSATEVS VAKLIKFIID AIQNASRAD LDWFPLLIIL LVFFRGLGLF MGGYYTAVIS RSLVFSIRQE VYAKLLRLPA QYYLDNSSGH ITAKIMYNVE Q LTAASSES LKTIVRDGMI TLGLLGYLFY TNWRLTICIM VFLPIIGILV RKASKRMRKL SMQVQDTMGD VNHVVQESIN GN AVVKSFA GEESEQERFY KSSEENLKRG LKMVIVQNLN SPVVQVVMAC AMALIVWLAL RPQILGNTTA GEFVAYITAA GLL SKPVKN LTDVNEKLQR GLAAAHSVFE LLDLPEEQNS GELKPQLQGA IRFDHVVLNY ADGTQAIKDF SLDIRPGETV ALVG RSGAG KTSLVNMLVR FQEVSSGQIY LDDLPIRDIE LSSLRTQIAM VNQQVVLFNR TVRENIAYGQ LHNASDEDVI AAAKA AYAH DFIMNLPNGY DTVLGAQGLN LSGGQRQRIA IARAILKNAP ILILDEATSA LDNESEHFIQ QAFDEAMQDR TTIVIA HRL STIENADRIV VMDRGQIVEQ GTHQELLAKH GAYYQLHQRN FEDH UniProtKB: Lipid A export permease/ATP-binding protein MsbA |
-分子 #2: 2-(4-chlorobenzamido)-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carbo...
分子 | 名称: 2-(4-chlorobenzamido)-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carboxylic acid タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: Z5G |
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分子量 | 理論値: 335.805 Da |
Chemical component information | ChemComp-Z5G: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67714 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |