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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14249 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of T20S proteasome at 3A from Tundra, 100kV microscope | |||||||||
マップデータ | CryoEM structure of T20S proteasome at 3A from Tundra, 100kV microscope | |||||||||
試料 |
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キーワード | Enzyme / CELL CYCLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermoplasma acidophilum (好酸性) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Karia D / Koh AF / Yu L / Kotecha A | |||||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of T20S proteasome at 3A from Tundra, 100kV microscope 著者: Karia D / Koh AF / Yu L / Kotecha A | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14249.map.gz | 9.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14249-v30.xml emd-14249.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14249_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14249.png | 231.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14249.cif.gz | 3.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14249 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14249 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14249_validation.pdf.gz | 436.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14249_full_validation.pdf.gz | 436.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14249_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14249_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14249 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14249 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10961 (タイトル: CryoEM structure of T20S proteasome at 3A from Tundra, 100kV microscope Data size: 2.8 TB Data #1: T20S imaged on 100kV Tundra [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14249.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of T20S proteasome at 3A from Tundra, 100kV microscope | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.374 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
全体 | 名称: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome |
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要素 |
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-超分子 #1: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
超分子 | 名称: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) |
分子量 | 理論値: 700 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TUNDRA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5176 / 平均露光時間: 1.35 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 180000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |