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- EMDB-12681: Cryo-EM structure of the RC-dLH complex (model_1b) from Gemmatimo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12681
タイトルCryo-EM structure of the RC-dLH complex (model_1b) from Gemmatimonas phototrophica at 2.47 A
マップデータ
試料
  • 複合体: RC-dLH model_1b
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 16種
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / Photosynthetic reaction centre, L subunit / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Reaction center protein L chain / Uncharacterized protein / Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein / Light-harvesting protein B:885 subunit beta / Photosynthetic reaction centre H subunit N-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Qian P / Koblizek M
資金援助 チェコ, 英国, European Union, 7件
OrganizationGrant number国
Czech Science Foundation19-28778X,19-28323X チェコ
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M000265/1 英国
European Research Council (ERC)854126European Union
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000441 チェコ
Wellcome TrustWellcome Trust 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC UP 120117 英国
Royal SocietyUF160039 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: 2.4-Å structure of the double-ring photosystem.
著者: Pu Qian / Alastair T Gardiner / Ivana Šímová / Katerina Naydenova / Tristan I Croll / Philip J Jackson / Nupur / Miroslav Kloz / Petra Čubáková / Marek Kuzma / Yonghui Zeng / Pablo ...著者: Pu Qian / Alastair T Gardiner / Ivana Šímová / Katerina Naydenova / Tristan I Croll / Philip J Jackson / Nupur / Miroslav Kloz / Petra Čubáková / Marek Kuzma / Yonghui Zeng / Pablo Castro-Hartmann / Bart van Knippenberg / Kenneth N Goldie / David Kaftan / Pavel Hrouzek / Jan Hájek / Jon Agirre / C Alistair Siebert / David Bína / Kasim Sader / Henning Stahlberg / Roman Sobotka / Christopher J Russo / Tomáš Polívka / C Neil Hunter / Michal Koblížek /
要旨: Phototrophic Gemmatimonadetes evolved the ability to use solar energy following horizontal transfer of photosynthesis-related genes from an ancient phototrophic proteobacterium. The electron cryo- ...Phototrophic Gemmatimonadetes evolved the ability to use solar energy following horizontal transfer of photosynthesis-related genes from an ancient phototrophic proteobacterium. The electron cryo-microscopy structure of the photosystem at 2.4 Å reveals a unique, double-ring complex. Two unique membrane-extrinsic polypeptides, RC-S and RC-U, hold the central type 2 reaction center (RC) within an inner 16-subunit light-harvesting 1 (LH1) ring, which is encircled by an outer 24-subunit antenna ring (LHh) that adds light-gathering capacity. Femtosecond kinetics reveal the flow of energy within the RC-dLH complex, from the outer LHh ring to LH1 and then to the RC. This structural and functional study shows that has independently evolved its own compact, robust, and highly effective architecture for harvesting and trapping solar energy.
履歴
登録2021年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2022年3月16日-
現状2022年3月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0233
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0233
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7o0w
  • 表面レベル: 0.0233
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12681.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12681.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 400 pix.
= 399.784 Å		1 Å/pix.
x 400 pix.
= 399.784 Å		1 Å/pix.
x 400 pix.
= 399.784 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.99946 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0233 / ムービー #1: 0.0233
最小 - 最大-0.05780759 - 0.19917065
平均 (標準偏差)0.0005252084 (±0.0042050234)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 399.784 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.999460.999460.99946
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z399.784399.784399.784
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0580.1990.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RC-dLH model_1b

全体名称: RC-dLH model_1b
要素
  • 複合体: RC-dLH model_1b
    • タンパク質・ペプチド: LHh-alpha
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B:885 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: MULTIHEME_CYTC domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: RC-S
    • タンパク質・ペプチド: RC-U
    • タンパク質・ペプチド: PRCH domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: RC-Hc
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center L subunit
    • タンパク質・ペプチド: RC-M
    • タンパク質・ペプチド: LHC domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: LHC domain-containing protein
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: (2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{Z},24~{E},26~{E},28~{E})-23-methanoyl-31-methoxy-2,6,10,14,19,27,31-heptamethyl-dotriaconta-2,4,6,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-tridecaenoic acid
  • リガンド: (19R,22S)-25-amino-22-hydroxy-22-oxido-16-oxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphapentacosan-19-yl (9Z)-hexadec-9-enoate
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: (2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-4,5-diacetyloxy-3-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: MENAQUINONE 8
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
  • リガンド: [(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-(12-methyltridecanoyloxy)propyl] 12-methyltridecanoate
  • リガンド: [(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-octadecanoyloxy-propyl] octadecanoate
  • リガンド: water

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超分子 #1: RC-dLH model_1b

超分子名称: RC-dLH model_1b / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
詳細: Reaction centre light harvesting complex (model_1b) from Gemmatimonas phototrophic AP64
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア) / 株: AP64
分子量理論値: 800 KDa

+
分子 #1: LHh-alpha

分子名称: LHh-alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
分子量理論値: 6.061153 KDa
配列文字列:
(FME)HRIWMGTDP HIIMSALGSF LVGAVLVMHI WAYGQFNWPA TLKAKYATPP AATR

+
分子 #2: Light-harvesting protein B:885 subunit beta

分子名称: Light-harvesting protein B:885 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 40 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
分子量理論値: 5.084809 KDa
配列文字列:
MSEKGGMTEE EARRFHGYMV TGTLGYVVVA SVAHFLAWSW RPWF

+
分子 #3: MULTIHEME_CYTC domain-containing protein

分子名称: MULTIHEME_CYTC domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
分子量理論値: 38.457609 KDa
配列文字列: MVPVSLLTLG ACGDAATDTV QVGYRGTAME QNYDHGDLKT KFAQVKLPQS PPPAGESPPG PLPWKNVQVL NDISIAEFNR TMIAMSTWV AGTGNCAYCH NVAAFQDDTL PNGKPLYTKI VARRMLQMTR NINGNYSQHV KNTGVTCYTC HMGKPLPNGL W FYSSQTDY ...文字列:
MVPVSLLTLG ACGDAATDTV QVGYRGTAME QNYDHGDLKT KFAQVKLPQS PPPAGESPPG PLPWKNVQVL NDISIAEFNR TMIAMSTWV AGTGNCAYCH NVAAFQDDTL PNGKPLYTKI VARRMLQMTR NINGNYSQHV KNTGVTCYTC HMGKPLPNGL W FYSSQTDY LRHYLDRDGA RVITQGVAPS NANRSSTKQA EWTYALMISQ SRSLGVNCTY CHNTRQFASW REAPPARVTA YH GILMLRD VNQNYLAPLQ PVYPAVRLGA MGDAPKAQCV TCHNGAYKPL YGAQMAKDFP AMWGRADWNG VPFPGIMRVA ADS TKTDST VVAAPAAAPA QRTSARPGSV TTPVGGVN

+
分子 #4: RC-S

分子名称: RC-S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
分子量理論値: 21.079074 KDa
配列文字列: MPASPSPLPR SSRVRNAAVV VALVAVGLAA RGRDAQGTQP PVAPPAAPTA TAAPDLAVQD STKADSTAVA DTLMDLSMVM AAEAAAATV TTAPVAVAPT AWPVDPTTGQ TLINGRPVVG RVFIMRKTDG TVKYPNVADV VAHEALAPLP PVVGSSYQQA P ITNQRRMR ...文字列:
MPASPSPLPR SSRVRNAAVV VALVAVGLAA RGRDAQGTQP PVAPPAAPTA TAAPDLAVQD STKADSTAVA DTLMDLSMVM AAEAAAATV TTAPVAVAPT AWPVDPTTGQ TLINGRPVVG RVFIMRKTDG TVKYPNVADV VAHEALAPLP PVVGSSYQQA P ITNQRRMR GIMIQSTLWD MDRKRSATRQ RYYPASTPAN QLGQ

+
分子 #5: RC-U

分子名称: RC-U / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
分子量理論値: 13.656403 KDa
配列文字列:
MNMHSSDATV SIPDDIDLIL VDSVPVNDGI WAWYGIDDDR PMAAWSRFHA TRCVEQLAIN RARVGAAEWA LADVQARGIV PCIAKAAAH LARARAELAD WEAQGHRLEA ARKVTPGAWT TPVIES

+
分子 #6: PRCH domain-containing protein

分子名称: PRCH domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
分子量理論値: 7.854894 KDa
配列文字列:
(FME)MEYIDGAQI ALYAFWLFFF GLIIYLRRED KREGYPLESP QGPRDGWPKG APKKTYVHRD HGGEGTH

+
分子 #7: RC-Hc

分子名称: RC-Hc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
分子量理論値: 20.022566 KDa
配列文字列:
MSDVKFVPAD NYNGSPIIPT GNPMIDGVGP ASWAEDRRDE PDLTYHGSHK IVPMRLDPTF SIAKGDPDPR GLPVIAADKQ VAGTVVELW VNRSEPQVSY YEVQLASGER RVLLPTGYVQ WPNFGLWGND KLLVKSITAA QFANVPATKR DDQITLLEED K ICAYYAGG HMYAFAERSQ PII

+
分子 #8: Photosynthetic reaction center L subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center L subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
分子量理論値: 30.581662 KDa
配列文字列: MAMLSFEKKY RVRGGTLIGG DLFDFWFGPF YVGFFGVTTI FFVTLGTLLC VWGAAMGPTW NLWQINIAPP DLKYGLGLAP LREGGLWQI ITLCALGAFG SWALRQAEIA RKLGMGMHIP WAYGGAILAY TTLVVIRPFL LGAWGHGFPY GIFSHLDWVS N VGYQYLHF ...文字列:
MAMLSFEKKY RVRGGTLIGG DLFDFWFGPF YVGFFGVTTI FFVTLGTLLC VWGAAMGPTW NLWQINIAPP DLKYGLGLAP LREGGLWQI ITLCALGAFG SWALRQAEIA RKLGMGMHIP WAYGGAILAY TTLVVIRPFL LGAWGHGFPY GIFSHLDWVS N VGYQYLHF HYNPAHMIAV TFFFTNCLAL AMHGSLILSV TNPPKGTPTG TSEQENVFFR DLLGYSIGAI GIHRLGLFLA VG AAVWSAI CIVISGPFWT QGWPEWWNWW LNLPIWK

+
分子 #9: RC-M

分子名称: RC-M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
分子量理論値: 41.154074 KDa
配列文字列: MLEYQNLFTR VQVRTVPEPG IPIDESTGTR YGTGTFSYLA GKFGDAQIGP IYLGWAGVLS LIFGFIAIEI IGLNMWASVG WDPVEFIRQ LPWLALEPPP PQYGLRVPPL NQGGWYLMAG FFLTVSIILW WIRIYRRARA LQMGSHLPWA FASAIFLYST F FFQPLLVG ...文字列:
MLEYQNLFTR VQVRTVPEPG IPIDESTGTR YGTGTFSYLA GKFGDAQIGP IYLGWAGVLS LIFGFIAIEI IGLNMWASVG WDPVEFIRQ LPWLALEPPP PQYGLRVPPL NQGGWYLMAG FFLTVSIILW WIRIYRRARA LQMGSHLPWA FASAIFLYST F FFQPLLVG SWSEMVPFGI FPHLDWTSAF SIRYGNLYYN PFHALSIAFL YGSAVLFAMH GATILAVARM GGEREIEQIT DR GTAAERS MLFWRWCMGF NATMESIHRW AWWFAVLTTF TGGIGILLTG TVVDNWYLWG VKHGLVAPYP AQNQLTPEQQ DLL RGRYQG TAPDSFPSYV VPQNATMPDT AAAPIVTDSI TTDSTKTGGT Q

+
分子 #10: LHC domain-containing protein

分子名称: LHC domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
分子量理論値: 7.695042 KDa
配列文字列:
MHRIWLMYDP RRVMVALVGF LAVLALVIHF VLLSSQRYSW IENGTLGADQ APVGASAPAA AAEMSPLPPG R

+
分子 #11: LHC domain-containing protein

分子名称: LHC domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
分子量理論値: 7.723052 KDa
配列文字列:
(FME)HRIWLMYDP RRVMVALVGF LAVLALVIHF VLLSSQRYSW IENGTLGADQ APVGASAPAA AAEMSPLPPG R

+
分子 #13: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 108 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #14: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 123 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #15: (2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{...

分子名称: (2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{Z},24~{E},26~{E},28~{E})-23-methanoyl-31-methoxy-2,6,10,14,19,27,31-heptamethyl-dotriaconta-2,4,6,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-tridecaenoic acid
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 40 / 式: V7N
分子量理論値: 610.865 Da
Chemical component information

ChemComp-V7N:
(2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{Z},24~{E},26~{E},28~{E})-23-methanoyl-31-methoxy-2,6,10,14,19,27,31-heptamethyl-dotriaconta-2,4,6,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-tridecaenoic acid

+
分子 #16: (19R,22S)-25-amino-22-hydroxy-22-oxido-16-oxo-17,21,23-trioxa-22l...

分子名称: (19R,22S)-25-amino-22-hydroxy-22-oxido-16-oxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphapentacosan-19-yl (9Z)-hexadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 20 / 式: 0V9
分子量理論値: 689.943 Da
Chemical component information

ChemComp-0V9:
(19R,22S)-25-amino-22-hydroxy-22-oxido-16-oxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphapentacosan-19-yl (9Z)-hexadec-9-enoate

+
分子 #17: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #18: (2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-4,5-diacetyloxy-3-oxidanyl-oxane-2-carb...

分子名称: (2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-4,5-diacetyloxy-3-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: V75
分子量理論値: 262.213 Da
Chemical component information

ChemComp-V75:
(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-4,5-diacetyloxy-3-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid

+
分子 #19: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: NDG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NDG:
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-アセチル-α-D-グルコサミン

+
分子 #20: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: PGW
分子量理論値: 749.007 Da

+
分子 #21: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(te...

分子名称: (2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 6 / 式: CD4
分子量理論値: 1.241633 KDa
Chemical component information

ChemComp-CD4:
(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate / テトラミリストイルカルジオリピン

+
分子 #22: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #23: MENAQUINONE 8

分子名称: MENAQUINONE 8 / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 3 / 式: MQ8
分子量理論値: 717.116 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ8:
MENAQUINONE 8

+
分子 #24: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #25: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

+
分子 #26: [(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-[...

分子名称: [(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-(12- ...名称: [(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-(12-methyltridecanoyloxy)propyl] 12-methyltridecanoate
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: V7B
分子量理論値: 837.086 Da
Chemical component information

ChemComp-V7B:
[(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-(12-methyltridecanoyloxy)propyl] 12-methyltridecanoate

+
分子 #27: [(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4...

分子名称: [(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-octadecanoyloxy-propyl] octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: UYH
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-UYH:
[(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-octadecanoyloxy-propyl] octadecanoate

+
分子 #28: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 406 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris.Cl
0.02 %DDM

詳細: The final purified complex is in 20mM Tris.Cl, 0.025 DDM, PH 8.0 buffer.
グリッドモデル: Homemade / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 30.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Talmon type.
詳細The protein complex was isolated from photosynthetic membrane using detergent beta-DDM. After purification, concentrated protein sample solution was stored in LN before using.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19865 / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 24.8 e/Å2
詳細: All movies were recorded from a HexAuFoil grid with a special EPU version, which can recognise 300 nm holes on the grid.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1517482
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: 2D classes obtained form RELION calculation were used to built up a initial 3D model using EMAN2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 100616
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1lgh

,

5y5s

,

6et5

)
詳細ISOLDE incorporated in ChimeraX was used.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 30
得られたモデル

PDB-7o0w:
Cryo-EM structure of the RC-dLH complex (model_1b) from Gemmatimonas phototrophica at 2.47 A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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