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万見
- EMDB-12484: Cryo-EM structure of the folate-specific ECF transporter complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12484
タイトルCryo-EM structure of the folate-specific ECF transporter complex in MSP2N2 lipid nanodiscs
マップデータInward-facing apo conformation of the folate-specific ECF transporter complex in MSP2N2 lipid nanodiscs at 2.7 A resolution sharpened at -44 A^2.
試料
  • 複合体: Folate-specific ECF transporter complex
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
    • タンパク質・ペプチド: Conserved hypothetical membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
  • リガンド: water水
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ECF transporter S component, folate family / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit ...ECF transporter S component, folate family / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Conserved hypothetical membrane protein / Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (strain ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778) (ラクトバチルス・デルブルエッキイー)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Thangaratnarajah C / Rheinberger J / Paulino C / Slotboom DJ
資金援助 オランダ, 4件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)714.018.003 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)722.017.001 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)740.018.016 オランダ
European Union (EU)847675 オランダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Insights into the bilayer-mediated toppling mechanism of a folate-specific ECF transporter by cryo-EM.
著者: Chancievan Thangaratnarajah / Jan Rheinberger / Cristina Paulino / Dirk J Slotboom /
要旨: Energy-coupling factor (ECF)-type transporters are small, asymmetric membrane protein complexes (∼115 kDa) that consist of a membrane-embedded, substrate-binding protein (S component) and a ...Energy-coupling factor (ECF)-type transporters are small, asymmetric membrane protein complexes (∼115 kDa) that consist of a membrane-embedded, substrate-binding protein (S component) and a tripartite ATP-hydrolyzing module (ECF module). They import micronutrients into bacterial cells and have been proposed to use a highly unusual transport mechanism, in which the substrate is dragged across the membrane by a toppling motion of the S component. However, it remains unclear how the lipid bilayer could accommodate such a movement. Here, we used cryogenic electron microscopy at 200 kV to determine structures of a folate-specific ECF transporter in lipid nanodiscs and detergent micelles at 2.7- and 3.4-Å resolution, respectively. The structures reveal an irregularly shaped bilayer environment around the membrane-embedded complex and suggest that toppling of the S component is facilitated by protein-induced membrane deformations. In this way, structural remodeling of the lipid bilayer environment is exploited to guide the transport process.
履歴
登録2021年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月18日-
マップ公開2021年8月18日-
更新2021年9月22日-
現状2021年9月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nnu
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12484.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Inward-facing apo conformation of the folate-specific ECF transporter complex in MSP2N2 lipid nanodiscs at 2.7 A resolution sharpened at -44 A^2.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.771 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0209 / ムービー #1: 0.0209
最小 - 最大-0.08072819 - 0.13810913
平均 (標準偏差)3.075442e-06 (±0.0034847322)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 296.06403 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.7710.7710.771
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.064296.064296.064
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ540540540
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0810.1380.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12484_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map obtained with LocalDeblur used for model...

ファイルemd_12484_additional_1.map
注釈Sharpened map obtained with LocalDeblur used for model building and figures.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 used during refinement and FSC...

ファイルemd_12484_half_map_1.map
注釈Half map 1 used during refinement and FSC gold-standard resolution calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 used during refinement and FSC...

ファイルemd_12484_half_map_2.map
注釈Half map 2 used during refinement and FSC gold-standard resolution calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Folate-specific ECF transporter complex

全体名称: Folate-specific ECF transporter complex
要素
  • 複合体: Folate-specific ECF transporter complex
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
    • タンパク質・ペプチド: Conserved hypothetical membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Folate-specific ECF transporter complex

超分子名称: Folate-specific ECF transporter complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (strain ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778) (ラクトバチルス・デルブルエッキイー)
株: ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 組換プラスミド: p2BAD

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分子 #1: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1

分子名称: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: トランスロカーゼ
由来(天然)生物種: Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (strain ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778) (ラクトバチルス・デルブルエッキイー)
株: ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778
分子量理論値: 33.166418 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHHHH HGENLYFQGS DNIISFDHVT FTYPDSPRPA LSDLSFAIER GSWTALIGHN GSGKSTVSKL INGLLAPDDL DKSSITVDG VKLGADTVWE VREKVGIVFQ NPDNQFVGAT VSDDVAFGLE NRAVPRPEML KIVAQAVADV GMADYADSEP S NLSGGQKQ ...文字列:
MHHHHHHHHH HGENLYFQGS DNIISFDHVT FTYPDSPRPA LSDLSFAIER GSWTALIGHN GSGKSTVSKL INGLLAPDDL DKSSITVDG VKLGADTVWE VREKVGIVFQ NPDNQFVGAT VSDDVAFGLE NRAVPRPEML KIVAQAVADV GMADYADSEP S NLSGGQKQ RVAIAGILAV KPQVIILDES TSMLDPEGKE QILDLVRKIK EDNNLTVISI THDLEEAAGA DQVLVLDDGQ LL DQGKPEE IFPKVEMLKR IGLDIPFVYR LKQLLKERGI VLPDEIDDDE KLVQSLWQLN SKM

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分子 #2: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2

分子名称: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
由来(天然)生物種: Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (strain ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778) (ラクトバチルス・デルブルエッキイー)
株: ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778
分子量理論値: 31.672156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列: MAIKFENVSY VYSPGSPLEA IGLDQLNFSL EEGKFIALVG HTGSGKSTLM QHFNALLKPT SGKIEIAGYT ITPETGNKGL KDLRRKVSL AFQFSEAQLF ENTVLKDVEY GPRNFGFSED EAREAALKWL KKVGLKDDLI EHSPFDLSGG QMRRVALAGV L AYEPEIIC ...文字列:
MAIKFENVSY VYSPGSPLEA IGLDQLNFSL EEGKFIALVG HTGSGKSTLM QHFNALLKPT SGKIEIAGYT ITPETGNKGL KDLRRKVSL AFQFSEAQLF ENTVLKDVEY GPRNFGFSED EAREAALKWL KKVGLKDDLI EHSPFDLSGG QMRRVALAGV L AYEPEIIC LDEPAAGLDP MGRLEMMQLF KDYQAAGHTV ILVTHNMDDV ADYADDVLAL EHGRLIKHAS PKEVFKDSEW LQ KHHLAEP RSARFAAKLE AAGLKLPGQP LTMPELADAI KQSLKGGEHE

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分子 #3: Conserved hypothetical membrane protein

分子名称: Conserved hypothetical membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (strain ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778) (ラクトバチルス・デルブルエッキイー)
株: ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778
分子量理論値: 20.483604 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列:
MKSESKVSSK LELRELVLLA MVIAIKVILG QFKVGNATLQ VGLGFIGSVM LGYLFGPWWG FAGGALSDLV SSVIFGNLGG FFIGFTLTA ALGPMIYGFF LYKQPIQIWR VIASVICVTV ICNIGLNTLW VSMMYGINFM VALSSRILKE MITPWIQMVA V WFILEGLS RVKLSRKFWS HPQFEK

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分子 #4: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT

分子名称: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (strain ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778) (ラクトバチルス・デルブルエッキイー)
株: ATCC 11842 / DSM 20081 / JCM 1002 / NBRC 13953 / NCIMB 11778
分子量理論値: 30.290283 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列: MSKIIIGRYL PGTTFVYRVD PRAKLLTTFY FIIMIFLANN WVSYLVISIF GLAYVFATGL KARVFWDGVK PMIWMIVFTS LLQTFFMAG GKVYWHWWIF TLSSEGLING LYVFIRFAMI ILVSTVMTVT TKPLEIADAM EWMLTPLKLF KVNVGMISLV I SIALRFVP ...文字列:
MSKIIIGRYL PGTTFVYRVD PRAKLLTTFY FIIMIFLANN WVSYLVISIF GLAYVFATGL KARVFWDGVK PMIWMIVFTS LLQTFFMAG GKVYWHWWIF TLSSEGLING LYVFIRFAMI ILVSTVMTVT TKPLEIADAM EWMLTPLKLF KVNVGMISLV I SIALRFVP TLFDQTVKIM NAQRSRGADF NDGGLVKRAK SVVPMLVPLF IDSLEVALDL STAMESRGYK GSEGRTRYRI LE WSKVDLI PVAYCLLLTI LMITTRKH

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 35 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7.9 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 5 mA
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 2.9 mM fluorinated Fos-choline 8 was added prior to sample application onto grids. Grids were blotted for 3-4 sec..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 165000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 4722 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 51.1 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1362547
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.13)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model generated by the stochastic gradient decent (SGD) method.
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-beta)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-beta)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-beta) / 使用した粒子像数: 166524
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7nnt

chain_id: A

7nnt

chain_id: B

7nnt

chain_id: C

7nnt

chain_id: D
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7nnu:
Cryo-EM structure of the folate-specific ECF transporter complex in MSP2N2 lipid nanodiscs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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