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万見
- EMDB-1200: Automated cryoEM data acquisition and analysis of 284742 particle... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1200
タイトルAutomated cryoEM data acquisition and analysis of 284742 particles of GroEL.
マップデータThis is a three-dimensional volume of GroEL reconstructed to 7.8 Angstroms resolution
試料
  • 試料: E.coli GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroEL
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Stagg SM / Pulokas J / Fellmann D / Cheng A / Quispe JD / Mallick SP / Avila RM / Carragher B / Potter CS
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2006
タイトル: Automated cryoEM data acquisition and analysis of 284742 particles of GroEL.
著者: Scott M Stagg / Gabriel C Lander / James Pulokas / Denis Fellmann / Anchi Cheng / Joel D Quispe / Satya P Mallick / Radomir M Avila / Bridget Carragher / Clinton S Potter /
要旨: One of the goals in developing our automated electron microscopy data acquisition system, Leginon, was to improve both the ease of use and the throughput of the process of acquiring low dose images ...One of the goals in developing our automated electron microscopy data acquisition system, Leginon, was to improve both the ease of use and the throughput of the process of acquiring low dose images of macromolecular specimens embedded in vitreous ice. In this article, we demonstrate the potential of the Leginon system for high-throughput data acquisition by describing an experiment in which we acquired images of more than 280,000 particles of GroEL in a single 25 h session at the microscope. We also demonstrate the potential for an automated pipeline for molecular microscopy by showing that these particles can be subjected to completely automated procedures to reconstruct a three-dimensional (3D) density map to a resolution better than 8 A. In generating the 3D maps, we used a variety of metadata associated with the data acquisition and processing steps to sort and select the particles. These metadata provide a number of insights into factors that affect the quality of the acquired images and the resulting reconstructions. In particular, we show that the resolution of the reconstructed 3D density maps improves with decreasing ice thickness. These data provide a basis for assessing the capabilities of high-throughput macromolecular microscopy.
履歴
登録2006年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年3月1日-
マップ公開2006年7月1日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1200.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a three-dimensional volume of GroEL reconstructed to 7.8 Angstroms resolution
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.263 Å
密度
表面レベル1: 1.84 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-5.45532 - 7.65301
平均 (標準偏差)-0.000000000562777 (±0.735104)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-56-56-56
サイズ112112112
Spacing112112112
セルA=B=C: 253.456 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.2632.2632.263
M x/y/z112112112
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z253.456253.456253.456
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-80-80-79
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-56-56-56
NC/NR/NS112112112
D min/max/mean-5.4557.653-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E.coli GroEL

全体名称: E.coli GroEL
要素
  • 試料: E.coli GroEL
  • タンパク質・ペプチド: GroEL

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超分子 #1000: E.coli GroEL

超分子名称: E.coli GroEL / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homotetradecamer / Number unique components: 1
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa / 手法: Calculated molecular weight from sequence

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分子 #1: GroEL

分子名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 集合状態: homotetradecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: E.coli / 細胞中の位置: cytosol
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 100mM Hepes, 10mM Mg(OAc)2, 10mM KOAc, 2mM DTT
グリッド詳細: Protochips C-flat grid: holey carbon with 2um holes and 2um spacing 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot. Grid plasma cleaned for 20s with Fischione 1020 plasma cleaner using 75% Argon 25% Oxygen mix.
手法: Temperature of chamber was 4 degrees C. 0 seconds drain time. Single blot. 0 mm offset. 4 ul sample applied to grid. Blot for 3.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 94 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 50,000X magnification
日付2005年5月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 552 / 平均電子線量: 11.5 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.28 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 side entry cryo-stage / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The images were acquired using the Leginon automated data aquisition system. The particles were automatically selected using the Selexon package. The CTF was automatically estimated using the ACE package
CTF補正詳細: Phase correction for each particle. Amplitude correction for the final volume
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 158390
最終 2次元分類クラス数: 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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