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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11516 | ||||||||||||
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タイトル | LH2 complex from Marichromatium purpuratum | ||||||||||||
![]() | A cryo-EM map of the light harvesting complex 2 (LH2) from a photosynthetic bacterium Marichromatium purpuratum. | ||||||||||||
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![]() | photosynthesis / purple bacteria / light harvesting complex / Marichromatium purpuratum / okenone. | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() : / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å | ||||||||||||
![]() | Gardiner AT / Naydenova K | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The 2.4 Å cryo-EM structure of a heptameric light-harvesting 2 complex reveals two carotenoid energy transfer pathways. 著者: Alastair T Gardiner / Katerina Naydenova / Pablo Castro-Hartmann / Tu C Nguyen-Phan / Christopher J Russo / Kasim Sader / C Neil Hunter / Richard J Cogdell / Pu Qian / ![]() ![]() 要旨: We report the 2.4 Ångström resolution structure of the light-harvesting 2 (LH2) complex from () determined by cryogenic electron microscopy. The structure contains a heptameric ring that is ...We report the 2.4 Ångström resolution structure of the light-harvesting 2 (LH2) complex from () determined by cryogenic electron microscopy. The structure contains a heptameric ring that is unique among all known LH2 structures, explaining the unusual spectroscopic properties of this bacterial antenna complex. We identify two sets of distinct carotenoids in the structure and describe a network of energy transfer pathways from the carotenoids to bacteriochlorophyll molecules. The geometry imposed by the heptameric ring controls the resonant coupling of the long-wavelength energy absorption band. Together, these details reveal key aspects of the assembly and oligomeric form of purple bacterial LH2 complexes that were previously inaccessible by any technique. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 32 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 189.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6zxaMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 12.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of purple bacterial LH2 on HexAuFoil supports [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | A cryo-EM map of the light harvesting complex 2 (LH2) from a photosynthetic bacterium Marichromatium purpuratum. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.646 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Light harvesting complex 2 (LH2)
全体 | 名称: Light harvesting complex 2 (LH2) |
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要素 |
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-超分子 #1: Light harvesting complex 2 (LH2)
超分子 | 名称: Light harvesting complex 2 (LH2) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: The LH2 complex from Mar. purpuratum forms a circular heptameter. Each subunit consists of an alpha/beta pair, in which all pigment molecules, three Bchl a and two carotenoids are bound non-covalently. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 110 KDa |
-分子 #1: LHC domain-containing protein
分子 | 名称: LHC domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.015369 KDa |
配列 | 文字列: MKVPVMMADE SIATINHPED DWKIWTVINP ATWMVPFFGI LFVQMWLIHS YALSLPGYGF KDSVRVAQPA UniProtKB: LHC domain-containing protein |
-分子 #2: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
分子 | 名称: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.554275 KDa |
配列 | 文字列: ADPKAANLSG LTDAQAKEFH EHWKHGVWSW VMIASAVHVV TWIYQPWF UniProtKB: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta |
-分子 #3: BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子 | 名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 21 / 式: BCL |
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分子量 | 理論値: 911.504 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-BCL: |
-分子 #4: 9-cis-okenone
分子 | 名称: 9-cis-okenone / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: QS2 |
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分子量 | 理論値: 578.866 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-QS2: |
-分子 #5: all-trans okenone
分子 | 名称: all-trans okenone / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: QSE |
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分子量 | 理論値: 578.866 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-QSE: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM/L / 構成要素 - 名称: Tris.HCl 詳細: The final buffer contains 0.02 % n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside (DDM) |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.0067 kPa / 詳細: Fischione 1070 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Blowing time, 10.0 sec.. |
詳細 | The sample was mono disperse with detergent beta-DDM. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9543 / 平均露光時間: 0.29 sec. / 平均電子線量: 43.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.4 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 22.55 | ||||||
得られたモデル | ![]() PDB-6zxa: |