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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10564 | |||||||||
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タイトル | Beta-galactosidase in complex with L-ribose | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bgal / L-ribose / SUGAR BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human alphaherpesvirus 1 strain RH2 (ヘルペスウイルス) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Saur M / Hartshorn MJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Drug Discov Today / 年: 2020 タイトル: Fragment-based drug discovery using cryo-EM. 著者: Michael Saur / Michael J Hartshorn / Jing Dong / Judith Reeks / Gabor Bunkoczi / Harren Jhoti / Pamela A Williams / 要旨: Recent advances in electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure determination have pushed the resolutions obtainable by the method into the range widely considered to be of utility for drug discovery. ...Recent advances in electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure determination have pushed the resolutions obtainable by the method into the range widely considered to be of utility for drug discovery. Here, we review the use of cryo-EM in fragment-based drug discovery (FBDD) based on in-house method development. We demonstrate not only that cryo-EM can reveal details of the molecular interactions between fragments and a protein, but also that the current reproducibility, quality, and throughput are compatible with FBDD. We exemplify this using the test system β-galactosidase (Bgal) and the oncology target pyruvate kinase 2 (PKM2). | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10564.map.gz | 14.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10564-v30.xml emd-10564.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10564.png | 169 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10564.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_10564_additional_1.map.gz emd_10564_additional_2.map.gz emd_10564_additional_3.map.gz | 261.6 MB 261.3 MB 308.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10564 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10564 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10564_validation.pdf.gz | 258.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10564_full_validation.pdf.gz | 257.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10564_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10564 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10564 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6tskMC 6tshC 6tteC 6ttfC 6tthC 6ttiC 6ttqC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10646 (タイトル: Beta-galactosidase in complex with L-ribose / Data size: 669.1 Data #1: Data from EPU (movies have been converted to compressed TIF) [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10564.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Relion auto-refine half map 2
ファイル | emd_10564_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion auto-refine half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Relion auto-refine half map 1
ファイル | emd_10564_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion auto-refine half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Relion post-process unmasked map
ファイル | emd_10564_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion post-process unmasked map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Beta-galactosidase
全体 | 名称: Beta-galactosidase |
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要素 |
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-超分子 #1: Beta-galactosidase
超分子 | 名称: Beta-galactosidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain RH2 (ヘルペスウイルス) |
分子量 | 理論値: 464 KDa |
-分子 #1: Beta-galactosidase
分子 | 名称: Beta-galactosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: beta-galactosidase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 118.395336 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MLEDPVVLQR RDWENPGVTQ LNRLAAHPPF ASWRNSEEAR TDRPSQQLRS LNGEWRFAWF PAPEAVPES WLECDLPEAD TVVVPSNWQM HGYDAPIYTN VTYPITVNPP FVPTENPTGC YSLTFNVDES WLQEGQTRII F DGVNSAFH ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MLEDPVVLQR RDWENPGVTQ LNRLAAHPPF ASWRNSEEAR TDRPSQQLRS LNGEWRFAWF PAPEAVPES WLECDLPEAD TVVVPSNWQM HGYDAPIYTN VTYPITVNPP FVPTENPTGC YSLTFNVDES WLQEGQTRII F DGVNSAFH LWCNGRWVGY GQDSRLPSEF DLSAFLRAGE NRLAVMVLRW SDGSYLEDQD MWRMSGIFRD VSLLHKPTTQ IS DFHVATR FNDDFSRAVL EAEVQMCGEL RDYLRVTVSL WQGETQVASG TAPFGGEIID ERGGYADRVT LRLNVENPKL WSA EIPNLY RAVVELHTAD GTLIEAEACD VGFREVRIEN GLLLLNGKPL LIRGVNRHEH HPLHGQVMDE QTMVQDILLM KQNN FNAVR CSHYPNHPLW YTLCDRYGLY VVDEANIETH GMVPMNRLTD DPRWLPAMSE RVTRMVQRDR NHPSVIIWSL GNESG HGAN HDALYRWIKS VDPSRPVQYE GGGADTTATD IICPMYARVD EDQPFPAVPK WSIKKWLSLP GETRPLILCE YAHAMG NSL GGFAKYWQAF RQYPRLQGGF VWDWVDQSLI KYDENGNPWS AYGGDFGDTP NDRQFCMNGL VFADRTPHPA LTEAKHQ QQ FFQFRLSGQT IEVTSEYLFR HSDNELLHWM VALDGKPLAS GEVPLDVAPQ GKQLIELPEL PQPESAGQLW LTVRVVQP N ATAWSEAGHI SAWQQWRLAE NLSVTLPAAS HAIPHLTTSE MDFCIELGNK RWQFNRQSGF LSQMWIGDKK QLLTPLRDQ FTRAPLDNDI GVSEATRIDP NAWVERWKAA GHYQAEAALL QCTADTLADA VLITTAHAWQ HQGKTLFISR KTYRIDGSGQ MAITVDVEV ASDTPHPARI GLNCQLAQVA ERVNWLGLGP QENYPDRLTA ACFDRWDLPL SDMYTPYVFP SENGLRCGTR E LNYGPHQW RGDFQFNISR YSQQQLMETS HRHLLHAEEG TWLNIDGFHM GIGGDDSWSP SVSAEFQLSA GRYHYQLVWC QK UniProtKB: Beta-galactosidase |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: beta-L-ribopyranose
分子 | 名称: beta-L-ribopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 0MK |
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分子量 | 理論値: 150.13 Da |
Chemical component information | ChemComp-0MK: |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 964 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.17 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 517 / 平均露光時間: 59.98 sec. / 平均電子線量: 66.83 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |