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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10130 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TMV with Ca2+ at low pH | |||||||||
![]() | B-factor sharpened and locally filtered | |||||||||
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機能・相同性 | Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / Capsid protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å | |||||||||
![]() | Weis F / Beckers M / Sachse C | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Elucidation of the viral disassembly switch of tobacco mosaic virus. 著者: Felix Weis / Maximilian Beckers / Iris von der Hocht / Carsten Sachse / ![]() 要旨: Stable capsid structures of viruses protect viral RNA while they also require controlled disassembly for releasing the viral genome in the host cell. A detailed understanding of viral disassembly ...Stable capsid structures of viruses protect viral RNA while they also require controlled disassembly for releasing the viral genome in the host cell. A detailed understanding of viral disassembly processes and the involved structural switches is still lacking. This process has been extensively studied using tobacco mosaic virus (TMV), and carboxylate interactions are assumed to play a critical part in this process. Here, we present two cryo-EM structures of the helical TMV assembly at 2.0 and 1.9 Å resolution in conditions of high Ca concentration at low pH and in water. Based on our atomic models, we identify the conformational details of the disassembly switch mechanism: In high Ca /acidic pH environment, the virion is stabilized between neighboring subunits through carboxyl groups E95 and E97 in close proximity to a Ca binding site that is shared between two subunits. Upon increase in pH and lower Ca levels, mutual repulsion of the E95/E97 pair and Ca removal destabilize the network of interactions between adjacent subunits at lower radius and release the switch for viral disassembly. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 394.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 133.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 437.9 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 17.3 MB 350.5 MB 350.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6sagMC ![]() 6saeC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data #1: Raw movies of the TMV with Ca2+ at low pH sample, with corresponding start-end coordinates files and gain reference file [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | B-factor sharpened and locally filtered | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.638 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Confidence map
ファイル | emd_10130_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Confidence map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap1
ファイル | emd_10130_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap 1
ファイル | emd_10130_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Tobacco mosaic virus (strain vulgare)
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Tobacco mosaic virus (strain vulgare)
超分子 | 名称: Tobacco mosaic virus (strain vulgare) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 12243 / 生物種: Tobacco mosaic virus (strain vulgare) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Residues 154-158 are flexible and were not modelled. コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.531463 KDa |
配列 | 文字列: (ACE)SYSITTPSQ FVFLSSAWAD PIELINLCTN ALGNQFQTQQ ARTVVQRQFS EVWKPSPQVT VRFPDSDFKV YRYNAV LDP LVTALLGAFD TRNRIIEVEN QANPTTAETL DATRRVDDAT VAIRSAINNL IVELIRGTGS YNRSSFESSS GLVWTSG PA T |
-分子 #2: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 958.66 Da |
配列 | 文字列: GAA |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 71 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
濃度 | 1.1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 5.2 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 197 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 41.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.35 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.15 µm / 倍率(公称値): 215000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |