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万見
- PDB-1l6x: FC FRAGMENT OF RITUXIMAB BOUND TO A MINIMIZED VERSION OF THE B-DO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l6x
タイトルFC FRAGMENT OF RITUXIMAB BOUND TO A MINIMIZED VERSION OF THE B-DOMAIN FROM PROTEIN A CALLED Z34C
要素
  • IMMUNOGLOBULIN GAMMA-1 HEAVY CHAIN CONSTANT REGION
  • Minimized B-domain of Protein A Z34C
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgG1 fc / protein A / fc complex / b-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


complement-dependent cytotoxicity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc-gamma receptor I complex binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin receptor binding / Initial triggering of complement / IgG immunoglobulin complex / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...complement-dependent cytotoxicity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc-gamma receptor I complex binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin receptor binding / Initial triggering of complement / IgG immunoglobulin complex / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / : / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Idusogie, E.E. / Presta, L.G. / Santoro-Gazzano, H. / Totpal, K. / Wong, P.Y. / Ultsch, M. / Meng, Y.G. / Mullkerrin, M.G.
引用
ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2000
タイトル: Mapping of the C1q binding site on rituxan, a chimeric antibody with a human IgG1 Fc.
著者: Idusogie, E.E. / Presta, L.G. / Gazzano-Santoro, H. / Totpal, K. / Wong, P.Y. / Ultsch, M. / Meng, Y.G. / Mulkerrin, M.G.
#1: ジャーナル: J.IMMUNOL. / 年: 2001
タイトル: Engineered Antibodies with Increased Activity to Recruit Complement
著者: Idusogie, E.E. / Wong, P.Y. / Presta, L.G. / Santoro-Gazzano, H. / Totpal, K. / Ultsch, M. / Mullkerrin, M.G.
#2: ジャーナル: MOL.CELL / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure at 2.8A of an FcRn/Heterodimeric Fc Complex: Mechanism of pH-Dependent Binding
著者: Martin, W.L. / West Jr., A.P. / Gan, L. / Bjorkman, P.J.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Structural mimicry of a native protein by a minimized binding domain
著者: Starovasnik, M.A. / Braisted, A.C. / Wells, J.A.
履歴
登録2002年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMMUNOGLOBULIN GAMMA-1 HEAVY CHAIN CONSTANT REGION
B: Minimized B-domain of Protein A Z34C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5263
ポリマ－27,7382
非ポリマー1,7881
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint31 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
2
A: IMMUNOGLOBULIN GAMMA-1 HEAVY CHAIN CONSTANT REGION
B: Minimized B-domain of Protein A Z34C
ヘテロ分子

A: IMMUNOGLOBULIN GAMMA-1 HEAVY CHAIN CONSTANT REGION
B: Minimized B-domain of Protein A Z34C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0526
ポリマ－55,4774
非ポリマー3,5752
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area11260 Å2
ΔGint50 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.023, 124.774, 90.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN GAMMA-1 HEAVY CHAIN CONSTANT REGION / Rituximab IgG1 fc fragment


分子量: 23547.598 Da / 分子数: 1 / 断片: Fc Fragment, Residues 119-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: GenBank: 184747, UniProt: P01857*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Minimized B-domain of Protein A Z34C


分子量: 4190.682 Da / 分子数: 1 / 断片: ENGINEERED PEPTIDE, Residues 6-39 / 由来タイプ: 合成
詳細: Phage optimized sequence from the B-domain of Protein A Staphylococcus aureus. Peptide prepared using N-fluorenyl-methoxycarbonyl chemistry on Wang resin.
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1787.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-1-4-3-1-4-5/a4-b1_a6-j1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e4-f1_g2-h1_h4-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 550MME 0.1M NaOAc pH 5.5, 0.25M NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 35573 / Num. obs: 35573 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique all: 1619 / Rsym value: 0.133 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR98.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1.95A Fc-Z34C complex collected at Chess. Fc was solved by molecular replacement using 2.8A 1FC1 Deisenhofer 1981

1fc1


解像度: 1.65→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 3495 10 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.242 35217 --
obs0.206 35143 94.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1949 0 121 360 2430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.353
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.483.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.756.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.975
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 575 9.8 %
Rwork0.289 5299 -
obs--96.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM3MOD.CHOTOPH3MOD.CHO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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