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万見
- PDB-1jnu: Photoexcited structure of the plant photoreceptor domain, phy3 LOV2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jnu
タイトルPhotoexcited structure of the plant photoreceptor domain, phy3 LOV2
要素PHY3 PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / ELECTRON TRANSPORT / cysteinyl-flavin adduct / photoexcited / PAS / LOV / plant photoreceptor / phototropin / photochemistry / light-driven bond / phy3
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / detection of visible light / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / Phytochrome, central region / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. ...Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / Phytochrome, central region / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Adiantum capillus-veneris (ホウライシダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Crosson, S. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2002
タイトル: Photoexcited structure of a plant photoreceptor domain reveals a light-driven molecular switch.
著者: Crosson, S. / Moffat, K.
履歴
登録2001年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHY3 PROTEIN
B: PHY3 PROTEIN
C: PHY3 PROTEIN
D: PHY3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5528
ポリマ－48,7274
非ポリマー1,8254
水1,17165
1
A: PHY3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6382
ポリマ－12,1821
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHY3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6382
ポリマ－12,1821
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PHY3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6382
ポリマ－12,1821
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PHY3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6382
ポリマ－12,1821
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.843, 54.771, 70.963
Angle α, β, γ (deg.)93.14, 93.79, 90.40
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
PHY3 PROTEIN / phy3 LOV2


分子量: 12181.764 Da / 分子数: 4
断片: FMN-BINDING DOMAIN OF CHIMERIC PHYTOCHROME/PHOTOTROPIN PHOTORECEPTOR, LOV3
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: contains a cysteinyl-flavin C(4a) covalent adduct
由来: (組換発現) Adiantum capillus-veneris (ホウライシダ)
遺伝子: phy3 / プラスミド: pcal-n-ek / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9ZWQ6
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 5000 MME, Tris, Glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
122 %PEG5000 MME11
212 %glycerol11
350 mMTris11pH8.0
415 mg/mlprotein12

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月5日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→26.8 Å / Num. all: 29191 / Num. obs: 17700 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.65 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1583 / % possible all: 79
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 30 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79 % / Rmerge(I) obs: 0.19

-
解析

ソフトウェア
名称分類
EPMR位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: phy3 LOV2 dark-state structure

解像度: 2.6→26.8 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25914 1295 7.9 %RESOLUTION SHELL
Rwork0.23574 ---
all0.23758 29191 --
obs0.23758 17700 87.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.36 Å28.16 Å21.06 Å2
2--0.62 Å20.9 Å2
3----4.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→26.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 124 65 3465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.011.5
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.9791.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.592
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.6793
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.2114.5
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 7.3 % / Rfactor obs: 0.238 / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.238
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 32.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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