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- PDB-1i4d: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF RAC1-GDP COMPLEXED WITH ARFAPTIN (P21) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i4d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF RAC1-GDP COMPLEXED WITH ARFAPTIN (P21)
要素
  • ARFAPTIN 2
  • RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / coiled coil / G-protein / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane curvature sensor activity / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration / anatomical structure arrangement / regulation of ERK5 cascade / angiotensin-activated signaling pathway involved in heart process / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of respiratory burst / positive regulation of ovarian follicle development / auditory receptor cell morphogenesis ...membrane curvature sensor activity / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration / anatomical structure arrangement / regulation of ERK5 cascade / angiotensin-activated signaling pathway involved in heart process / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of respiratory burst / positive regulation of ovarian follicle development / auditory receptor cell morphogenesis / cerebral cortex radially oriented cell migration / erythrocyte enucleation / regulation of neutrophil migration / negative regulation of interleukin-23 production / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / kinocilium / interneuron migration / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / ruffle assembly / engulfment of apoptotic cell / NTRK2 activates RAC1 / Inactivation of CDC42 and RAC1 / NADPH oxidase complex / cochlea morphogenesis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / regulation of neuron maturation / respiratory burst / protein localization to phagophore assembly site / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / ruffle organization / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / midbrain dopaminergic neuron differentiation / epithelial cell morphogenesis / cell projection assembly / GTP-dependent protein binding / positive regulation of bicellular tight junction assembly / thioesterase binding / regulation of lamellipodium assembly / regulation of stress fiber assembly / regulation of neuron migration / negative regulation of fibroblast migration / RHO GTPases activate CIT / cell-cell junction organization / quinolinate biosynthetic process / Nef and signal transduction / motor neuron axon guidance / PCP/CE pathway / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / Activation of RAC1 / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of nitric oxide biosynthetic process / MET activates RAP1 and RAC1 / DCC mediated attractive signaling / Azathioprine ADME / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / hyperosmotic response / positive regulation of neutrophil chemotaxis / superoxide anion generation / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / lamellipodium assembly / positive regulation of ruffle assembly / NRAGE signals death through JNK / dendrite morphogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of Rho protein signal transduction / pericentriolar material / positive regulation of actin filament polymerization / Rac protein signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / synaptic transmission, GABAergic / semaphorin-plexin signaling pathway / RHO GTPases activate PAKs / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ficolin-1-rich granule membrane / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / regulation of postsynapse assembly / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / regulation of neuronal synaptic plasticity / positive regulation of focal adhesion assembly / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / regulation of synaptic vesicle endocytosis / RHO GTPases activate IQGAPs / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / mitophagy / positive regulation of lamellipodium assembly / phagocytic cup
類似検索 - 分子機能
Arfaptin homology (AH) domain / Arfaptin family / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain profile. / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 ...Arfaptin homology (AH) domain / Arfaptin family / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain profile. / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Small GTPase Rho / Small GTPase Rho domain profile. / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Arfaptin-2 / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD / molecular replacement / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tarricone, C. / Xiao, B. / Justin, N. / Gamblin, S.J. / Smerdon, S.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: The structural basis of Arfaptin-mediated cross-talk between Rac and Arf signalling pathways.
著者: Tarricone, C. / Xiao, B. / Justin, N. / Walker, P.A. / Rittinger, K. / Gamblin, S.J. / Smerdon, S.J.
履歴
登録2001年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns_shell
Item: _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARFAPTIN 2
B: ARFAPTIN 2
D: RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1745
ポリマ－72,7063
非ポリマー4682
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area27550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.566, 47.462, 125.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ARFAPTIN 2 / PARTNER OF RAC1


分子量: 25614.057 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 118-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53365
#2: タンパク質 RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 / P21-RAC1


分子量: 21478.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Tris, Peg20K, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris1reservoir
310 %PEG200001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 22993 / Num. obs: 21742 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Num. unique all: 2334

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MAD / molecular replacement / 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.298 1086 random
Rwork0.238 --
all-22993 -
obs-21742 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4385 0 29 147 4561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0074
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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