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- PDB-1h8t: Echovirus 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h8t
タイトルEchovirus 11
要素(ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN ...) x 4
キーワードVIRUS / ECHOVIRUS COAT PROTEIN / ECHOVIRUS / ICOSAHEDRAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Few Secondary Structures / Irregular / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
12-AMINO-DODECANOIC ACID / MYRISTIC ACID / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種ECHOVIRUS 11 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Stuart, A. / McKee, T. / Williams, P.A. / Harley, C. / Stuart, D.I. / Brown, T.D.K. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2002
タイトル: Determination of the Structure of a Decay Accelerating Factor-Binding Clinical Isolate of Echovirus 11 Allows Mapping of Mutants with Altered Receptor Requirements for Infection
著者: Stuart, A. / Mckee, T. / Williams, P.A. / Harley, C. / Shen, S. / Stuart, D.I. / Brown, T.D.K. / Lea, S.M.
履歴
登録2001年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP1
B: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP2
C: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP3
D: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5546
ポリマ－95,1114
非ポリマー4442
水19811
1
A: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP1
B: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP2
C: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP3
D: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,733,265360
ポリマ－5,706,643240
非ポリマー26,622120
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP1
B: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP2
C: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP3
D: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 478 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,77230
ポリマ－475,55420
非ポリマー2,21910
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP1
B: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP2
C: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP3
D: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 573 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)573,32636
ポリマ－570,66424
非ポリマー2,66212
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP1
B: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP2
C: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP3
D: ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP4
ヘテロ分子
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.91 MDa, 80 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,911,088120
ポリマ－1,902,21480
非ポリマー8,87440
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)300.850, 300.850, 1476.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.507091, -0.649919, 0.566095), (0.861614, 0.36558, -0.352096), (0.02188, 0.666301, 0.745362)-208.96134, 129.96817, 93.99385
3generate(-0.290451, -0.189976, 0.937842), (0.744203, -0.660932, 0.096598), (0.601498, 0.726001, 0.333349)-346.18311, -35.65695, 246.07907
4generate(-0.290451, 0.744203, 0.601498), (-0.189976, -0.660932, 0.726001), (0.937842, 0.096598, 0.333349)-222.02949, -267.98708, 246.07905
5generate(0.507091, 0.861614, 0.02188), (-0.649919, 0.36558, 0.666301), (0.566095, -0.352096, 0.745362)-8.07656, -245.94988, 93.99383
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7generate(-0.5, 0.866025, -5.0E-6), (-0.866025, -0.5, -1.6E-5), (-1.6E-5, -4.0E-6, 1)0.00545, 0.01179
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11generate(-0.442118, 0.896957, 1.0E-5), (0.896957, 0.442118, 1.6E-5), (1.0E-5, 1.6E-5, -1)-0.00012, -0.00794, 738.26552
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14generate(-0.041977, -0.921852, 0.385262), (-0.3445, 0.37531, 0.860501), (-0.937848, -0.096601, -0.333332)-142.2074, -317.63686, 492.18011
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16generate(0.258512, -0.782753, -0.566099), (-0.782753, -0.513153, 0.352095), (-0.566099, 0.352095, -0.745359)208.97001, -129.96423, 644.27061
17generate(-0.555729, -0.831364, -2.0E-6), (-0.831364, 0.555729, 5.0E-6), (-2.0E-6, 5.0E-6, -1)0.00804, 0.00216, 738.26552
18generate(-0.99812, 0.057246, -0.021878), (0.057246, 0.743485, -0.666297), (-0.021878, -0.666297, -0.745365)8.08277, 245.9525, 644.27276
19generate(-0.457293, 0.655048, -0.601494), (0.655048, -0.209356, -0.726004), (-0.601494, -0.726004, -0.333351)222.0352, 267.99178, 492.18713
20generate(0.319349, 0.1359, -0.937842), (0.1359, -0.986002, -0.096603), (-0.937842, -0.096603, -0.333348)346.19034, 35.66246, 492.1858
21generate(0.81933, -0.152792, 0.552588), (0.424571, -0.486004, -0.763898), (0.385277, 0.860497, -0.333326)-203.97739, 281.98107, 492.17138
22generate(0.295918, -0.220166, 0.929494), (-0.220166, -0.962596, -0.157913), (0.929494, -0.157913, -0.333323)-343.10381, 58.29547, 492.17002
23generate(-0.019303, 0.346511, 0.937847), (-0.944486, -0.314034, 0.096588), (0.327985, -0.883919, 0.333337)-346.18709, -35.64811, 246.0877
24generate(0.309291, 0.764111, 0.566103), (-0.747404, 0.563391, -0.352105), (-0.587985, -0.314204, 0.745351)-208.96624, 129.97718, 94.00182
25generate(0.827595, 0.455525, 0.328), (0.09872, 0.457108, -0.883915), (-0.552577, 0.763904, 0.333331)-121.07581, 326.2828, 246.0899
26generate(-0.338633, -0.146205, 0.92949), (-0.723549, 0.671969, -0.157906), (-0.601502, -0.726004, -0.333337)-343.10025, 58.29149, 492.18186
27generate(-0.277352, 0.785954, 0.552587), (0.208618, 0.610694, -0.763892), (-0.937845, -0.096588, -0.333342)-203.97472, 281.97765, 492.18363
28generate(0.548637, 0.835775, -0.021862), (0.615257, -0.421309, -0.666301), (-0.566088, 0.352107, -0.745362)8.06993, 245.95412, 644.2717
29generate(0.997846, -0.065593, 1.3E-5), (-0.065593, -0.997846), (1.3E-5, -1)-0.00479, 0.00418, 738.26552
30generate(0.449484, -0.67249, 0.587981), (-0.893021, -0.322163, 0.314205), (-0.021874, -0.666309, -0.745354)-217.03989, -115.9777, 644.26883
31generate(-0.499282, 0.66736, -0.552582), (-0.623642, 0.165939, 0.763895), (0.601488, 0.726013, 0.333343)203.98037, -281.97468, 246.08124
32generate(0.309735, 0.200281, -0.92949), (-0.156554, 0.974964, 0.157911), (0.937846, 0.096605, 0.333335)343.10736, -58.28942, 246.08432
33generate(0.309291, -0.747404, -0.587985), (0.764111, 0.563391, -0.314204), (0.566103, -0.352105, 0.745351)217.04855, 115.98124, 93.99776
34generate(-0.5, -0.866025, -1.6E-5), (0.866025, -0.5, -4.0E-6), (-5.0E-6, -1.6E-5, 1)0.01293, 0.00117
35generate(-0.999726, 0.008347, 0.021864), (0.008347, -0.745639, 0.666298), (0.021864, 0.666298, 0.745365)-8.06364, -245.94911, 93.99276
36generate(0.018585, -0.368364, -0.929496), (0.92262, -0.351905, 0.157909), (-0.385262, -0.860506, 0.33332)343.1116, -58.2903, 246.09657
37generate(-0.328301, -0.766069, -0.552591), (0.168101, -0.623062, 0.763895), (-0.929495, 0.157896, 0.333329)203.98552, -281.97612, 246.09307
38generate(-0.838626, -0.434883, -0.328), (-0.434883, 0.171952, 0.883917), (-0.328, 0.883917, -0.333326)121.08295, -326.27967, 492.17389
39generate(-0.807138, 0.167507, -0.566101), (-0.053029, 0.934455, 0.35211), (0.587977, 0.314221, -0.745351)208.97243, -129.97496, 644.2637
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44generate(0.042695, 0.366352, 0.929496), (0.943718, 0.290629, -0.157897), (-0.327985, 0.883924, -0.333324)-343.1048, 58.28292, 492.17322
45generate(0.357642, 0.725507, 0.58799), (0.725507, -0.612298, 0.314214), (0.58799, 0.314214, -0.745344)-217.04537, -115.98637, 644.26086
46generate(-0.499282, -0.623642, 0.601488), (0.66736, 0.165939, 0.726013), (-0.552582, 0.763895, 0.333343)-222.0223, -267.99591, 246.0853
47generate(-0.77736, 0.497273, 0.385266), (0.497273, 0.110677, 0.860506), (0.385266, 0.860506, -0.333317)-142.20903, -317.64088, 492.16787
48generate(0.042695, 0.943718, -0.327985), (0.366352, 0.290629, 0.883924), (0.929496, -0.157897, -0.333324)121.0716, -326.2851, 492.17069
49generate(0.827595, 0.09872, -0.552577), (0.455525, 0.457108, 0.763904), (0.328, -0.883915, 0.333331)203.9747, -281.98255, 246.08987
50generate(0.492634, -0.869962, 0.021869), (0.641558, 0.380045, 0.66631), (-0.587975, -0.314217, 0.745354)-8.06899, -245.95785, 94.00073
51generate(0.018585, 0.92262, -0.385262), (-0.368364, -0.351905, -0.860506), (-0.929496, 0.157909, 0.33332)142.21471, 317.64492, 246.09659
52generate(0.795938, 0.068512, -0.601489), (-0.508829, -0.462599, -0.726014), (-0.327989, 0.883917, -0.333339)222.03005, 268.00001, 492.1785
53generate(0.449484, -0.893021, -0.021874), (-0.67249, -0.322163, -0.666309), (0.587981, 0.314205, -0.745354)8.07801, 245.96158, 644.26479
54generate(-0.541989, -0.633173, 0.552575), (-0.633173, -0.124675, -0.763903), (0.552575, -0.763903, -0.333336)-203.96697, 281.98599, 492.17738
55generate(-0.808299, 0.488954, 0.327989), (-0.445213, -0.143057, -0.883923), (-0.385277, -0.860499, 0.333321)-121.06593, 326.28873, 246.0959
56generate(-0.338633, -0.723549, -0.601502), (-0.146205, 0.671969, -0.726004), (0.92949, -0.157906, -0.333337)222.04043, 267.99288, 492.17529
57generate(-0.808299, -0.445213, -0.385277), (0.488954, -0.143057, -0.860499), (0.327989, -0.883923, 0.333321)142.22569, 317.63876, 246.09338
58generate(-0.801913, 0.105857, -0.587987), (0.105857, -0.94343, -0.314219), (-0.587987, -0.314219, 0.745344)217.05167, 115.99178, 94.00466
59generate(-0.328301, 0.168101, -0.929495), (-0.766069, -0.623062, 0.157896), (-0.552591, 0.763895, 0.333329)343.11141, -58.27879, 246.09057
60generate(-0.041977, -0.3445, -0.937848), (-0.921852, 0.37531, -0.096601), (0.385262, 0.860501, -0.333332)346.19463, 35.66306, 492.17356

-
要素

-
ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP1


分子量: 32786.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ECHOVIRUS 11 (ウイルス) / 株: 207 / 参照: UniProt: P29813, UniProt: Q8JKE8*PLUS
#2: タンパク質 ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP2


分子量: 29048.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ECHOVIRUS 11 (ウイルス) / 株: 207 / 参照: UniProt: P29813, UniProt: Q8JKE8*PLUS
#3: タンパク質 ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP3


分子量: 25897.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ECHOVIRUS 11 (ウイルス) / 株: 207 / 参照: UniProt: P29813, UniProt: Q8JKE8*PLUS
#4: タンパク質 ECHOVIRUS 11 COAT PROTEIN VP4


分子量: 7378.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ECHOVIRUS 11 (ウイルス) / 株: 207 / 参照: UniProt: P29813, UniProt: Q8JKE8*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 13分子

#5: 化合物 ChemComp-DOA / 12-AMINO-DODECANOIC ACID / 12-アミノドデカン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 215.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H25NO2
#6: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE DBREF IS TO STRAIN GREGORY, NOT SEQUENCE DETAILS ARE AVAILABLE FOR STRAIN 207

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 75

-
試料調製

結晶解説: DATA WERE COLLECTED AT TWO SYNCHROTRONS FOR FINAL NATIVE SET AS ABOVE AND ALSO SRS STAION 7.2
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 2.0M AMMONIUM SULPHATE, pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMTris-Cl1droppH7.4
22.0 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 411040 / % possible obs: 70 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.22
反射 シェル解像度: 2.9→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 35
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % possible obs: 70 % / Num. measured all: 1648270

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D4M

1d4m


解像度: 2.9→100 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: REFINED WITH STRICT NCS DISORDERED REGIONS ARE NOT MODELLED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2549 2029 0.4 %RANDOM
Rwork0.2462 ---
obs0.2462 402349 71.3 %-
溶媒の処理Bsol: 30.5282 Å2 / ksol: 0.331789 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.143 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.178 Å2-1.509 Å20 Å2
2--1.178 Å20 Å2
3----2.357 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6534 0 30 11 6575
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018034
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.16534
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.8581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.4472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.6672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.1532.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.3883 156
Rwork0.342 34536
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3MYR.PAR
X-RAY DIFFRACTION4PLM-MOD.PAR
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 500 Å / Rfactor Rwork: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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