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- PDB-1ax8: Human obesity protein, leptin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ax8
タイトルHuman obesity protein, leptin
要素OBESITY PROTEIN
キーワードCYTOKINE / HELICAL CYTOKINE / HEMATOPOIETIC FACTOR / DIABETES / OBESITY
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lipoprotein lipid oxidation / cellular response to L-ascorbic acid / positive regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of glutamine transport / negative regulation of appetite by leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of glucagon secretion / regulation of endothelial cell proliferation / regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / leptin receptor binding / regulation of bone remodeling ...regulation of lipoprotein lipid oxidation / cellular response to L-ascorbic acid / positive regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of glutamine transport / negative regulation of appetite by leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of glucagon secretion / regulation of endothelial cell proliferation / regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / leptin receptor binding / regulation of bone remodeling / positive regulation of luteinizing hormone secretion / regulation of natural killer cell proliferation / regulation of natural killer cell activation / bone growth / glycerol biosynthetic process / regulation of steroid biosynthetic process / elastin metabolic process / leptin-mediated signaling pathway / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / regulation of intestinal cholesterol absorption / positive regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of hepatic stellate cell activation / regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of nitric-oxide synthase activity / adult feeding behavior / activation of protein kinase C activity / bone mineralization involved in bone maturation / sexual reproduction / negative regulation of cartilage development / negative regulation of D-glucose import across plasma membrane / negative regulation of appetite / ovulation from ovarian follicle / positive regulation of developmental growth / energy reserve metabolic process / leukocyte tethering or rolling / cellular response to leptin stimulus / prostaglandin secretion / bile acid metabolic process / cardiac muscle hypertrophy / Signaling by Leptin / positive regulation of p38MAPK cascade / hormone metabolic process / cell surface receptor signaling pathway via STAT / intestinal absorption / eating behavior / insulin secretion / regulation of gluconeogenesis / aorta development / negative regulation of vasoconstriction / response to vitamin E / peptide hormone receptor binding / fatty acid beta-oxidation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / central nervous system neuron development / response to dietary excess / T cell differentiation / negative regulation of lipid storage / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / regulation of angiogenesis / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of TOR signaling / adipose tissue development / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / phagocytosis / cholesterol metabolic process / energy homeostasis / cellular response to retinoic acid / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of T cell proliferation / regulation of insulin secretion / negative regulation of autophagy / placenta development / response to activity / determination of adult lifespan / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / female pregnancy / circadian rhythm / hormone activity / response to insulin / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of interleukin-6 production / lipid metabolic process / regulation of blood pressure / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / glucose metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / response to estradiol / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / response to ethanol / angiogenesis / response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / regulation of cell cycle
類似検索 - 分子機能
Leptin / Leptin / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhang, F. / Beals, J.M. / Briggs, S.L. / Clawson, D.K. / Wery, J.-P. / Schevitz, R.W.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the obese protein leptin-E100.
著者: Zhang, F. / Basinski, M.B. / Beals, J.M. / Briggs, S.L. / Churgay, L.M. / Clawson, D.K. / DiMarchi, R.D. / Furman, T.C. / Hale, J.E. / Hsiung, H.M. / Schoner, B.E. / Smith, D.P. / Zhang, X.Y. ...著者: Zhang, F. / Basinski, M.B. / Beals, J.M. / Briggs, S.L. / Churgay, L.M. / Clawson, D.K. / DiMarchi, R.D. / Furman, T.C. / Hale, J.E. / Hsiung, H.M. / Schoner, B.E. / Smith, D.P. / Zhang, X.Y. / Wery, J.P. / Schevitz, R.W.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Erratum. Positional Cloning of the Mouse Obese Gene and its Human Homologue
著者: Zhang, Y. / Proenca, R. / Maffei, M. / Barone, M. / Leopold, L. / Friedman, J.M.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Positional Cloning of the Mouse Obese Gene and its Human Homologue
著者: Zhang, Y. / Proenca, R. / Maffei, M. / Barone, M. / Leopold, L. / Friedman, J.M.
履歴
登録1997年10月31日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Derived calculations
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OBESITY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9841
ポリマ－15,9841
非ポリマー00
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: OBESITY PROTEIN

A: OBESITY PROTEIN

A: OBESITY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9533
ポリマ－47,9533
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.140, 88.140, 48.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 OBESITY PROTEIN / LEPTIN


分子量: 15984.296 Da / 分子数: 1 / 変異: W100E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: ADIPOSE / 細胞株: BL21 / 遺伝子: OBESE GENE / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P41159
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.8M NA FORMATE, 100MM TRIS, PH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 8404 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 45300
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.4→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0095 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 877 10.6 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 8253 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.27 Å20 Å20 Å2
2--5.74 Å20 Å2
3---0.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1003 0 0 71 1074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.77
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.38
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.38
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 97 10 %
Rwork0.322 873 -
obs--90 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1F / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.38
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.38
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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