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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aoe | ||||||
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タイトル | CANDIDA ALBICANS DIHYDROFOLATE REDUCTASE COMPLEXED WITH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE (NADPH) AND 1,3-DIAMINO-7-(1-ETHYEPROPYE)-7H-PYRRALO-[3,2-F]QUINAZOLINE (GW345) | ||||||
要素 | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ANTIFUNGAL TARGET / REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / DIRECT REPLACEMENT / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Whitlow, M. / Howard, A.J. / Stewart, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: X-ray crystallographic studies of Candida albicans dihydrofolate reductase. High resolution structures of the holoenzyme and an inhibited ternary complex. 著者: Whitlow, M. / Howard, A.J. / Stewart, D. / Hardman, K.D. / Kuyper, L.F. / Baccanari, D.P. / Fling, M.E. / Tansik, R.L. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1996 タイトル: High-Affinity Inhibitors of Dihydrofolate Reductase: Antimicrobial and Anticancer Activities of 7,8-Dialkyl-1,3-Diaminopyrrolo[3,2-F]Quinazolines with Small Molecular Size 著者: Kuyper, L.F. / Baccanari, D.P. / Jones, M.L. / Hunter, R.N. / Tansik, R.L. / Joyner, S.S. / Boytos, C.M. / Rudolph, S.K. / Knick, V. / Wilson, H.R. / Caddell, J.M. / Friedman, H.S. / Comley, J.C. / Stables, J.N. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989 タイトル: Characterization of Candida Albicans Dihydrofolate Reductase 著者: Baccanari, D.P. / Tansik, R.L. / Joyner, S.S. / Fling, M.E. / Smith, P.L. / Freisheim, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aoe.cif.gz | 103.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aoe.ent.gz | 79.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aoe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1aoe_validation.pdf.gz | 660.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1aoe_full_validation.pdf.gz | 677 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1aoe_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1aoe_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1aoe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1aoe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.712, 0.249, 0.656), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22194.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P22906, dihydrofolate reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: A THREE-FOLD EXCESS OF GW345 AND THREE-FOLD EXCESS OF NADPH WAS ADDED TO THE C. ALBICANS DHFR SOLUTION AND LET STAND 277K OVERNIGHT. 17-20 MG/ML C. ALBICANS DHFR IN 50 UM GW345, 50 UM NADPH, ...詳細: A THREE-FOLD EXCESS OF GW345 AND THREE-FOLD EXCESS OF NADPH WAS ADDED TO THE C. ALBICANS DHFR SOLUTION AND LET STAND 277K OVERNIGHT. 17-20 MG/ML C. ALBICANS DHFR IN 50 UM GW345, 50 UM NADPH, 20 MM KMES, 1 MM DTT, PH 6.5 WAS MIXED WITH AN EQUAL PART OF 26 - 34% PEG-3350, THE RESERVOIR SOLUTION. | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1987年8月9日 / 詳細: MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: HUBER MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 45668 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.06 % / Rsym value: 0.0458 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 1.59 % / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / Rsym value: 0.235 / % possible all: 53 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 139612 / Rmerge(I) obs: 0.0458 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 53 % / Rmerge(I) obs: 0.235 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT REPLACEMENT 開始モデル: CANDIDA ALBICANS DHFR (PDB ENTRY 1AI9) 解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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拘束条件 |
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