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- PDB-1am5: THE CRYSTAL STRUCTURE AND PROPOSED AMINO ACID SEQUENCE OF A PEPSI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1am5
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE AND PROPOSED AMINO ACID SEQUENCE OF A PEPSIN FROM ATLANTIC COD (GADUS MORHUA)
要素PEPSIN
キーワードASPARTYL PROTEASE / ACID PROTEINASE / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gadus morhua (タイセイヨウマダラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Karlsen, S. / Hough, E. / Olsen, R.L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure and proposed amino-acid sequence of a pepsin from atlantic cod (Gadus morhua).
著者: Karlsen, S. / Hough, E. / Olsen, R.L.
#1: ジャーナル: COMP.BIOCHEM.PHYSIOL. B: BIOCHEM.MOL.BIOL. / 年: 1990
タイトル: Catalytic Properties and Chemical Composition of Pepsins from Atlantic Cod (Gadus Morhua)
著者: Gildberg, A. / Olsen, R.L. / Bjarnason, J.B.
履歴
登録1997年6月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0341
ポリマ－34,0341
非ポリマー00
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.980, 75.400, 108.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PEPSIN / ACID PROTEINASE


分子量: 34033.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gadus morhua (タイセイヨウマダラ) / 器官: STOMACH / 組織: GASTRIC MUCOSA / 参照: UniProt: P56272, pepsin A
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE AMINO ACID NUMBERING IS BASED ON THE SEQUENCE OF PEPSIN FROM PORCINE. AS RESIDUE 207 AND 241 ...THE AMINO ACID NUMBERING IS BASED ON THE SEQUENCE OF PEPSIN FROM PORCINE. AS RESIDUE 207 AND 241 NOT ARE PRESENT IN THE COD PEPSIN, THESE RESIDUES ARE DELETED IN THE COORDINATE FILE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 5.4 / 詳細: 7.5 % 2-PROPANOL, 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.4
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
23.75 %2-propanol1drop
350 mMsodium acetate1drop
47.5 %2-propanol1reservoir
5100 mM2-propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源タイプ: BRUKER NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年10月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→20 Å / Num. obs: 13687 / % possible obs: 83.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 41.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 37108 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 41.4 % / Num. unique obs: 948 / Num. measured obs: 1322 / Rmerge(I) obs: 0.221

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADNESデータ収集
CCP4データ削減
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
MADNESデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5PEP

5pep


解像度: 2.16→8 Å / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 -5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs-13315 --
原子変位パラメータBiso mean: 17.22 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2395 0 0 161 2556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.071
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.091
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.196
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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