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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ag1 | ||||||
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タイトル | MONOHYDROGEN PHOSPHATE BINDING TO TRYPANOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE | ||||||
要素 | TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE) / ISOMERASE (INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å | ||||||
データ登録者 | Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1991 タイトル: Anion binding at the active site of trypanosomal triosephosphate isomerase. Monohydrogen phosphate does not mimic sulphate. 著者: Verlinde, C.L. / Noble, M.E. / Kalk, K.H. / Groendijk, H. / Wierenga, R.K. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ag1.cif.gz | 106.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ag1.ent.gz | 82.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ag1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1ag1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1ag1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6timS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26865.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / Organelle: GLYCOSOME / 参照: UniProt: P04789, triose-phosphate isomerase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: 2.4 M AMMONIUM SULFATE IN 0.2 MOPS BUFFER, PH 7.0 FOLLOWED BY TRANSFER TO 44% PEG-6000 CONTAINING 15 MM PHOSPHATE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wierenga, R.K., (1984) J. Mol. Biol., 178, 487. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1990年3月1日 / 詳細: STANDARD |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.36 Å / Num. obs: 17592 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 6TIM 解像度: 2.36→6 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5C / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |