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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9915 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Holo-bacterioferritin form-II from Streptomyces coelicolor | |||||||||
マップデータ | Cryo_EM map of bacterioferritin from Streptomyces coelicolor form II | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ferritin / Nanocage / Bacterioferritin / METAL TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Jobichen C / Sivaraman J | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Bacterioferritin from Streptomyces coelicolor 著者: Jobichen C / Sivaraman J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9915.map.gz | 48.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9915-v30.xml emd-9915.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9915.png | 81.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9915.cif.gz | 5.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9915 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9915 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9915_validation.pdf.gz | 528.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9915_full_validation.pdf.gz | 528.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9915_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9915_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9915 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9915 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9915.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo_EM map of bacterioferritin from Streptomyces coelicolor form II | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacterioferritin in complex with HEME and IRON
全体 | 名称: Bacterioferritin in complex with HEME and IRON |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacterioferritin in complex with HEME and IRON
超分子 | 名称: Bacterioferritin in complex with HEME and IRON / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces coelicolor (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-分子 #1: Bacterioferritin
分子 | 名称: Bacterioferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces coelicolor (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 19.242629 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQGDPEVIEF LNEQLTAELT AINQYFLHAK LQDHKGWTKL AKYTRAESFD EMRHAEVLTD RILLLDGLPN YQRLFHVRVG QSVTEMFQA DREVELEAID RLRRGIEVMR AKHDITSANV FEAILADEEH HIDYLETQLD LIEKLGESLY LSTVIEQTQP D PSGPGSL UniProtKB: Bacterioferritin |
-分子 #2: FE (II) ION
分子 | 名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: FE2 |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-分子 #3: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | This sample was monodisperse with 24mer nanocage assemblies. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 2.7 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 13793 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cisTEM |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cisTEM |