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- PDB-5xx9: Crystal structure of Bacterioferritin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xx9
タイトルCrystal structure of Bacterioferritin
要素Bacterioferritin
キーワードMETAL TRANSPORT / Bacterioferritin
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jobichen, C. / Rajesh, R. / Angayarkanni, J. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Pnas Nexus / 年: 2023
タイトル: Bacterioferritin nanocage structures uncover the bio-mineralization process in ferritins
著者: Jobichen, C. / Chong, T.Y. / Rattinam, R. / Basak, S. / Srinivasan, M. / Choong, Y.K. / Pandey, K.P. / Ngoc, T.B. / Shi, J. / Angayarkanni, J. / Sivaraman, J.
履歴
登録2017年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,12618
ポリマ－115,4566
非ポリマー67012
水11,259625
1
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
ヘテロ分子

A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
ヘテロ分子

A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
ヘテロ分子

A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
ヘテロ分子

E: Bacterioferritin
ヘテロ分子

E: Bacterioferritin
ヘテロ分子

E: Bacterioferritin
ヘテロ分子

E: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,50472
ポリマ－461,82324
非ポリマー2,68148
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_445x-1/2,y-1/2,z+1/21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation7_545-y+1/2,x-1/2,z+1/21
crystal symmetry operation8_455y-1/2,-x+1/2,z+1/21
Buried area87190 Å2
ΔGint-997 kcal/mol
Surface area129090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.761, 123.761, 172.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質
Bacterioferritin / BFR


分子量: 19242.629 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: bfr, SCO2113, SC6E10.07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9S2N0, ferroxidase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 3000, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→43.8 Å / Num. obs: 76305 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2733)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CVT

4cvt


解像度: 2.6→43.756 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.3 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 3875 5.08 %
Rwork0.1605 --
obs0.1629 76305 96.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7817 0 12 625 8454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89910740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.4254824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5997-2.63140.2391130.19631946X-RAY DIFFRACTION72
2.6314-2.66470.22031230.19462056X-RAY DIFFRACTION79
2.6647-2.69980.24361120.19462269X-RAY DIFFRACTION85
2.6998-2.73670.25031170.1872444X-RAY DIFFRACTION90
2.7367-2.77580.21891280.18112478X-RAY DIFFRACTION93
2.7758-2.81730.21621610.18012623X-RAY DIFFRACTION98
2.8173-2.86130.24481460.17792604X-RAY DIFFRACTION100
2.8613-2.90820.25141440.17962660X-RAY DIFFRACTION100
2.9082-2.95830.21711640.16572654X-RAY DIFFRACTION100
2.9583-3.01210.20891420.1752696X-RAY DIFFRACTION100
3.0121-3.070.24361460.16682689X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.13270.21471320.17722636X-RAY DIFFRACTION100
3.1327-3.20080.2771180.17582647X-RAY DIFFRACTION100
3.2008-3.27520.23621400.16882693X-RAY DIFFRACTION100
3.2752-3.35710.22611280.17092673X-RAY DIFFRACTION100
3.3571-3.44780.21921520.17232699X-RAY DIFFRACTION100
3.4478-3.54920.22491390.15812662X-RAY DIFFRACTION100
3.5492-3.66370.20251320.14412632X-RAY DIFFRACTION100
3.6637-3.79460.16471360.14462690X-RAY DIFFRACTION100
3.7946-3.94640.16791500.14972680X-RAY DIFFRACTION100
3.9464-4.12590.21571300.13992686X-RAY DIFFRACTION100
4.1259-4.34320.19041480.13252659X-RAY DIFFRACTION100
4.3432-4.61510.17081280.1272667X-RAY DIFFRACTION100
4.6151-4.9710.22651640.15112652X-RAY DIFFRACTION100
4.971-5.47040.21341440.15662657X-RAY DIFFRACTION100
5.4704-6.260.21791380.18072684X-RAY DIFFRACTION100
6.26-7.87940.1741540.16272656X-RAY DIFFRACTION100
7.8794-43.76230.15541460.14792654X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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