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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qb9 | ||||||
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Title | Mycobacterium tuberculosis bacterioferritin, BfrA | ||||||
![]() | Bacterioferritin | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / cytosol / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
Function / homology | ![]() Mtb iron assimilation by chelation / response to iron ion / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / heme binding ...Mtb iron assimilation by chelation / response to iron ion / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / heme binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | McMath, L.M. / Goulding, C.W. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Mycobacterium tuberculosis bacterioferritin, BfrA Authors: McMath, L.M. / Goulding, C.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 415.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 343 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 58.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 20074.615 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1.8 M NaCl, 100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 25 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2010 |
Radiation | Monochromator: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0972109 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.11→39.321 Å / Num. obs: 75962 / % possible obs: 99.34 % / Redundancy: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.303 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.11→39.321 Å / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.94 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.11→39.321 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -34.3994 Å / Origin y: -40.8286 Å / Origin z: -1.1453 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |