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- PDB-2vxi: The binding of heme and zinc in Escherichia coli Bacterioferritin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxi
タイトルThe binding of heme and zinc in Escherichia coli Bacterioferritin
要素BACTERIOFERRITIN
キーワードMETAL TRANSPORT / BACTERIOFERRITIN / IRON STORAGE AND ELECTRON TRANSPORT / ZINC / HEME / IRON / IRON STORAGE / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity ...iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Willies, S.C. / Isupov, M.N. / Garman, E.F. / Littlechild, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Binding of Haem and Zinc in the 1.9 A X-Ray Structure of Escherichia Coli Bacterioferritin.
著者: Willies, S.C. / Isupov, M.N. / Garman, E.F. / Littlechild, J.A.
履歴
登録2008年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
G: BACTERIOFERRITIN
H: BACTERIOFERRITIN
I: BACTERIOFERRITIN
J: BACTERIOFERRITIN
K: BACTERIOFERRITIN
L: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,97077
ポリマ－222,21612
非ポリマー11,75365
水39,7772208
1
A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
G: BACTERIOFERRITIN
H: BACTERIOFERRITIN
I: BACTERIOFERRITIN
J: BACTERIOFERRITIN
K: BACTERIOFERRITIN
L: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子

A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
G: BACTERIOFERRITIN
H: BACTERIOFERRITIN
I: BACTERIOFERRITIN
J: BACTERIOFERRITIN
K: BACTERIOFERRITIN
L: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,939154
ポリマ－444,43224
非ポリマー23,507130
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area96040 Å2
ΔGint-228.4 kcal/mol
Surface area167620 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)208.100, 208.100, 142.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-2182-

HOH

21G-2185-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.49894, -0.49874, 0.70875), (-0.49882, -0.50349, -0.70546), (0.70869, -0.70552, 0.00242)154.38416, 262.20419, 75.37856
2given(-0.49964, -0.50173, -0.70613), (0.50359, 0.49502, -0.70806), (0.70481, -0.70938, 0.00533)154.87177, 53.96763, 76.23669
3given(0.00413, 0.99999, 0.00283), (-0.99997, 0.00411, 0.00694), (0.00693, -0.00286, 0.99997)-107.59037, 207.42947, 0.05497
4given(-0.50123, 0.50117, 0.70541), (-0.50037, 0.49723, -0.7088), (-0.70597, -0.70824, 0.00154)-3.13047, 104.5271, 147.44206
5given(0.49985, -0.50138, -0.70624), (-0.50004, 0.49873, -0.70797), (0.70719, 0.70703, -0.00142)104.23199, 4.27228, -147.07896
6given(0.49666, -0.50422, -0.70646), (0.50062, -0.49848, 0.70774), (-0.70901, -0.70518, 0.00485)104.87283, 210.91911, 146.85373
7given(-0.49825, 0.50389, 0.70558), (0.50092, -0.49694, 0.70861), (0.70769, 0.70651, -0.00481)-3.72416, 210.6563, -147.23083
8given(0.506, 0.49482, 0.70648), (-0.49944, -0.49971, 0.70771), (0.70322, -0.71095, -0.00572)-53.26415, 261.79407, 76.71896
9given(-0.00275, -0.99999, 0.00459), (1, -0.00275, 0.00095), (-0.00094, 0.00459, 0.99999)208.34253, 107.55334, -0.62677
10given(-0.99996, 0.00631, 0.00562), (-0.00629, -0.99998, 0.0022), (0.00563, 0.00216, 0.99998)99.97652, 315.86658, -0.62382
11given(0.50374, 0.49628, -0.70707), (0.50625, 0.49362, 0.70714), (0.69997, -0.71417, -0.00259)-53.45027, 54.02396, 77.42868

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要素

#1: タンパク質
BACTERIOFERRITIN / BFR / CYTOCHROME B-1 / CYTOCHROME B-557


分子量: 18518.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21 / 参照: UniProt: P0ABD3
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.74 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 60% AMSO4, 20MM TRIS-HCL PH7.5, 0.1M NACL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.739, 1.729
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月17日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7391
21.7291
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 460546 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.77 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
REFMAC位相決定
REFMAC5.4.0057精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.91→147.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21561 4739 2 %RANDOM
Rwork0.17851 ---
obs0.17925 231295 98.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.852 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→147.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15528 0 685 2208 18421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02117032
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7042.0723087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.72252002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.9725.165939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.743153186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.44315119
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.22360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.55849498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.184615254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.57387534
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.676107767
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.907→1.957 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.423 319
Rwork0.349 15365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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