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- EMDB-9902: S-OPA1 coated liposome tube at GTPgamaS bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9902
タイトルS-OPA1 coated liposome tube at GTPgamaS bound state
マップデータ
試料
  • 複合体: truncated S-OPA1(253-960) coated liposomal tube at GTPgamas bound state
    • タンパク質・ペプチド: Dynamin-like 120 kDa protein, mitochondrial, short form for isoform 1; Optic atrophy protein 1 (OPA1), short form for isoform 1
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.2 Å
データ登録者Zhang D / Zhang Y / Sun F
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31770794 中国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0504700 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08030202 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of S-OPA1 reveal its interactions with membrane and changes upon nucleotide binding.
著者: Danyang Zhang / Yan Zhang / Jun Ma / Chunmei Zhu / Tongxin Niu / Wenbo Chen / Xiaoyun Pang / Yujia Zhai / Fei Sun /
要旨: Mammalian mitochondrial inner membrane fusion is mediated by optic atrophy 1 (OPA1). Under physiological conditions, OPA1 undergoes proteolytic processing to form a membrane-anchored long isoform (L- ...Mammalian mitochondrial inner membrane fusion is mediated by optic atrophy 1 (OPA1). Under physiological conditions, OPA1 undergoes proteolytic processing to form a membrane-anchored long isoform (L-OPA1) and a soluble short isoform (S-OPA1). A combination of L-OPA1 and S-OPA1 is essential for efficient membrane fusion; however, the relevant mechanism is not well understood. In this study, we investigate the cryo-electron microscopic structures of S-OPA1-coated liposomes in nucleotide-free and GTPγS-bound states. S-OPA1 exhibits a general dynamin-like structure and can assemble onto membranes in a helical array with a dimer building block. We reveal that hydrophobic residues in its extended membrane-binding domain are critical for its tubulation activity. The binding of GTPγS triggers a conformational change and results in a rearrangement of the helical lattice and tube expansion similar to that of S-Mgm1. These observations indicate that S-OPA1 adopts a dynamin-like power stroke membrane remodeling mechanism during mitochondrial inner membrane fusion.
履歴
登録2019年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月15日-
マップ公開2020年4月15日-
更新2020年4月15日-
現状2020年4月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9902.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9902.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.72 Å/pix.
x 128 pix.
= 348.16 Å		2.72 Å/pix.
x 128 pix.
= 348.16 Å		2.72 Å/pix.
x 128 pix.
= 348.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.14
最小 - 最大-0.17467509 - 0.26971686
平均 (標準偏差)0.011099271 (±0.05682671)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 348.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.722.722.72
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.160348.160348.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ636181
NX/NY/NZ13113592
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1750.2700.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : truncated S-OPA1(253-960) coated liposomal tube at GTPgamas bound...

全体名称: truncated S-OPA1(253-960) coated liposomal tube at GTPgamas bound state
要素
  • 複合体: truncated S-OPA1(253-960) coated liposomal tube at GTPgamas bound state
    • タンパク質・ペプチド: Dynamin-like 120 kDa protein, mitochondrial, short form for isoform 1; Optic atrophy protein 1 (OPA1), short form for isoform 1

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超分子 #1: truncated S-OPA1(253-960) coated liposomal tube at GTPgamas bound...

超分子名称: truncated S-OPA1(253-960) coated liposomal tube at GTPgamas bound state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: 1mg/ml S-OPA1(253-960) was incubated with 1mg/ml liposome at room temperature for 30 min. Then GTPgamaS was added to a final concentration of 1mM, and another 30 min incubation was performed.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: mitochondrial inner membrane
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta (DE3)

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分子 #1: Dynamin-like 120 kDa protein, mitochondrial, short form for isofo...

分子名称: Dynamin-like 120 kDa protein, mitochondrial, short form for isoform 1; Optic atrophy protein 1 (OPA1), short form for isoform 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPGSDKGIHH RKLKKSLIDM YSEVLDVLSD YDASYNTQDH LPRVVVVGDQ SAGKTSVLEM IAQARIFPRG SGEMMTRSPV KVTLSEGPHH VALFKDSSRE FDLTKEEDLA ALRHEIELRM RKNVKEGCTV SPETISLNVK GPGLQRMVLV DLPGVINTVT SGMAPDTKET ...文字列:
GPGSDKGIHH RKLKKSLIDM YSEVLDVLSD YDASYNTQDH LPRVVVVGDQ SAGKTSVLEM IAQARIFPRG SGEMMTRSPV KVTLSEGPHH VALFKDSSRE FDLTKEEDLA ALRHEIELRM RKNVKEGCTV SPETISLNVK GPGLQRMVLV DLPGVINTVT SGMAPDTKET IFSISKAYMQ NPNAIILCIQ DGSVDAERSI VTDLVSQMDP HGRRTIFVLT KVDLAEKNVA SPSRIQQIIE GKLFPMKALG YFAVVTGKGN SSESIEAIRE YEEEFFQNSK LLKTSMLKAH QVTTRNLSLA VSDCFWKMVR ESVEQQADSF KATRFNLETE WKNNYPRLRE LDRNELFEKA KNEILDEVIS LSQVTPKHWE EILQQSLWER VSTHVIENIY LPAAQTMNSG TFNTTVDIKL KQWTDKQLPN KAVEVAWETL QEEFSRFMTE PKGKEHDDIF DKLKEAVKEE SIKRHKWNDF AEDSLRVIQH NALEDRSISD KQQWDAAIYF MEEALQARLK DTENAIENMV GPDWKKRWLY WKNRTQEQCV HNETKNELEK MLKCNEEHPA YLASDEITTV RKNLESRGVE VDPSLIKDTW HQVYRRHFLK TALNHCNLCR RGFYYYQRHF VDSELECNDV VLFWRIQRML AITANTLRQQ LTNTEVRRLE KNVKEVLEDF AEDGEKKIKL LTGKRVQLAE DLKKVREIQE KLDAFIEALH QEK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTristris(hydroxymethyl)aminomethane
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMEGTAEGTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: The grid was blotted 3.5s with a force 1 before plunging.
詳細1mg/ml SOPA1(delta 196-252) was incubated with 1mg/ml liposome at room temperature for 30 min. Then GTPgamaS was added to a final concentration of 1mM, and another 30 min incubation was performed.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用したサブトモグラム数: 2927
抽出トモグラム数: 50 / 使用した粒子像数: 6699
ソフトウェア: (名称: IMOD (ver. 4.9.2), RELION (ver. 1.4))
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0.7)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3snh


Chain - Chain ID: A
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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