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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9822 | |||||||||
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タイトル | GluK3 receptor complex with UBP310 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Presynaptic function of Kainate receptors / regulation of presynaptic membrane potential / cochlear hair cell ribbon synapse / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / kainate selective glutamate receptor complex / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate receptor activity / glutamate receptor signaling pathway ...Presynaptic function of Kainate receptors / regulation of presynaptic membrane potential / cochlear hair cell ribbon synapse / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / kainate selective glutamate receptor complex / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate receptor activity / glutamate receptor signaling pathway / kainate selective glutamate receptor activity / glutamate-gated receptor activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite cytoplasm / regulation of membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / terminal bouton / monoatomic ion transmembrane transport / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / axon / glutamatergic synapse / dendrite / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumari J / Kumar J | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: Structural and Functional Insights into GluK3-kainate Receptor Desensitization and Recovery. 著者: Jyoti Kumari / Rajesh Vinnakota / Janesh Kumar / 要旨: GluK3-kainate receptors are atypical members of the iGluR family that reside at both the pre- and postsynapse and play a vital role in the regulation of synaptic transmission. For a better ...GluK3-kainate receptors are atypical members of the iGluR family that reside at both the pre- and postsynapse and play a vital role in the regulation of synaptic transmission. For a better understanding of structural changes that underlie receptor functions, GluK3 receptors were trapped in desensitized and resting/closed states and structures analyzed using single particle cryo-electron microscopy. While the desensitized GluK3 has domain organization as seen earlier for another kainate receptor-GluK2, antagonist bound GluK3 trapped a resting state with only two LBD domains in dimeric arrangement necessary for receptor activation. Using structures as a guide, we show that the N-linked glycans at the interface of GluK3 ATD and LBD likely mediate inter-domain interactions and attune receptor-gating properties. The mutational analysis also identified putative N-glycan interacting residues. Our results provide a molecular framework for understanding gating properties unique to GluK3 and exploring the role of N-linked glycosylation in their modulation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9822.map.gz | 78.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9822-v30.xml emd-9822.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9822.png | 58.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9822 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9822 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9822_validation.pdf.gz | 438.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9822_full_validation.pdf.gz | 438.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9822_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9822_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9822 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9822 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.41 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GluK3 complex with agonist SYM
全体 | 名称: GluK3 complex with agonist SYM |
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要素 |
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-超分子 #1: GluK3 complex with agonist SYM
超分子 | 名称: GluK3 complex with agonist SYM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 / 組換プラスミド: pEG BacMAM |
分子量 | 理論値: 400 KDa |
-分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, kainate 3
分子 | 名称: Glutamate receptor ionotropic, kainate 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 91.305812 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPHVIRIGGI FEYADGPNAQ VMNAEEHAFR FSANIINRNR TLLPNTTLTY DIQRIHFHDS FEATKKACDQ LALGVVAIFG PSQGSTTNA VQSICNALEV PHIQLRWKHH PLDNKDTFYV NLYPDYASLS HAILDLVQSL KWRSATVVYD DSTGLIRLQE L IMAPSRYN ...文字列: MPHVIRIGGI FEYADGPNAQ VMNAEEHAFR FSANIINRNR TLLPNTTLTY DIQRIHFHDS FEATKKACDQ LALGVVAIFG PSQGSTTNA VQSICNALEV PHIQLRWKHH PLDNKDTFYV NLYPDYASLS HAILDLVQSL KWRSATVVYD DSTGLIRLQE L IMAPSRYN IRLKIRQLPI DSDDSRPLLK EMKRGREFRI IFDCSHTMAA QILKQAMAMG MMTEYYHFIF TTLDLYALDL EP YRYSGVN LTGFRILNVD NPHVSAIVEK WSMERLQAAP RAESGLLDGV MMTDAALLYD AVHIVSVTYQ RAPQMTVNSL QCH RHKAWR FGGRFMNFIK EAQWEGLTGR IVFNKTSGLR TDFDLDIISL KEDGLEKVGV WSPADGLNIT EVAKGRGPNV TDSL TNRSL IVTTLLEEPF VMFRKSDRTL YGNDRFEGYC IDLLKELAHI LGFSYEIRLV EDGKYGAQDD KGQWNGMVKE LIDHK ADLA VAPLTITHVR EKAIDFSKPF MTLGVSILYR KPNGTNPSVF SFLNPLSPDI WMYVLLAYLG VSVVLFVIAR FSPYEW YDA HPCNPGSEVV ENNFTLLNSF WFGMGSLMQQ GSELMPKALS TRIIGGIWWF FTLIIISSYT ANLAAFLTVE RMESPID SA DDLAKQTKIE YGAVKDGATM TFFKKSKIST FEKMWAFMSS KPSALVKNNE EGIQRTLTAD YALLMESTTI EYITQRNC N LTQIGGLIDS KGYGIGTPMG SPYRDKITIA ILQLQEEDKL HIMKEKWWRG SGCPEEENKE ASALGIQKIG GIFIVLAAG LVLSVLVAV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.7 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE | |||||||||||||||
詳細 | Purified and detergent solubilized GluK3 receptors |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 719 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 16.73 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6jfz: |