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- EMDB-9741: Cryo-EM structure of Murine Norovirus S7 VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9741
タイトルCryo-EM structure of Murine Norovirus S7 VLP
マップデータCryo-EM map of MNV-S7 VLP
試料
  • ウイルス: Murine norovirus GV (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein VP1
キーワードVLP / mature / stable / VIRUS
機能・相同性Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Murine norovirus GV/NIH-2410/2005/USA (ウイルス) / Murine norovirus GV (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Song C / Miyazaki N / Iwasaki K / Katayama K / Murata K / Yokoyama M / Murakami K
資金援助 日本, 4件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18fk0108034h0602 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101072j0001 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP26102545 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP16H00786 日本
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Dynamic rotation of the protruding domain enhances the infectivity of norovirus.
著者: Chihong Song / Reiko Takai-Todaka / Motohiro Miki / Kei Haga / Akira Fujimoto / Ryoka Ishiyama / Kazuki Oikawa / Masaru Yokoyama / Naoyuki Miyazaki / Kenji Iwasaki / Kosuke Murakami / ...著者: Chihong Song / Reiko Takai-Todaka / Motohiro Miki / Kei Haga / Akira Fujimoto / Ryoka Ishiyama / Kazuki Oikawa / Masaru Yokoyama / Naoyuki Miyazaki / Kenji Iwasaki / Kosuke Murakami / Kazuhiko Katayama / Kazuyoshi Murata /
要旨: Norovirus is the major cause of epidemic nonbacterial gastroenteritis worldwide. Lack of structural information on infection and replication mechanisms hampers the development of effective vaccines ...Norovirus is the major cause of epidemic nonbacterial gastroenteritis worldwide. Lack of structural information on infection and replication mechanisms hampers the development of effective vaccines and remedies. Here, using cryo-electron microscopy, we show that the capsid structure of murine noroviruses changes in response to aqueous conditions. By twisting the flexible hinge connecting two domains, the protruding (P) domain reversibly rises off the shell (S) domain in solutions of higher pH, but rests on the S domain in solutions of lower pH. Metal ions help to stabilize the resting conformation in this process. Furthermore, in the resting conformation, the cellular receptor CD300lf is readily accessible, and thus infection efficiency is significantly enhanced. Two similar P domain conformations were also found simultaneously in the human norovirus GII.3 capsid, although the mechanism of the conformational change is not yet clear. These results provide new insights into the mechanisms of non-enveloped norovirus transmission that invades host cells, replicates, and sometimes escapes the hosts immune system, through dramatic environmental changes in the gastrointestinal tract.
履歴
登録2018年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月26日-
マップ公開2020年2月26日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6iuk
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6iuk
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of MNV-S7 VLP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 600 pix.
= 516. Å		0.86 Å/pix.
x 600 pix.
= 516. Å		0.86 Å/pix.
x 600 pix.
= 516. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.08431751 - 0.15500742
平均 (標準偏差)0.0012706635 (±0.007721407)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 516.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z516.000516.000516.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ434333
NX/NY/NZ116118137
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0840.1550.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Murine norovirus GV

全体名称: Murine norovirus GV (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Murine norovirus GV (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein VP1

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超分子 #1: Murine norovirus GV

超分子名称: Murine norovirus GV / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 463708 / 生物種: Murine norovirus GV / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 400.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Major capsid protein VP1

分子名称: Major capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Murine norovirus GV/NIH-2410/2005/USA (ウイルス)
分子量理論値: 58.833785 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MRMSDGAAPK ANGSEASGQD LVPTAVEQAV PIQPVAGAAL AAPAAGQINQ IDPWIFQNFV QCPLGEFSIS PRNTPGEILF DLALGPGLN PYLAHLSAMY TGWVGNMEVQ LVLAGNAFTA GKVVVALVPP YFPKGSLTTA QITCFPHVMC DVRTLEPIQL P LLDVRRVL ...文字列:
MRMSDGAAPK ANGSEASGQD LVPTAVEQAV PIQPVAGAAL AAPAAGQINQ IDPWIFQNFV QCPLGEFSIS PRNTPGEILF DLALGPGLN PYLAHLSAMY TGWVGNMEVQ LVLAGNAFTA GKVVVALVPP YFPKGSLTTA QITCFPHVMC DVRTLEPIQL P LLDVRRVL WHATQDQEES MRLVCMLYTP LRTNSPGDES FVVSGRLLSK PAADFNFVYL TPPIERTIYR MVDLPVLQPR LC THARWPA PIYGLLVDPS LPSNPQWQNG RVHVDGTLLG TTPVSGSWVS CFAAEAAYEF QSGIGEVATF TLIEQDGSAY VPG DRAAPL GYPDFSGQLE IEVQTETTKK GEKLKVTTFE MILGPTTNVD QVPYQGRVYA SLTAAASLDL VDGRVRAVPR SVYG FQDVV PEYNDGLLVP LAPPIGPFLP GEVLLRFRTY MRQIDSTDAA AEAIDCALPQ EFVSWFASNA FTVQSEALLL RYRNT LTGQ LLFECKLYSE GYIALSYSGS GPLTFPTDGF FEVVSWVPRL YQLASVGSLA TGRTLKQ

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
糖包埋材質: amorphous ice
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 76.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-31 / 実像数: 2746 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 41847
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 157
得られたモデル

PDB-6iuk:
Cryo-EM structure of Murine Norovirus capsid

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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