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- EMDB-9719: The complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9719
タイトルThe complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state
マップデータ
試料
  • 複合体: the complex of ISWI-nucleosome in the ADP-BeF-bound state
    • 複合体: ISW1
      • タンパク質・ペプチド: ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1
    • 複合体: nuleosome
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
      • DNA: DNA (167-MER)
      • DNA: DNA (167-MER)
    • 複合体: DNA
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
機能・相同性
機能・相同性情報


Isw1b complex / Isw1 complex / Isw1a complex / nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of RNA export from nucleus / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / DNA-templated transcription elongation / regulation of chromatin organization / rDNA binding ...Isw1b complex / Isw1 complex / Isw1a complex / nucleolar chromatin / regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / negative regulation of RNA export from nucleus / negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / DNA-templated transcription elongation / regulation of chromatin organization / rDNA binding / sister chromatid cohesion / ATP-dependent chromatin remodeler activity / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase I transcription / nucleosome binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / mRNA 3'-UTR binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / response to heat / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Isw1/2, N-terminal / ISWI, HAND domain / SLIDE domain / ISWI, HAND domain superfamily / HAND / SLIDE / SANT domain profile. / SANT domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily ...Isw1/2, N-terminal / ISWI, HAND domain / SLIDE domain / ISWI, HAND domain superfamily / HAND / SLIDE / SANT domain profile. / SANT domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H3 signature 1. / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Homeobox-like domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Histone H2B 1.1 / ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1 / Histone H4 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Yan LJ / Wu H / Li XM / Gao N / Chen ZC
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structures of the ISWI-nucleosome complex reveal a conserved mechanism of chromatin remodeling.
著者: Lijuan Yan / Hao Wu / Xuemei Li / Ning Gao / Zhucheng Chen /
要旨: Chromatin remodelers are diverse enzymes, and different models have been proposed to explain how these proteins work. Here we report the 3.3 Å-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) ...Chromatin remodelers are diverse enzymes, and different models have been proposed to explain how these proteins work. Here we report the 3.3 Å-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of Saccharomyces cerevisiae ISWI (ISW1) in complex with the nucleosome in adenosine diphosphate (ADP)-bound and ADP-BeF-bound states. The data show that after nucleosome binding, ISW1 is activated by substantial rearrangement of the catalytic domains, with the regulatory AutoN domain packing the first RecA-like core and the NegC domain being disordered. The high-resolution structure reveals local DNA distortion and translocation induced by ISW1 in the ADP-bound state, which is essentially identical to that induced by the Snf2 chromatin remodeler, suggesting a common mechanism of DNA translocation. The histone core remains largely unperturbed, and prevention of histone distortion by crosslinking did not inhibit the activity of yeast ISW1 or its human homolog. Together, our findings suggest a general mechanism of chromatin remodeling involving local DNA distortion without notable histone deformation.
履歴
登録2018年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月3日-
マップ公開2019年4月3日-
更新2020年2月12日-
現状2020年2月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
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  • 原子モデル: PDB-6k1p
  • 表面レベル: 0.05
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9719.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9719.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0253 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.18451625 - 0.29342666
平均 (標準偏差)0.0005952962 (±0.011333132)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 235.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z235.400235.400235.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.1850.2930.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : the complex of ISWI-nucleosome in the ADP-BeF-bound state

全体名称: the complex of ISWI-nucleosome in the ADP-BeF-bound state
要素
  • 複合体: the complex of ISWI-nucleosome in the ADP-BeF-bound state
    • 複合体: ISW1
      • タンパク質・ペプチド: ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1
    • 複合体: nuleosome
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
      • DNA: DNA (167-MER)
      • DNA: DNA (167-MER)
    • 複合体: DNA
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

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超分子 #1: the complex of ISWI-nucleosome in the ADP-BeF-bound state

超分子名称: the complex of ISWI-nucleosome in the ADP-BeF-bound state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 / 詳細: ISW1, nuleosome, ADP-BeFx
分子量理論値: 300 KDa

+
超分子 #2: ISW1

超分子名称: ISW1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
超分子 #3: nuleosome

超分子名称: nuleosome / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
超分子 #4: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
分子 #1: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.30393 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

+
分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.978241 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQSVLLPKK TESSKSAKSK

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分子 #4: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.524752 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
AKSAPAPKKG SKKAVTKTQK KDGKKRRKTR KESYAIYVYK VLKQVHPDTG ISSKAMSIMN SFVNDVFERI AGEASRLAHY NKRSTITSR EIQTAVRLLL PGELAKHAVS EGTKAVTKYT SAK

+
分子 #7: ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1

分子名称: ISWI chromatin-remodeling complex ATPase ISW1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 123.170516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: ENLKPFQVGL PPHDPESNKK RYLLKDANGK KFDLEGTTKR FEHLLSLSGL FKHFIESKAA KDPKFRQVLD VLEENKANGK GKGKHQDVR RRKTEHEEDA ELLKEEDSDD DESIEFQFRE SPAYVNGQLR PYQIQGVNWL VSLHKNKIAG ILADEMGLGK T LQTISFLG ...文字列:
ENLKPFQVGL PPHDPESNKK RYLLKDANGK KFDLEGTTKR FEHLLSLSGL FKHFIESKAA KDPKFRQVLD VLEENKANGK GKGKHQDVR RRKTEHEEDA ELLKEEDSDD DESIEFQFRE SPAYVNGQLR PYQIQGVNWL VSLHKNKIAG ILADEMGLGK T LQTISFLG YLRYIEKIPG PFLVIAPKST LNNWLREINR WTPDVNAFIL QGDKEERAEL IQKKLLGCDF DVVIASYEII IR EKSPLKK INWEYIIIDE AHRIKNEESM LSQVLREFTS RNRLLITGTP LQNNLHELWA LLNFLLPDIF SDAQDFDDWF SSE STEEDQ DKIVKQLHTV LQPFLLRRIK SDVETSLLPK KELNLYVGMS SMQKKWYKKI LEKDLDAVNG SNGSKESKTR LLNI MMQLR KCCNHPYLFD GAEPGPPYTT DEHLVYNAAK LQVLDKLLKK LKEEGSRVLI FSQMSRLLDI LEDYCYFRNY EYCRI DGST AHEDRIQAID DYNAPDSKKF VFLLTTRAGG LGINLTSADV VVLYDSDWNP QADLQAMDRA HRIGQKKQVK VFRLVT DNS VEEKILERAT QKLRLDQLVI QQNRTSLKKK ENKADSKDAL LSMIQHGAAD VFKSGTSTGS AGTPEPGSGE KGDDIDL DE LLLKSENKTK SLNAKYETLG LDDLQKFNQD SAYEWNGQDF KKKIQRDIIS PLLLNPTKRE RKENYSIDNY YKDVLNTG R SSTPSHPRMP KPHVFHSHQL QPPQLKVLYE KERMWTAKKT GYVPTMDDVK AAYGDISDEE EKKQKLELLK LSVNNSQPL TEEEEKMKAD WESEGFTNWN KLEFRKFITV SGKYGRNSIQ AIARELAPGK TLEEVRAYAK AFWSNIERIE DYEKYLKIIE NEEEKIKRV KMQQEALRRK LSEYKNPFFD LKLKHPPSSN NKRTYSEEED RFILLMLFKY GLDRDDVYEL VRDEIRDCPL F ELDFYFRS RTPVELARRG NTLLQCLEKE FNAGIVLDDA TKDRMKKEDE NGKRIREEFA DQTANEKENV DGVESKKAKI ED TSNVGTE QLVAEKIPEN ETTH

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分子 #5: DNA (167-MER)

分子名称: DNA (167-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 51.357734 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG) (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DG)(DT) (DA)(DC)(DT)(DA)(DG)

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分子 #6: DNA (167-MER)

分子名称: DNA (167-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 51.748965 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA) (DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)

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分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #9: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8.5 / 構成要素 - 濃度: 1.35 mg/ml / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride / 詳細: 10 mM Tris 50 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 20.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa / 詳細: no special treatment
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 1.5s.
詳細monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
温度最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K
詳細performed manually
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 倍率（補正後）: 29000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 5000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN CT3500 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: HELIUM

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 5 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: relion / 使用した粒子像数: 62121
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5x0y


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-1000 / 詳細: chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 200 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6k1p:
The complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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