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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9362 | |||||||||
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タイトル | Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit -Class I | |||||||||
マップデータ | Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / peptide biosynthetic process / mitochondrial ribosome binding / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial ribosome assembly / ribosome disassembly / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / peptide biosynthetic process / mitochondrial ribosome binding / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial ribosome assembly / ribosome disassembly / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / Mitochondrial protein degradation / ribosomal small subunit binding / translation initiation factor activity / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / kinase activity / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cell population proliferation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Bovine (ウシ) / Human (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | |||||||||
データ登録者 | Sharma M / Koripella R / Agrawal R | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: iScience / 年: 2019 タイトル: Structure of Human Mitochondrial Translation Initiation Factor 3 Bound to the Small Ribosomal Subunit. 著者: Ravi K Koripella / Manjuli R Sharma / Md Emdadul Haque / Paul Risteff / Linda L Spremulli / Rajendra K Agrawal / 要旨: The human mitochondrial translational initiation factor 3 (IF3) carries mitochondrial-specific amino acid extensions at both its N and C termini (N- and C-terminal extensions [NTE and CTE, ...The human mitochondrial translational initiation factor 3 (IF3) carries mitochondrial-specific amino acid extensions at both its N and C termini (N- and C-terminal extensions [NTE and CTE, respectively]), when compared with its eubacterial counterpart. Here we present 3.3- to 3.5-Å-resolution cryoelectron microscopic structures of the mammalian 28S mitoribosomal subunit in complex with human IF3. Unique contacts observed between the 28S subunit and N-terminal domain of IF3 explain its unusually high affinity for the 28S subunit, whereas the position of the mito-specific NTE suggests NTE's role in binding of initiator tRNA to the 28S subunit. The location of the C-terminal domain (CTD) clarifies its anti-association activity, whereas the orientation of the mito-specific CTE provides a mechanistic explanation for its role in destabilizing initiator tRNA in the absence of mRNA. Furthermore, our structure hints at a possible role of the CTD in recruiting leaderless mRNAs for translation initiation. Our findings highlight unique features of IF3 in mitochondrial translation initiation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9362.map.gz | 229.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9362-v30.xml emd-9362.xml | 42.4 KB 42.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9362.png | 127.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9362 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9362_validation.pdf.gz | 453.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9362_full_validation.pdf.gz | 453.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9362_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9362_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9362 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9362.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 ...
+超分子 #1: Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 ...
+分子 #1: 28S ribosomal RNA, mitochondria
+分子 #2: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
+分子 #3: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
+分子 #4: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
+分子 #5: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
+分子 #6: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
+分子 #7: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
+分子 #8: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
+分子 #9: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
+分子 #10: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
+分子 #11: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
+分子 #12: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
+分子 #13: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
+分子 #14: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
+分子 #15: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
+分子 #16: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
+分子 #17: DAP3 protein
+分子 #18: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
+分子 #19: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
+分子 #20: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
+分子 #21: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
+分子 #22: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
+分子 #23: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
+分子 #24: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
+分子 #25: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
+分子 #26: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
+分子 #27: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
+分子 #28: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
+分子 #29: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
+分子 #30: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
+分子 #31: Aurora kinase A interacting protein 1
+分子 #32: Translation initiation factor IF-3, mitochondrial
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 99178 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |