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万見
- PDB-6nf8: Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nf8
タイトルStructure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit -Class I
要素
  • (28S ribosomal protein ...) x 26
  • 28S ribosomal RNA, mitochondria
  • Aurora kinase A interacting protein 1
  • Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
  • DAP3 protein
  • Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
  • Translation initiation factor IF-3, mitochondrial
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / Mitochondrial translation Initiation Factor 3
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / peptide biosynthetic process / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / ribosome disassembly ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / peptide biosynthetic process / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / ribosome disassembly / mitochondrial translation / Mitochondrial protein degradation / ribosomal small subunit binding / translation initiation factor activity / fibrillar center / kinase activity / regulation of translation / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / cell population proliferation / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / mRNA binding / apoptotic process / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1480 / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily ...Helix Hairpins - #1480 / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Ribosomal protein S11/S14 / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S2 signature 1. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Helix Hairpins / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal S11, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein bS16m ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS40 / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein mS31 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein mS34 / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein uS12m / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Translation initiation factor IF-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Sharma, M. / Koripella, R. / Agrawal, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01 GM61576 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM 32734 米国
引用ジャーナル: iScience / 年: 2019
タイトル: Structure of Human Mitochondrial Translation Initiation Factor 3 Bound to the Small Ribosomal Subunit.
著者: Ravi K Koripella / Manjuli R Sharma / Md Emdadul Haque / Paul Risteff / Linda L Spremulli / Rajendra K Agrawal /
要旨: The human mitochondrial translational initiation factor 3 (IF3) carries mitochondrial-specific amino acid extensions at both its N and C termini (N- and C-terminal extensions [NTE and CTE, ...The human mitochondrial translational initiation factor 3 (IF3) carries mitochondrial-specific amino acid extensions at both its N and C termini (N- and C-terminal extensions [NTE and CTE, respectively]), when compared with its eubacterial counterpart. Here we present 3.3- to 3.5-Å-resolution cryoelectron microscopic structures of the mammalian 28S mitoribosomal subunit in complex with human IF3. Unique contacts observed between the 28S subunit and N-terminal domain of IF3 explain its unusually high affinity for the 28S subunit, whereas the position of the mito-specific NTE suggests NTE's role in binding of initiator tRNA to the 28S subunit. The location of the C-terminal domain (CTD) clarifies its anti-association activity, whereas the orientation of the mito-specific CTE provides a mechanistic explanation for its role in destabilizing initiator tRNA in the absence of mRNA. Furthermore, our structure hints at a possible role of the CTD in recruiting leaderless mRNAs for translation initiation. Our findings highlight unique features of IF3 in mitochondrial translation initiation.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9362
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 28S ribosomal RNA, mitochondria
C: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
E: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
L: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
P: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
Q: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
a: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
c: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
d: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
e: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
j: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
p: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
G: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
I: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
J: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
N: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
g: DAP3 protein
h: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
i: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
k: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
m: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
o: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
B: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
F: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
K: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
O: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
R: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
U: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
b: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
f: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
n: Aurora kinase A interacting protein 1
z: Translation initiation factor IF-3, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,143,40932
ポリマ－1,143,40932
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area189510 Å2
ΔGint-1219 kcal/mol
Surface area386140 Å2

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要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA, mitochondria


分子量: 306932.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)

+
28S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 CELPQacdejpGIJNhikBFKORUbf

#2: タンパク質 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / S24mt


分子量: 19111.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2M2T7
#3: タンパク質 28S ribosomal protein S5, mitochondrial / S5mt


分子量: 47956.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2KID9
#4: タンパク質 28S ribosomal protein S12, mitochondrial / S12mt


分子量: 15479.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q29RU1
#5: タンパク質 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / S16mt


分子量: 15157.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82915
#6: タンパク質 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / S17mt


分子量: 14497.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82916
#7: タンパク質 28S ribosomal protein S22, mitochondrial / S22mt


分子量: 40720.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82649
#8: タンパク質 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / S25mt


分子量: 20085.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82669
#9: タンパク質 28S ribosomal protein S26, mitochondrial / S26mt


分子量: 23815.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3SZ86
#10: タンパク質 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / S27mt / Mitochondrial ribosomal protein S27


分子量: 48017.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q32PI8
#11: タンパク質 28S ribosomal protein S34, mitochondrial / S34mt


分子量: 25880.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82929
#12: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2


分子量: 29217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82918
#13: タンパク質 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / S7mt


分子量: 28179.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3T040
#14: タンパク質 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / S9mt


分子量: 45302.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q58DQ5
#15: タンパク質 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / S10mt


分子量: 23069.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82670
#16: タンパク質 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / S14mt


分子量: 15073.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B860
#18: タンパク質 28S ribosomal protein S31, mitochondrial / S31mt


分子量: 43740.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82925
#19: タンパク質 28S ribosomal protein S33, mitochondrial / S33mt


分子量: 12480.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82926
#20: タンパク質 28S ribosomal protein S35, mitochondrial / S35mt / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / S28mt


分子量: 37129.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2YDF6
#23: タンパク質 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / S2mt


分子量: 31775.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82923
#24: タンパク質 28S ribosomal protein S6, mitochondrial / S6mt


分子量: 14171.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82931
#25: タンパク質 28S ribosomal protein S11, mitochondrial / S11mt


分子量: 20869.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82911
#26: タンパク質 28S ribosomal protein S15, mitochondrial / S15mt


分子量: 29245.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82913
#27: タンパク質 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial / S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1


分子量: 16240.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82917
#28: タンパク質 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / S21mt


分子量: 10697.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82920
#29: タンパク質 28S ribosomal protein S23, mitochondrial / S23mt


分子量: 21625.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2NL27
#30: タンパク質 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / S28mt


分子量: 21077.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P82928

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タンパク質 , 5種, 5分子 gmonz

#17: タンパク質 DAP3 protein


分子量: 40505.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A6QQP1
#21: タンパク質 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1


分子量: 13581.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2HJE8
#22: タンパク質 Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial / 28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39


分子量: 60587.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2KI62
#31: タンパク質 Aurora kinase A interacting protein 1


分子量: 22968.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q0VCJ1
#32: タンパク質 Translation initiation factor IF-3, mitochondrial / IF3mt


分子量: 28213.160 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 32-278 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H2K0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit
タイプ: RIBOSOME
詳細: Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit
Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
11Bos taurus (ウシ)9913
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99178 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 97 / プロトコル: OTHER
原子モデル構築PDB-ID: 3JD5

3jd5


Accession code: 3JD5 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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