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- EMDB-9269: Single-Molecule 3D Image of Low-Density Lipoprotein in Complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9269
タイトルSingle-Molecule 3D Image of Low-Density Lipoprotein in Complex with Cholesteryl Ester Transfer Protein (No. 02)
マップデータ
試料
  • 複合体: Human plasma low-density lipoprotein in complex with cholesteryl ester transfer protein
    • 複合体: Human plasma low-density lipoprotein
    • 細胞器官・細胞要素: Cholesteryl ester transfer protein
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 71.0 Å
データ登録者Wu H / Zhai X / Lei D / Liu J / Yu Y / Bie R / Ren G
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: An Algorithm for Enhancing the Image Contrast of Electron Tomography.
著者: Hao Wu / Xiaobo Zhai / Dongsheng Lei / Jianfang Liu / Yadong Yu / Rongfang Bie / Gang Ren /
要旨: Three-dimensional (3D) reconstruction of a single protein molecule is essential for understanding the relationship between the structural dynamics and functions of the protein. Electron tomography ...Three-dimensional (3D) reconstruction of a single protein molecule is essential for understanding the relationship between the structural dynamics and functions of the protein. Electron tomography (ET) provides a tool for imaging an individual particle of protein from a series of tilted angles. Individual-particle electron tomography (IPET) provides an approach for reconstructing a 3D density map from a single targeted protein particle (without averaging from different particles of this type of protein), in which the target particle was imaged from a series of tilting angles. However, owing to radiation damage limitations, low-dose images (high noise, and low image contrast) are often challenging to be aligned for 3D reconstruction at intermediate resolution (1-3 nm). Here, we propose a computational method to enhance the image contrast, without increasing any experimental dose, for IPET 3D reconstruction. Using an edge-preserving smoothing-based multi-scale image decomposition algorithm, this method can detect the object against a high-noise background and enhance the object image contrast without increasing the noise level or significantly decreasing the image resolution. The method was validated by using both negative staining (NS) ET and cryo-ET images. The successful 3D reconstruction of a small molecule (<100 kDa) indicated that this method can be used as a supporting tool to current ET 3D reconstruction methods for studying protein dynamics via structure determination from each individual particle of the same type of protein.
履歴
登録2018年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月28日-
マップ公開2018年11月28日-
更新2018年11月28日-
現状2018年11月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9269.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9269.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 480. Å		4.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 480. Å		4.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 480. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルムービー #1: 0.3
最小 - 最大-0.3867251 - 1.2899266
平均 (標準偏差)0.03146992 (±0.15179084)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 480.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.84.84.8
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z480.000480.000480.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.3871.2900.031

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human plasma low-density lipoprotein in complex with cholesteryl ...

全体名称: Human plasma low-density lipoprotein in complex with cholesteryl ester transfer protein
要素
  • 複合体: Human plasma low-density lipoprotein in complex with cholesteryl ester transfer protein
    • 複合体: Human plasma low-density lipoprotein
    • 細胞器官・細胞要素: Cholesteryl ester transfer protein

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超分子 #1: Human plasma low-density lipoprotein in complex with cholesteryl ...

超分子名称: Human plasma low-density lipoprotein in complex with cholesteryl ester transfer protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Low-density lipoproteins (LDLs) were isolated from human plasma by density gradient ultracentrifugation (Children's Hospital Oakland Research Institute). Cholesteryl ester transfer protein ...詳細: Low-density lipoproteins (LDLs) were isolated from human plasma by density gradient ultracentrifugation (Children's Hospital Oakland Research Institute). Cholesteryl ester transfer protein (CETP) was produced by MERCK. LDL and CETP were incubated at 37 degC for 15 minutes at a molar ratio of ~4:1.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.5 MDa

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超分子 #2: Human plasma low-density lipoprotein

超分子名称: Human plasma low-density lipoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: Low-density lipoproteins (LDLs) were isolated from human plasma by density gradient ultracentrifugation (Children's Hospital Oakland Research Institute).

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超分子 #3: Cholesteryl ester transfer protein

超分子名称: Cholesteryl ester transfer protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: Cholesteryl ester transfer protein (CETP) was produced by MERCK.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: 1X Dulbeccos phosphate-buffered saline
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: LEICA EM GP
詳細Low-density lipoproteins (LDLs) were isolated from human plasma by density gradient ultracentrifugation (Children's Hospital Oakland Research Institute). Cholesteryl ester transfer protein (CETP) was produced by MERCK. LDL and CETP were incubated at 37 degC for 15 minutes at a molar ratio of ~4:1.
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡ZEISS LIBRA120PLUS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 0.26 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 倍率（公称値）: 50000

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画像解析

詳細X-ray speckles in images were removed before CTF correction.
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 71.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
詳細: The 3D reconstruction was performed by using individual-particle electron tomography (IPET). The obtained 3D map was low-pass filtered to 7 nm.
使用した粒子像数: 77
CTF補正ソフトウェア - 名称: TOMOCTF
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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