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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9248 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of full-length IP3R1 channel in Apo-state | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM density map of IP3R1 in apo-state | |||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Fan G / Baker MR / Wang Z / Seryshev AB / Ludtke SJ / Baker ML / Serysheva II | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM reveals ligand induced allostery underlying InsPR channel gating. 著者: Guizhen Fan / Mariah R Baker / Zhao Wang / Alexander B Seryshev / Steven J Ludtke / Matthew L Baker / Irina I Serysheva / 要旨: Inositol-1,4,5-trisphosphate receptors (InsPRs) are cation channels that mobilize Ca from intracellular stores in response to a wide range of cellular stimuli. The paradigm of InsPR activation is the ...Inositol-1,4,5-trisphosphate receptors (InsPRs) are cation channels that mobilize Ca from intracellular stores in response to a wide range of cellular stimuli. The paradigm of InsPR activation is the coupled interplay between binding of InsP and Ca that switches the ion conduction pathway between closed and open states to enable the passage of Ca through the channel. However, the molecular mechanism of how the receptor senses and decodes ligand-binding signals into gating motion remains unknown. Here, we present the electron cryo-microscopy structure of InsPR1 from rat cerebellum determined to 4.1 Å resolution in the presence of activating concentrations of Ca and adenophostin A (AdA), a structural mimetic of InsP and the most potent known agonist of the channel. Comparison with the 3.9 Å-resolution structure of InsPR1 in the Apo-state, also reported herein, reveals the binding arrangement of AdA in the tetrameric channel assembly and striking ligand-induced conformational rearrangements within cytoplasmic domains coupled to the dilation of a hydrophobic constriction at the gate. Together, our results provide critical insights into the mechanistic principles by which ligand-binding allosterically gates InsPR channel. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9248.map.gz | 28.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9248-v30.xml emd-9248.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9248.png | 197.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9248 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9248 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9248_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9248_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9248_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9248 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9248 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM density map of IP3R1 in apo-state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor
全体 | 名称: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor
超分子 | 名称: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: tetrameric assembly |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Brain / 組織: Cerebellum / Organelle: endoplasmic reticulum / 細胞中の位置: membrane |
分子量 | 理論値: 1.3 MDa |
-分子 #1: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor
分子 | 名称: Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
配列 | 文字列: MSDKMSSFLH IGDICSLYAE GSTNGFISTL GLVDDRCVVQ PEAGDLNNPP KKFRDCLFKL CPMNRYSAQK QFWKAAKPG ANSTTDAVLL NKLHHAADLE KKQNETENRK LLGTVIQYGN VIQLLHLKSN KYLTVNKRLP A LLEKNAMR VTLDEAGNEG SWFYIQPFYK ...文字列: MSDKMSSFLH IGDICSLYAE GSTNGFISTL GLVDDRCVVQ PEAGDLNNPP KKFRDCLFKL CPMNRYSAQK QFWKAAKPG ANSTTDAVLL NKLHHAADLE KKQNETENRK LLGTVIQYGN VIQLLHLKSN KYLTVNKRLP A LLEKNAMR VTLDEAGNEG SWFYIQPFYK LRSIGDSVVI GDKVVLNPVN AGQPLHASSH QLVDNPGCNE VN SVNCNTS WKIVLFMKWS DNKDDILKGG DVVRLFHAEQ EKFLTCDEHR KKQHVFLRTT GRQSATSATS SKA LWEVEV VQHDPCRGGA GYWNSLFRFK HLATGHYLAA EVDPDFEEEC LEFQPSVDPD QDASRSRLRN AQEK MVYSL VSVPEGNDIS SIFELDPTTL RGGDSLVPRN SYVRLRHLCT NTWVHSTNIP IDKEEEKPVM LKIGT SPLK EDKEAFAIVP VSPAEVRDLD FANDASKVLG SIAGKLEKGT ITQNERRSVT KLLEDLVYFV TGGTNS GQD VLEVVFSKPN RERQKLMREQ NILKQIFKLL QAPFTDCGDG PMLRLEELGD QRHAPFRHIC RLCYRVL RH SQQDYRKNQE YIAKQFGFMQ KQIGYDVLAE DTITALLHNN RKLLEKHITA AEIDTFVSLV RKNREPRF L DYLSDLCVSM NKSIPVTQEL ICKAVLNPTN ADILIETKLV LSRFEFEGVS TGENALEAGE DEEEVWLFW RDSNKEIRSK SVRELAQDAK EGQKEDRDVL SYYRYQLNLF ARMCLDRQYL AINEISGQLD VDLILRCMSD ENLPYDLRA SFCRLMLHMH VDRDPQEQVT PVKYARLWSE IPSEIAIDDY DSSGASKDEI KERFAQTMEF V EEYLRDVV CQRFPFSDKE KNKLTFEVVN LARNLIYFGF YNFSDLLRLT KILLAILDCV HVTTIFPISK MT KGEENKG SNVMRSIHGV GELMTQVVLR GGGFLPMTPM AAAPEGNVKQ AEPEKEDIMV MDTKLKIIEI LQF ILNVRL DYRISCLLCI FKREFDESNS QSSETSSGNS SQEGPSNVPG ALDFEHIEEQ AEGIFGGSEE NTPL DLDDH GGRTFLRVLL HLTMHDYPPL VSGALQLLFR HFSQRQEVLQ AFKQVQLLVT SQDVDNYKQI KQDLD QLRS IVEKSELWVY KGQGPDEPMD GASGENEHKK TEEGTSKPLK HESTSSYNYR VVKEILIRLS KLCVQE SAS VRKSRKQQQR LLRNMGAHAV VLELLQIPYE KAEDTKMQEI MRLAHEFLQN FCAGNQQNQA LLHKHIN LF LNPGILEAVT MQHIFMNNFQ LCSEINERVV QHFVHCIETH GRNVQYIKFL QTIVKAEGKF IKKCQDMV M AELVNSGEDV LVFYNDRASF QTLIQMMRSE RDRMDENSPL FMYHIHLVEL LAVCTEGKNV YTEIKCNSL LPLDDIVRVV THEDCIPEVK IAYINFLNHC YVDTEVEMKE IYTSNHMWKL FENFLVDICR ACNNTSDRKH ADSVLEKYV TEIVMSIVTT FFSSPFSDQS TTLQTRQPVF VQLLQGVFRV YHCNWLMPSQ KASVESCIRV L SDVAKSRA IAIPVDLDSQ VNNLFLKSHN IVQKTAMNWR LSARNAARRD SVLAASRDYR NIIERLQDIV SA LEDRLRP LVQAELSVLV DVLHRPELLF PENTDARRKC ESGGFICKLI KHTKQLLEEN EEKLCIKVLQ TLR EMMTKD RGYGEKQISI DELENAELPQ PPEAENSTEQ ELEPSPPLRQ LEDHKRGEAL RQILVNRYYG NIRP SGRRE SLTSFGNGPL SPGGPSKPGG GGGGPGSGST SRGEMSLAEV QCHLDKEGAS NLVIDLIMNA SSDRV FHES ILLAIALLEG GNTTIQHSFF CRLTEDKKSE KFFKVFYDRM KVAQQEIKAT VTVNTSDLGN KKKDDE VDR DAPSRKKAKE PTTQITEEVR DQLLEASAAT RKAFTTFRRE ADPDDHYQSG EGTQATTDKA KDDLEMS AV ITIMQPILRF LQLLCENHNR DLQNFLRCQN NKTNYNLVCE TLQFLDCICG STTGGLGLLG LYINEKNV A LINQTLESLT EYCQGPCHEN QNCIATHESN GIDIITALIL NDINPLGKKR MDLVLELKNN ASKLLLAIM ESRHDSENAE RILYNMRPKE LVEVIKKAYM QGEVEFEDGE NGEDGAASPR NVGHNIYILA HQLARHNKEL QTMLKPGGQ VDGDEALEFY AKHTAQIEIV RLDRTMEQIV FPVPSICEFL TKESKLRIYY TTERDEQGSK I NDFFLRSE DLFNEMNWQK KLRAQPVLYW CARNMSFWSS ISFNLAVLMN LLVAFFYPFK GVRGGTLEPH WS GLLWTAM LISLAIVIAL PKPHGIRALI ASTILRLIFS VGLQPTLFLL GAFNVCNKII FLMSFVGNCG TFT RGYRAM VLDVEFLYHL LYLLICAMGL FVHEFFYSLL LFDLVYREET LLNVIKSVTR NGRPIILTAA LALI LVYLF SIVGYLFFKD DFILEVDRLP NETAGPETGE SLANDFLYSD VCRVETGENC TSPAPKEELL PVEET EQDK EHTCETLLMC IVTVLSHGLR SGGGVGDVLR KPSKEEPLFA ARVIYDLLFF FMVIIIVLNL IFGVII DTF ADLRSEKQKK EEILKTTCFI CGLERDKFDN KTVTFEEHIK EEHNMWHYLC FIVLVKVKDS TEYTGPE SY VAEMIRERNL DWFPRMRAMS LVSSDSEGEQ NELRNLQEKL ESTMKLVTNL SGQLSELKDQ MTEQRKQK Q RIGLLGHPPH MNVNPQQPA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 50 mM Tris-HCl buffer (pH 7.4), 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.4% CHAPS, 2 mM EGTA, 1 mM EDTA, protease inhibitors |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unavailable |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | 0.1 mg/ml |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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温度 | 最低: 93.0 K / 最高: 93.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-17 / 実像数: 9823 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |