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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9225 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome | |||||||||
![]() | State EB map of substrate-engaged human proteasome low pass-filtered to 3 Angstrom, without amplitude correction | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Mao YD | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures and dynamics of substrate-engaged human 26S proteasome. 著者: Yuanchen Dong / Shuwen Zhang / Zhaolong Wu / Xuemei Li / Wei Li Wang / Yanan Zhu / Svetla Stoilova-McPhie / Ying Lu / Daniel Finley / Youdong Mao / ![]() ![]() 要旨: The proteasome is an ATP-dependent, 2.5-megadalton molecular machine that is responsible for selective protein degradation in eukaryotic cells. Here we present cryo-electron microscopy structures of ...The proteasome is an ATP-dependent, 2.5-megadalton molecular machine that is responsible for selective protein degradation in eukaryotic cells. Here we present cryo-electron microscopy structures of the substrate-engaged human proteasome in seven conformational states at 2.8-3.6 Å resolution, captured during breakdown of a polyubiquitylated protein. These structures illuminate a spatiotemporal continuum of dynamic substrate-proteasome interactions from ubiquitin recognition to substrate translocation, during which ATP hydrolysis sequentially navigates through all six ATPases. There are three principal modes of coordinated hydrolysis, featuring hydrolytic events in two oppositely positioned ATPases, in two adjacent ATPases and in one ATPase at a time. These hydrolytic modes regulate deubiquitylation, initiation of translocation and processive unfolding of substrates, respectively. Hydrolysis of ATP powers a hinge-like motion in each ATPase that regulates its substrate interaction. Synchronization of ATP binding, ADP release and ATP hydrolysis in three adjacent ATPases drives rigid-body rotations of substrate-bound ATPases that are propagated unidirectionally in the ATPase ring and unfold the substrate. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 745.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 39.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 752.5 MB 730.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 77.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 492 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9215C ![]() 9216C ![]() 9217C ![]() 9218C ![]() 9219C ![]() 9220C ![]() 9221C ![]() 9222C ![]() 9223C ![]() 9224C ![]() 9226C ![]() 9227C ![]() 9228C ![]() 9229C ![]() 6msbC ![]() 6msdC ![]() 6mseC ![]() 6msgC ![]() 6mshC ![]() 6msjC ![]() 6mskC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 13.9 TB Data #1: Drift-corrected frame-averaged super-counting mode micrographs and extracted particles of substrate-engaged human 26S proteasome [micrographs - single frame]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | State EB map of substrate-engaged human proteasome low pass-filtered to 3 Angstrom, without amplitude correction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.685 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: State EB map of substrate-engaged human proteasome low...
ファイル | emd_9225_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | State EB map of substrate-engaged human proteasome low pass-filtered to 3 Angstrom, with amplitude corrected by a B-factor of -35 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unfiltered, uncorrected raw EB map
ファイル | emd_9225_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered, uncorrected raw EB map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Proteasome
全体 | 名称: Proteasome |
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要素 |
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-超分子 #1: Proteasome
超分子 | 名称: Proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 242965 |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |