[日本語] English
万見
- EMDB-9192: Cryo-electron microscopy structure of Plasmodium falciparum Rh5/C... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9192
タイトルCryo-electron microscopy structure of Plasmodium falciparum Rh5/CyRPA/Ripr invasion complex
マップデータ
試料
  • 複合体: PfRh5/CyRPA/PfRipr complex
    • タンパク質・ペプチド: Cysteine-rich protective antigen
    • タンパク質・ペプチド: Reticulocyte binding protein 5
    • タンパク質・ペプチド: PfRipr
    • タンパク質・ペプチド: PfRipr
キーワードInvasion Ligand Protein complex / CELL INVASION
機能・相同性
機能・相同性情報


microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich protective antigen 6 bladed domain / Cysteine-Rich Protective Antigen 6 bladed domain / Rh5 coiled-coil domain / Rh5 coiled-coil domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Reticulocyte binding protein 5 / Cysteine-rich protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) / Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) / Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.17 Å
データ登録者Wilson W / Zhiheng Y
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT637406 オーストラリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of Plasmodium falciparum Rh5-CyRPA-Ripr invasion complex.
著者: Wilson Wong / Rick Huang / Sebastien Menant / Chuan Hong / Jarrod J Sandow / Richard W Birkinshaw / Julie Healer / Anthony N Hodder / Usheer Kanjee / Christopher J Tonkin / Denise Heckmann / ...著者: Wilson Wong / Rick Huang / Sebastien Menant / Chuan Hong / Jarrod J Sandow / Richard W Birkinshaw / Julie Healer / Anthony N Hodder / Usheer Kanjee / Christopher J Tonkin / Denise Heckmann / Vladislav Soroka / Teit Max Moscote Søgaard / Thomas Jørgensen / Manoj T Duraisingh / Peter E Czabotar / Willem A de Jongh / Wai-Hong Tham / Andrew I Webb / Zhiheng Yu / Alan F Cowman /
要旨: Plasmodium falciparum causes the severe form of malaria that has high levels of mortality in humans. Blood-stage merozoites of P. falciparum invade erythrocytes, and this requires interactions ...Plasmodium falciparum causes the severe form of malaria that has high levels of mortality in humans. Blood-stage merozoites of P. falciparum invade erythrocytes, and this requires interactions between multiple ligands from the parasite and receptors in hosts. These interactions include the binding of the Rh5-CyRPA-Ripr complex with the erythrocyte receptor basigin, which is an essential step for entry into human erythrocytes. Here we show that the Rh5-CyRPA-Ripr complex binds the erythrocyte cell line JK-1 significantly better than does Rh5 alone, and that this binding occurs through the insertion of Rh5 and Ripr into host membranes as a complex with high molecular weight. We report a cryo-electron microscopy structure of the Rh5-CyRPA-Ripr complex at subnanometre resolution, which reveals the organization of this essential invasion complex and the mode of interactions between members of the complex, and shows that CyRPA is a critical mediator of complex assembly. Our structure identifies blades 4-6 of the β-propeller of CyRPA as contact sites for Rh5 and Ripr. The limited contacts between Rh5-CyRPA and CyRPA-Ripr are consistent with the dissociation of Rh5 and Ripr from CyRPA for membrane insertion. A comparision of the crystal structure of Rh5-basigin with the cryo-electron microscopy structure of Rh5-CyRPA-Ripr suggests that Rh5 and Ripr are positioned parallel to the erythrocyte membrane before membrane insertion. This provides information on the function of this complex, and thereby provides insights into invasion by P. falciparum.
履歴
登録2018年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月24日-
マップ公開2018年12月12日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mpv
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6mpv
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9192.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9192.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.034 / ムービー #1: 0.034
最小 - 最大-0.05678736 - 0.14083731
平均 (標準偏差)0.000076569624 (±0.0026534924)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.000312.000312.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0570.1410.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : PfRh5/CyRPA/PfRipr complex

全体名称: PfRh5/CyRPA/PfRipr complex
要素
  • 複合体: PfRh5/CyRPA/PfRipr complex
    • タンパク質・ペプチド: Cysteine-rich protective antigen
    • タンパク質・ペプチド: Reticulocyte binding protein 5
    • タンパク質・ペプチド: PfRipr
    • タンパク質・ペプチド: PfRipr

-
超分子 #1: PfRh5/CyRPA/PfRipr complex

超分子名称: PfRh5/CyRPA/PfRipr complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

-
分子 #1: Cysteine-rich protective antigen

分子名称: Cysteine-rich protective antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 39.270195 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: RHVFIRTELS FIKNNVPCIR DMFFIYKREL YNICLDDLKG EEDETHIYVQ KKVKDSWITL NDLFKETDLT GRPHIFAYVD VEEIIILLC EDEEFSNRKK DMTCHRFYSN DGKEYNNAEI TISDYILKDK LLSSYVSLPL KIENREYFLI CGVSPYKFKD D NKKDDILC ...文字列:
RHVFIRTELS FIKNNVPCIR DMFFIYKREL YNICLDDLKG EEDETHIYVQ KKVKDSWITL NDLFKETDLT GRPHIFAYVD VEEIIILLC EDEEFSNRKK DMTCHRFYSN DGKEYNNAEI TISDYILKDK LLSSYVSLPL KIENREYFLI CGVSPYKFKD D NKKDDILC MASHDKGETW GTKIVIKYDN YKLGVQYFFL RPYISKNDLS FHFYVGDNIN NVKNVNFIEC THEKDLEFVC SN RDFLKDN KVLQDVSTLN DEYIVSYGND NNFAECYIFF NNENSILIKP EKYGNTTAGC YGGTFVKIDE NRALFIYSSS QGI YNIHTI YYANYE

UniProtKB: Cysteine-rich protective antigen

-
分子 #2: Reticulocyte binding protein 5

分子名称: Reticulocyte binding protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 39.803371 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: IIPHYTFLDY YKHLSYNSIY HKSSTYGKCI AVDAFIKKIN ETYDKVKSKC NDIKNDLIAT IKKLEHPYDI NNKNDDSYRY DISEEIDDK SEETDDETEE VEDSIQDTDS NHTPSNKKKN DLMNRTFKKM MDEYNTKKKK LIKCIKNHEN DFNKICMDMK N YGTNLFEQ ...文字列:
IIPHYTFLDY YKHLSYNSIY HKSSTYGKCI AVDAFIKKIN ETYDKVKSKC NDIKNDLIAT IKKLEHPYDI NNKNDDSYRY DISEEIDDK SEETDDETEE VEDSIQDTDS NHTPSNKKKN DLMNRTFKKM MDEYNTKKKK LIKCIKNHEN DFNKICMDMK N YGTNLFEQ LSCYNNNFCN TNGIRYHYDE YIHKLILSVK SKNLNKDLSD MTNILQQSEL LLTNLNKKMG SYIYIDTIKF IH KEMKHIF NRIEYHTKII NDKTKIIQDK IKLNIWRTFQ KDELLKRILD MSNEYSLFIT SDHLRQMLYN TFYSKEKHLN NIF HHLIYV LQMK

UniProtKB: Reticulocyte binding protein 5

-
分子 #3: PfRipr

分子名称: PfRipr / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 1.379692 KDa
組換発現生物種: Drosophila nebulosa (ハエ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

-
分子 #4: PfRipr

分子名称: PfRipr / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 443.539 Da
組換発現生物種: Drosophila nebulosa (ハエ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8.5 / 詳細: 20 mM Tris, pH 8.5, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was equipped with a Cs corrector with two hexapole elements
エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 12974 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 92.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 48077 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initial
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 218837
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4wat

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5tik

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6mpv:
Cryo-electron microscopy structure of Plasmodium falciparum Rh5/CyRPA/Ripr invasion complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る