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- PDB-8tzb: Structure of the C-terminal half of LRRK2 bound to GZD-824 (I2020... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tzb
タイトルStructure of the C-terminal half of LRRK2 bound to GZD-824 (I2020T mutant)
要素
  • Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2
  • designed ankyrin repeat proteins E11
キーワードPROTEIN BINDING / Kinase inhibitors / Kinase / GTPases
機能・相同性
機能・相同性情報


caveola neck / : / beta-catenin destruction complex binding / regulation of branching morphogenesis of a nerve / Wnt signalosome assembly / regulation of kidney size / regulation of cell projection organization / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / GTP-dependent protein kinase activity / regulation of SNARE complex assembly ...caveola neck / : / beta-catenin destruction complex binding / regulation of branching morphogenesis of a nerve / Wnt signalosome assembly / regulation of kidney size / regulation of cell projection organization / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / GTP-dependent protein kinase activity / regulation of SNARE complex assembly / regulation of neuroblast proliferation / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / peroxidase inhibitor activity / negative regulation of late endosome to lysosome transport / regulation of mitochondrial depolarization / : / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / amphisome / regulation of synaptic vesicle transport / regulation of lysosomal lumen pH / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / co-receptor binding / negative regulation of GTPase activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of microglial cell activation / regulation of neuron maturation / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of autophagosome assembly / olfactory bulb development / regulation of cAMP/PKA signal transduction / JUN kinase kinase kinase activity / neuron projection arborization / striatum development / multivesicular body, internal vesicle / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of dendritic spine morphogenesis / mitochondrion localization / protein localization to mitochondrion / cellular response to dopamine / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum organization / positive regulation of protein autoubiquitination / Wnt signalosome / negative regulation of protein processing / positive regulation of programmed cell death / GTP metabolic process / regulation of canonical Wnt signaling pathway / syntaxin-1 binding / regulation of reactive oxygen species metabolic process / lysosome organization / Golgi-associated vesicle / clathrin binding / PTK6 promotes HIF1A stabilization / negative regulation of macroautophagy / regulation of mitochondrial fission / protein kinase A binding / regulation of locomotion / neuromuscular junction development / regulation of synaptic vesicle exocytosis / Golgi organization / intracellular distribution of mitochondria / microvillus / exploration behavior / endoplasmic reticulum exit site / autolysosome / locomotory exploration behavior / negative regulation of Notch signaling pathway / MAP kinase kinase kinase activity / canonical Wnt signaling pathway / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Rho protein signal transduction / presynaptic cytosol / neuron projection morphogenesis / phagocytic vesicle / cellular response to manganese ion / JNK cascade / positive regulation of autophagy / dendrite cytoplasm / tubulin binding / GTPase activator activity / cellular response to starvation / positive regulation of protein ubiquitination / SNARE binding / determination of adult lifespan / cellular response to reactive oxygen species / mitochondrion organization / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / trans-Golgi network / calcium-mediated signaling / regulation of protein stability / regulation of autophagy / autophagy / small GTPase binding / mitochondrial membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / LRRK2 ARM repeat / LRRK2 ANK repeat / LRRK2 beta propeller / : / C-terminal of Roc, COR-B domain / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain ...: / : / : / LRRK2 ARM repeat / LRRK2 ANK repeat / LRRK2 beta propeller / : / C-terminal of Roc, COR-B domain / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Rab subfamily of small GTPases / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T3X / Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Villagran-Suarez, A. / Sanz-Murillo, M. / Alegrio-Louro, J. / Leschziner, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Michael J. Fox FoundationASAP-000519 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Inhibition of Parkinson's disease-related LRRK2 by type I and type II kinase inhibitors: Activity and structures.
著者: Marta Sanz Murillo / Amalia Villagran Suarez / Verena Dederer / Deep Chatterjee / Jaime Alegrio Louro / Stefan Knapp / Sebastian Mathea / Andres E Leschziner /
要旨: Mutations in leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) are a common cause of familial Parkinson's disease (PD) and a risk factor for the sporadic form. Increased kinase activity was shown in patients with ...Mutations in leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) are a common cause of familial Parkinson's disease (PD) and a risk factor for the sporadic form. Increased kinase activity was shown in patients with both familial and sporadic PD, making LRRK2 kinase inhibitors a major focus of drug development efforts. Although much progress has been made in understanding the structural biology of LRRK2, there are no available structures of LRRK2 inhibitor complexes. To this end, we solved cryo-electron microscopy structures of LRRK2, wild-type and PD-linked mutants, bound to the LRRK2-specific type I inhibitor MLi-2 and the broad-spectrum type II inhibitor GZD-824. Our structures revealed an active-like LRRK2 kinase in the type I inhibitor complex, and an inactive DYG-out in the type II inhibitor complex. Our structural analysis also showed how inhibitor-induced conformational changes in LRRK2 are affected by its autoinhibitory N-terminal repeats. The structures provide a template for the rational development of LRRK2 kinase inhibitors covering both canonical inhibitor binding modes.
履歴
登録2023年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2
B: designed ankyrin repeat proteins E11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,7623
ポリマ－306,2302
非ポリマー5331
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2


分子量: 286462.781 Da / 分子数: 1 / 変異: I2020T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5S007
#2: タンパク質 designed ankyrin repeat proteins E11


分子量: 19766.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-T3X / 4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-3-[(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]benzamide


分子量: 532.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H27F3N6O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LRRK2-RCKW G2019S bound to GZD-824 and E11 DARPin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMHepes1
32.5 mMMgCl21
420 uMGDP1
50.5 mMTCEP1
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 5uM LRRK2 with 6.75uM DARPin and 40uM GZD-824
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7736
詳細: Total images collected were 8,386 and final images used were 7736

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Topaz粒子像選択
3cryoSPARC画像取得
5cryoSPARCCTF補正
8Coot0.9.8.7モデルフィッティング
9Rosetta3.13モデルフィッティング
11cryoSPARC初期オイラー角割当
12cryoSPARC最終オイラー角割当
14cryoSPARC３次元再構成
15PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5961012
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 270306 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038244
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60611144
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.381062
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421300
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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