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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8etk | ||||||
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タイトル | Bile salt hydrolase A from Lactobacillus gasseri bound to covalent probe | ||||||
要素 | Conjugated bile salt hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / bile salt hydrolase | ||||||
機能・相同性 | : / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / hydrolase activity / Chem-WU9 / Conjugated bile salt hydrolase related amidase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactobacillus gasseri (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Walker, M.E. / Grundy, M.K. / Redinbo, M.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural diversity of bile salt hydrolases reveals rationale for substrate selectivity 著者: Walker, M.E. / Grundy, M.K. / Redinbo, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8etk.cif.gz | 154 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8etk.ent.gz | 108.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8etk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8etk_validation.pdf.gz | 930.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8etk_full_validation.pdf.gz | 932.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8etk_validation.xml.gz | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8etk_validation.cif.gz | 35.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/8etk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/8etk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8esgC 8esiC 8eslC 8eteC 8etfC 8ewtC 8faoC 7svfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35860.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus gasseri (乳酸菌) / 遺伝子: LGAS_0054 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A805Z5R7 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium phosphate dibasic:citric acid, pH 4.2, 40% (v/v) PEG 300. Probe was incubated with protein before tray setup at 6.94 mg/mL protein concentration. Crystals formed in a 1:1 protein:crystallant ratio. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→48.54 Å / Num. obs: 84823 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 34.38 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1765 / Rpim(I) all: 0.04826 / Rrim(I) all: 0.1831 / Net I/σ(I): 12.09 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.895 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 4.355 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 8358 / CC1/2: 0.357 / CC star: 0.725 / Rpim(I) all: 1.166 / Rrim(I) all: 4.51 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7SVF 解像度: 1.83→48.54 Å / SU ML: 0.2611 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5597 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→48.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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