PDB-8cxw: CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cxw

タイトル

CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA and Inhibitor piclidenoson (Compound 4)

要素

DNA Strand 1
DNA Strand 2
Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Adenine Methylation / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile 630 (バクテリア)

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Zhou, J. / Cheng, X.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Systematic Design of Adenosine Analogs as Inhibitors of a Clostridioides difficile- Specific DNA Adenine Methyltransferase Required for Normal Sporulation and Persistence.
著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Menna, M. / Fiorentino, F. / Ren, R. / Yu, D. / Hajian, T. / Vedadi, M. / Mazzoccanti, G. / Ciogli, A. / Weinhold, E. / Huben, M. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / ...

履歴

登録	2022年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cxw.cif.gz	934.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cxw.ent.gz	638.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cxw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/8cxw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cxsC 8cxtC 8cxuC 8cxvC 8cxxC 8cxyC 8cxzC 8cy0C 8cy1C 8cy2C 8cy3C 8cy4C 8cy5C 7lnjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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類似性 (1)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
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インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
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TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
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トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
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ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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DNA (DNA)
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胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
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類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
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#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

D: DNA Strand 1

E: DNA Strand 2

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

ヘテロ分子

234 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

D: DNA Strand 1

E: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
78.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

F: DNA Strand 1

G: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

H: DNA Strand 1

I: DNA Strand 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.326, 161.634, 229.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / CamA methyltransferase 分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile 630 (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

#1: タンパク質

Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / CamA methyltransferase

分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridioides difficile 630 (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q183J3, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 DFHEGI

#2: DNA鎖	DNA Strand 1 分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)
#3: DNA鎖	DNA Strand 2 分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Clostridioides difficile (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 379分子

#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-Q8L / Piclidenoson / IB-MECA 分子量: 510.286 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉IN₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 21~24% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0~7.5, 0.28 M potassium citrate PH範囲: 7.0-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→46.8 Å / Num. obs: 76354 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 48.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.224 / R_pim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.78→2.89 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 1.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7506 / CC_1/2: 0.394 / CC star: 0.752 / R_pim(I) all: 0.789 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7LNJ

7lnj

解像度: 2.78→46.8 Å / SU ML: 0.3297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.6276
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2274	1998	2.62 %
R_work	0.1845	74170	-
obs	0.1857	76168	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.78→46.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13359	1704	114	364	15541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	15675
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4746	21491
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2354
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	2460
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.7395	5985

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.78-2.85	0.3263	135	0.3015	5032	X-RAY DIFFRACTION	96.22
2.85-2.93	0.3526	143	0.2811	5266	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.93-3.02	0.3416	142	0.2672	5289	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.02-3.11	0.2747	141	0.2506	5244	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.11-3.22	0.334	142	0.2541	5239	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.22-3.35	0.2628	141	0.2055	5261	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.35-3.51	0.2276	142	0.1865	5268	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3.51-3.69	0.2449	143	0.1803	5306	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.69-3.92	0.2422	141	0.177	5242	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.92-4.23	0.1974	143	0.1498	5288	X-RAY DIFFRACTION	99.09
4.23-4.65	0.185	144	0.1344	5342	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.65-5.32	0.1645	144	0.1412	5367	X-RAY DIFFRACTION	99.6
5.32-6.7	0.1767	145	0.1703	5400	X-RAY DIFFRACTION	99.41
6.7-46.8	0.1907	152	0.1718	5626	X-RAY DIFFRACTION	99.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6484115923	-0.317464271046	-1.04171444203	4.03894256371	1.12339191625	2.67279207486	-0.0405075956123	0.160802590223	-0.0223134932678	0.520450183422	-0.0265698317639	0.19499672264	-0.0190838755186	-0.244735462563	0.129059678556	0.478923221514	0.0651799190274	0.0757713311563	0.317529645527	-0.0189205215491	0.325275462264	-32.0837058876	1.2208766384	35.9526657909
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Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 30 through 90 )	A	A	30 - 90	1 - 61
2	2	chain 'A' and (resid 91 through 246 )	A	A	91 - 246	62 - 212
3	3	chain 'A' and (resid 247 through 273 )	A	A	247 - 273	213 - 239
4	4	chain 'A' and (resid 274 through 359 )	A	A	274 - 359	240 - 325
5	5	chain 'A' and (resid 360 through 428 )	A	A	360 - 428	326 - 394
6	6	chain 'A' and (resid 429 through 577 )	A	A	429 - 577	395 - 543
7	7	chain 'B' and (resid 29 through 130 )	B	B	29 - 130	1 - 102
8	8	chain 'B' and (resid 131 through 160 )	B	B	131 - 160	103 - 132
9	9	chain 'B' and (resid 161 through 577 )	B	B	161 - 577	133 - 549
10	10	chain 'C' and (resid 30 through 129 )	C	C	30 - 129	1 - 100
11	11	chain 'C' and (resid 130 through 259 )	C	C	130 - 259	101 - 220
12	12	chain 'C' and (resid 260 through 292 )	C	C	260 - 292	221 - 253
13	13	chain 'C' and (resid 293 through 333 )	C	C	293 - 333	254 - 294
14	14	chain 'C' and (resid 334 through 399 )	C	C	334 - 399	295 - 360
15	15	chain 'C' and (resid 400 through 428 )	C	C	400 - 428	361 - 389
16	16	chain 'C' and (resid 429 through 535 )	C	C	429 - 535	390 - 496
17	17	chain 'C' and (resid 536 through 577 )	C	C	536 - 577	497 - 538
18	18	chain 'D' and (resid 1 through 14 )	D	D	1 - 14
19	19	chain 'E' and (resid 1 through 14 )	E	E	1 - 14
20	20	chain 'F' and (resid 1 through 14 )	F	F	1 - 14
21	21	chain 'G' and (resid 1 through 14 )	G	G	1 - 14
22	22	chain 'H' and (resid 1 through 14 )	H	H	1 - 14
23	23	chain 'I' and (resid 1 through 14 )	I	I	1 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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