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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bgy | ||||||
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タイトル | O-Methyltransferase Plu4890 in complex with SAH and AQ-284a | ||||||
![]() | Methyltransferase Plu4890 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase / polyketide / anthraquinone | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huber, E.M. / Groll, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: A set of closely related methyltransferases for site-specific tailoring of anthraquinone pigments. 著者: Huber, E.M. / Kreling, L. / Heinrich, A.K. / Dunnebacke, M. / Pothig, A. / Bode, H.B. / Groll, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 540.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 448.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bgtSC ![]() 8bgxC ![]() 8bgzC ![]() 8bh0C ![]() 8bibC ![]() 8bicC ![]() 8bidC ![]() 8bieC ![]() 8bifC ![]() 8bigC ![]() 8bihC ![]() 8biiC ![]() 8bijC ![]() 8birC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 36550.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 449分子 ![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/QP3.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/QP3.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 化合物 | ChemComp-QP3 / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5, 30 % PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→48 Å / Num. obs: 116636 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 15941 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8BGT 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 10.023 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.461 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.28 Å2 / Biso mean: 38.747 Å2 / Biso min: 22.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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