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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8935 | |||||||||
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タイトル | Ebola virus Makona variant GP (mucin-deleted) in complex with pan-ebolavirus human antibody ADI-15878 Fab | |||||||||
![]() | Ebola virus glycoprotein (mucin-deleted) Makona variant ectodomain bound to human survivor antibody ADI-15878 Fab. | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / membrane => GO:0016020 / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane ...clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / membrane => GO:0016020 / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.14 Å | |||||||||
![]() | Murin CD / Ward AB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Pan-Ebolavirus Neutralization by an Antibody Targeting the Glycoprotein Fusion Loop. 著者: Charles D Murin / Jessica F Bruhn / Zachary A Bornholdt / Jeffrey Copps / Robyn Stanfield / Andrew B Ward / ![]() 要旨: Monoclonal antibodies (mAbs) with pan-ebolavirus cross-reactivity are highly desirable, but development of such mAbs is limited by a lack of a molecular understanding of cross-reactive epitopes. The ...Monoclonal antibodies (mAbs) with pan-ebolavirus cross-reactivity are highly desirable, but development of such mAbs is limited by a lack of a molecular understanding of cross-reactive epitopes. The antibody ADI-15878 was previously identified from a human survivor of Ebola virus Makona variant (EBOV/Mak) infection. This mAb demonstrated potent neutralizing activity against all known ebolaviruses and provided protection in rodent and ferret models against three ebolavirus species. Here, we describe the unliganded crystal structure of ADI-15878 as well as the cryo-EM structures of ADI-15878 in complex with the EBOV/Mak and Bundibugyo virus (BDBV) glycoproteins (GPs). ADI-15878 binds through an induced-fit mechanism by targeting highly conserved residues in the internal fusion loop (IFL), bridging across GP protomers via the heptad repeat 1 (HR1) region. Our structures provide a more complete description of the ebolavirus immunogenic landscape, as well as a molecular basis for how rare but potent antibodies target conserved filoviral fusion machinery. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 13.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 59 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 334.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 334.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Ebola virus glycoprotein (mucin-deleted) Makona variant ectodomain bound to human survivor antibody ADI-15878 Fab. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Ebola virus Zaire (Makona variant) glycoprotein (mucin-deleted) e...
全体 | 名称: Ebola virus Zaire (Makona variant) glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain bound to human survivor antibody ADI-15878 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Ebola virus Zaire (Makona variant) glycoprotein (mucin-deleted) e...
超分子 | 名称: Ebola virus Zaire (Makona variant) glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain bound to human survivor antibody ADI-15878 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 45 KDa |
-超分子 #2: Ebola virus Zaire (Makona variant) glycoprotein (mucin-deleted) e...
超分子 | 名称: Ebola virus Zaire (Makona variant) glycoprotein (mucin-deleted) ectodomain タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Human survivor antibody ADI-15878 Fab
超分子 | 名称: Human survivor antibody ADI-15878 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 / 詳細: Fab was generated by papain digestion of IgG |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Ebola virus Makona GP1
分子 | 名称: Ebola virus Makona GP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 35.51775 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SIPLGVIHNS TLQVSDVDKL VCRDKLSSTN QLRSVGLNLE GNGVATDVPS VTKRWGFRSG VPPKVVNYEA GEWAENCYNL EIKKPDGSE CLPAAPDGIR GFPRCRYVHK VSGTGPCAGD FAFHKEGAFF LYDRLASTVI YRGTTFAEGV VAFLILPQAK K DFFSSHPL ...文字列: SIPLGVIHNS TLQVSDVDKL VCRDKLSSTN QLRSVGLNLE GNGVATDVPS VTKRWGFRSG VPPKVVNYEA GEWAENCYNL EIKKPDGSE CLPAAPDGIR GFPRCRYVHK VSGTGPCAGD FAFHKEGAFF LYDRLASTVI YRGTTFAEGV VAFLILPQAK K DFFSSHPL REPVNATEDP SSGYYSTTIR YQATGFGTNE TEYLFEVDNL TYVQLESRFT PQFLLQLNET IYASGKRSNT TG KLIWKVN PEIDTTIGEW AFWETKKNLT RKIRSEELSF TAVNNNTHHQ DTGEESASSG KLGLITNTIA GVAGLITGGR RTR R |
-分子 #2: Ebola virus Makona GP2
分子 | 名称: Ebola virus Makona GP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 18.334406 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EVIVNAQPKC NPNLHFWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYTEGLMHNQ DGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDV EVDDDDKAGW SHPQFEKGGG SGGGSGGGSW S HPQFEK |
-分子 #3: Fv domain of ADI-15878 Fab light chain
分子 | 名称: Fv domain of ADI-15878 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.333459 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DIVLTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GEAPKLLISD ASSLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP DDFATYYCQ QYYSSPTFGG GTKVEIK |
-分子 #4: Fv domain of ADI-15878 Fab heavy chain
分子 | 名称: Fv domain of ADI-15878 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.171703 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGVT LVQPGGSLRV SCAASGFTFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVSA ISGLGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKD HRVWAAGYHF DYWGQGALVT VS |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Solutions were made fresh from 10X concentrate and filtered with a 0.2 micrometer filter into a sterile glass container. | |||||||||
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3.5s blot on both sides of the grid using Whattman No. 1 filter paper. | |||||||||
詳細 | Antibody ADI-15878 Fab was added in 10 molar excess to glycoprotein and allowed to incubate overnight at 4 degrees Celsius followed by size exclusion chromatography to purify the complex and rid of excess Fab. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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詳細 | Preliminary grid screening was performed manually |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 43478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |