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- PDB-6p95: Structure of Lassa virus glycoprotein in complex with Fab 25.6A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p95
タイトルStructure of Lassa virus glycoprotein in complex with Fab 25.6A
要素
  • (FAB Antibody ...) x 2
  • (Pre-glycoprotein polyprotein GP ...) x 2
キーワードviral protein/immune system / Lassa virus / glycoprotein / antibody / VIRAL PROTEIN / viral protein-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Saphire, E.O. / Hastie, K.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI109762-05 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Convergent Structures Illuminate Features for Germline Antibody Binding and Pan-Lassa Virus Neutralization.
著者: Hastie, K.M. / Cross, R.W. / Harkins, S.S. / Zandonatti, M.A. / Koval, A.P. / Heinrich, M.L. / Rowland, M.M. / Robinson, J.E. / Geisbert, T.W. / Garry, R.F. / Branco, L.M. / Saphire, E.O.
履歴
登録2019年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
B: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
C: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
D: FAB Antibody heavy chain
E: FAB Antibody light chain
F: FAB Antibody heavy chain
G: FAB Antibody light chain
H: FAB Antibody heavy chain
L: FAB Antibody light chain
a: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
b: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
c: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,48240
ポリマ－292,39512
非ポリマー13,08728
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44490 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area92160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.242, 152.242, 453.889
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 59 through 148 or resid 152...
21(chain B and (resid 59 through 253 or resid 1089...
31(chain C and (resid 59 through 148 or resid 152...
12chain D
22chain F
32(chain H and (resid 1 through 148 or resid 150 through 230))
13(chain E and resid 2 through 213)
23(chain G and resid 2 through 213)
33(chain L and resid 2 through 213)
14(chain a and (resid 262 through 266 or resid 275...
24(chain b and (resid 262 through 416 or resid 1374))
34(chain c and (resid 262 through 266 or resid 275 through 416 or resid 1366))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 59 through 148 or resid 152...A59 - 148
121(chain A and (resid 59 through 148 or resid 152...A152 - 168
131(chain A and (resid 59 through 148 or resid 152...A180 - 253
141(chain A and (resid 59 through 148 or resid 152...A1080
151(chain A and (resid 59 through 148 or resid 152...A1089 - 1099
161(chain A and (resid 59 through 148 or resid 152...A1167 - 1224
211(chain B and (resid 59 through 253 or resid 1089...B59 - 253
221(chain B and (resid 59 through 253 or resid 1089...B1089
231(chain B and (resid 59 through 253 or resid 1089...B1099 - 1110
241(chain B and (resid 59 through 253 or resid 1089...B1167 - 1224
311(chain C and (resid 59 through 148 or resid 152...C59 - 148
321(chain C and (resid 59 through 148 or resid 152...C152 - 168
331(chain C and (resid 59 through 148 or resid 152...C180 - 253
341(chain C and (resid 59 through 148 or resid 152...C1089
351(chain C and (resid 59 through 148 or resid 152...C1099 - 1110
361(chain C and (resid 59 through 148 or resid 152...C1224 - 1225
112chain DD1 - 230
212chain FF1 - 230
312(chain H and (resid 1 through 148 or resid 150 through 230))H1 - 148
322(chain H and (resid 1 through 148 or resid 150 through 230))H150 - 230
113(chain E and resid 2 through 213)E2 - 213
213(chain G and resid 2 through 213)G2 - 213
313(chain L and resid 2 through 213)L2 - 213
114(chain a and (resid 262 through 266 or resid 275...a262 - 266
124(chain a and (resid 262 through 266 or resid 275...a275 - 329
134(chain a and (resid 262 through 266 or resid 275...a333 - 416
144(chain a and (resid 262 through 266 or resid 275...a1373
214(chain b and (resid 262 through 416 or resid 1374))b262 - 416
224(chain b and (resid 262 through 416 or resid 1374))b1374
314(chain c and (resid 262 through 266 or resid 275 through 416 or resid 1366))c262 - 266
324(chain c and (resid 262 through 266 or resid 275 through 416 or resid 1366))c275 - 416
334(chain c and (resid 262 through 266 or resid 275 through 416 or resid 1366))c1366

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
Pre-glycoprotein polyprotein GP ... , 2種, 6分子 ABCabc

#1: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量: 29098.430 Da / 分子数: 3 / 変異: R207C, L258R, L259RG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa virus (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: GPC, GP-C
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08669
#4: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-GP-C


分子量: 20800.529 Da / 分子数: 3 / 変異: G360P, M332T, E329C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス)
株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: GPC, GP-C
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08669

-
抗体 , 2種, 6分子 DFHEGL

#2: 抗体 FAB Antibody heavy chain


分子量: 24513.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 FAB Antibody light chain


分子量: 23052.520 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 7種, 28分子

#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 % / 解説: Hexagonal rods
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8, 15-18% PEG 3350 and 0.1 M-0.3 M magnesium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033188 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→29.982 Å / Num. obs: 40281 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 解像度: 3.5→3.64 Å

冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
13.31.42944480.6830.4041.486100
11.70.02894210.0080.02992.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VK2

5vk2


解像度: 3.5→29.66 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 2001 4.98 %
Rwork0.205 --
obs0.2072 40161 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 296.64 Å2 / Biso mean: 123.5259 Å2 / Biso min: 55.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17729 0 864 0 18593
Biso mean--168.83 --
残基数----2299
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1722X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
12B1722X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
13C1722X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
21D1971X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
22F1971X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
23H1971X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
31E1902X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
32G1902X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
33L1902X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
41a1302X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
42b1302X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
43c1302X-RAY DIFFRACTION2.873TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.5001-3.58740.41091360.3577264999
3.5874-3.68430.34661350.29092669100
3.6843-3.79250.27831360.25942680100
3.7925-3.91460.29011380.24022677100
3.9146-4.05420.27191440.22852657100
4.0542-4.21610.26871230.21742713100
4.2161-4.40750.20841330.18192686100
4.4075-4.6390.23491410.16862710100
4.639-4.92850.23231420.17522716100
4.9285-5.30710.22931540.17532709100
5.3071-5.83760.2621490.19632747100
5.8376-6.67420.23991450.21072758100
6.6742-8.37830.24221560.20542810100
8.37-29.660.22141690.19292979100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00310.3259-0.0712.0493-0.175.6999-0.08830.78170.1745-0.47220.2623-0.1364-0.2033-0.1596-0.08820.93880.0890.20051.20090.26450.9596-54.210860.3509-10.8053
20.7166-0.03340.80113.61952.58344.10490.0740.1426-0.1040.521-0.0808-0.02240.2673-0.1338-0.13410.64850.12930.01710.99150.18330.8712-55.047752.24712.7265
33.47130.5058-0.42141.4645-0.03475.3868-0.00571.04930.5953-0.420.0350.34690.2021-0.1385-0.0720.77040.0911-0.22561.39090.26731.0097-89.26759.3401-11.5071
44.03852.11110.86132.5298-0.12514.23710.3874-0.48290.34750.3888-0.2641-0.1601-0.0047-0.3103-0.05510.75480.0806-0.03731.0560.01041.0149-85.165258.21812.0664
53.6649-0.4001-1.1842.2628-1.83055.35770.09870.8128-0.3552-0.4356-0.16440.1190.13880.52120.06971.11950.2077-0.05931.4291-0.24561.1022-69.990429.2726-14.1659
64.3012-1.7201-0.14712.3775-0.28884.0717-0.1464-0.9575-0.12650.42230.230.76350.0787-0.1187-0.00190.63350.08850.08331.1536-0.02371.2112-75.85530.37519.9755
71.6371-1.42850.48595.6102-0.68764.4719-0.1849-0.0070.03410.4589-0.1039-0.01190.0203-0.12250.27030.68370.0375-0.01960.68680.12680.708-63.034685.674623.2832
83.32741.9188-1.38882.50020.26663.16950.1625-0.1602-0.28090.2536-0.0275-0.1020.3638-0.2997-0.1050.6713-0.0846-0.14661.18620.16030.8003-110.925534.680716.0893
95.4816-1.7531-0.1662.555-1.38324.5976-0.3403-0.1985-0.15540.37680.24310.176-0.2167-0.52720.08590.61180.16020.01250.7196-0.00730.7139-43.452519.402518.8566
102.70330.2970.52275.91961.90135.48770.40190.00250.09590.0569-0.1985-0.4691-0.28-0.025-0.21480.6069-0.0148-0.18540.82810.0560.8355-56.8692117.219427.6541
112.77460.2412-1.03282.47310.94885.85770.01260.00860.227-0.14720.04140.3707-0.1346-0.3374-0.11240.678-0.06250.05221.17250.21320.9821-142.147426.23314.9085
123.3339-0.3899-0.3385.8995-1.73646.1233-0.11540.1169-0.3069-0.03520.049-0.32490.39650.01390.05260.65840.0928-0.11930.67170.11460.728-20.0796-2.916820.6141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 59:255))A59 - 255
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'a' and ((resseq 262:416))a262 - 416
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 59:253))B59 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'b' and ((resseq 261:416))b261 - 416
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and ((resseq 59:256))C59 - 256
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'c' and ((resseq 262:416))c262 - 416
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'D' and ((resseq 2:123))) or (chain 'E' and ((resseq 2:111)))D0
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'F' and ((resseq 2:123))) or (chain 'G' and ((resseq 3:111)))F0
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'H' and ((resseq 2:123))) or (chain 'L' and ((resseq 3:111)))H0
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'D' and ((resseq 124:226))) or (chain 'E' and ((resseq 112:214)))D0
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'F' and ((resseq 124:226))) or (chain 'G' and ((resseq 112:214)))F0
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'H' and ((resseq 124:226))) or (chain 'L' and ((resseq 112:214)))H0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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