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- PDB-5vk2: Structural basis for antibody-mediated neutralization of Lassa virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vk2
タイトルStructural basis for antibody-mediated neutralization of Lassa virus
要素
  • (Pre-glycoprotein polyprotein GP ...) x 2
  • Fab 37.7H heavy chain
  • Fab 37.7H light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune system / Lassa / glycoprotein / arenavirus / antibody / VIRAL PROTEIN-Immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.201 Å
データ登録者Hastie, K.M. / Zandonatti, M.A. / Kleinfelter, L.M. / Rowland, M.L. / Rowland, M.M. / Chandra, K. / Branco, L.M. / Robinson, J.E. / Garry, R.F. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U19AI109762-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI116112 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM007491 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structural basis for antibody-mediated neutralization of Lassa virus.
著者: Hastie, K.M. / Zandonatti, M.A. / Kleinfelter, L.M. / Heinrich, M.L. / Rowland, M.M. / Chandran, K. / Branco, L.M. / Robinson, J.E. / Garry, R.F. / Saphire, E.O.
履歴
登録2017年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
a: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
B: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
b: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
C: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
c: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
D: Fab 37.7H heavy chain
E: Fab 37.7H light chain
F: Fab 37.7H heavy chain
G: Fab 37.7H light chain
H: Fab 37.7H heavy chain
L: Fab 37.7H light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,80243
ポリマ－286,98312
非ポリマー12,81931
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44540 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area90470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.697, 152.697, 456.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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Pre-glycoprotein polyprotein GP ... , 2種, 6分子 ABCabc

#1: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量: 29098.430 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-259 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa virus (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: GPC, GP-C / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: P08669
#2: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量: 19116.732 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 260-423 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス)
株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: GPC, GP-C / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: P08669

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抗体 , 2種, 6分子 DFHEGL

#3: 抗体 Fab 37.7H heavy chain


分子量: 24342.318 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 Fab 37.7H light chain


分子量: 23103.527 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 5種, 31分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris pH 8, 15-18% PEG 3350 and 0.1M-0.3M magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97969 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.6 Å / Num. obs: 52823 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.17
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 12.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4465 / CC1/2: 0.574 / Rpim(I) all: 0.845 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5INE

5ine


解像度: 3.201→49.602 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 2296 5.04 %
Rwork0.1886 --
obs0.1908 45526 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.201→49.602 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17829 0 843 0 18672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00319161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61526109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8611399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043069
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2009-3.27050.3568770.2981621X-RAY DIFFRACTION53
3.2705-3.34650.3081980.27651721X-RAY DIFFRACTION56
3.3465-3.43020.32581090.25552036X-RAY DIFFRACTION67
3.4302-3.52290.32231220.22772437X-RAY DIFFRACTION78
3.5229-3.62650.2811340.22532524X-RAY DIFFRACTION82
3.6265-3.74360.28211430.22042630X-RAY DIFFRACTION85
3.7436-3.87730.24541390.2122688X-RAY DIFFRACTION87
3.8773-4.03250.22051370.19732834X-RAY DIFFRACTION90
4.0325-4.21590.23061550.17872786X-RAY DIFFRACTION90
4.2159-4.43810.21581410.15753045X-RAY DIFFRACTION97
4.4381-4.71590.21531650.15123047X-RAY DIFFRACTION97
4.7159-5.07970.18481580.15073102X-RAY DIFFRACTION98
5.0797-5.59030.18761900.16233008X-RAY DIFFRACTION96
5.5903-6.39770.22531700.19053156X-RAY DIFFRACTION98
6.3977-8.05490.25671740.20013175X-RAY DIFFRACTION98
8.0549-49.60810.22281840.19393420X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2568-0.29210.22741.18010.18520.7158-0.08230.0552-0.25730.13590.06890.11240.1652-0.07900.56370.13760.00660.45440.0060.6953-42.81918.42418.97
21.45410.96020.05491.13330.00050.4562-0.22830.15370.07160.19850.10410.11230.0537-0.093500.60680.02570.03540.9843-0.12670.6066-111.32834.41816.139
30.7279-0.2336-0.02551.889-0.33090.819-0.1174-0.04850.00580.1377-0.07130.0509-0.2272-0.0787-0.0010.66650.1145-0.13870.42060.00310.501-62.74185.00124.053
40.5284-0.8165-1.23111.0855-0.37711.2367-0.21260.1912-0.37380.23110.0098-0.07870.1544-0.0289-0.00130.65460.0609-0.16270.53940.110.8184-18.549-3.1420.525
51.40130.52170.76820.21770.07251.2555-0.0836-0.2723-0.0597-0.10130.3531-0.048-0.2159-0.0902-00.65240.00160.22390.75120.06490.525-142.66425.89313.745
60.75890.01690.49341.04540.29161.7764-0.05920.2493-0.1417-0.05020.0993-0.0395-0.16010.1097-00.46280.0643-0.01780.5286-0.02140.4628-54.22455.7420.247
71.70090.5055-0.24381.09190.35590.9917-0.11860.0330.4525-0.0237-0.13370.1086-0.2055-0.2491-0.23840.4590.0489-0.20790.5612-0.11390.5738-86.48958.543-0.571
80.9544-0.37280.02521.2367-0.36780.9008-0.0180.1294-0.3496-0.1408-0.15370.34620.1451-0.1647-00.48550.0348-0.07220.698-0.24160.7995-72.8829.005-2.678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN E AND RESID 3:111 ) OR ( CHAIN D AND RESID 2:123 )E3 - 111
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN E AND RESID 3:111 ) OR ( CHAIN D AND RESID 2:123 )D2 - 123
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN G AND RESID 3:111 ) OR ( CHAIN F AND RESID 2:123 )G3 - 111
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN G AND RESID 3:111 ) OR ( CHAIN F AND RESID 2:123 )F2 - 123
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 2:123 ) OR ( CHAIN L AND RESID 2:111 )H2 - 123
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 2:123 ) OR ( CHAIN L AND RESID 2:111 )L2 - 111
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN E AND RESID 112:212 ) OR ( CHAIN D AND RESID 124:226 )E112 - 212
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN E AND RESID 112:212 ) OR ( CHAIN D AND RESID 124:226 )D124 - 226
9X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN G AND RESID 112:213 ) OR ( CHAIN F AND RESID 124:225 )G112 - 213
10X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN G AND RESID 112:213 ) OR ( CHAIN F AND RESID 124:225 )F124 - 225
11X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 59:255 ) OR ( CHAIN a AND RESID 260:416 )A59 - 255
12X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 59:255 ) OR ( CHAIN a AND RESID 260:416 )a260 - 416
13X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 59:255 ) OR ( CHAIN b AND RESID 260:418 )B59 - 255
14X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 59:255 ) OR ( CHAIN b AND RESID 260:418 )b260 - 418
15X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 59:255 ) OR ( CHAIN c AND RESID 260:418 )C59 - 255
16X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 59:255 ) OR ( CHAIN c AND RESID 260:418 )c260 - 418

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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