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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8840 | |||||||||
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タイトル | Human TRPML1 channel structure in closed conformation | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM of a lysosomal protein | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / cellular response to pH ...calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / cellular response to pH / monoatomic anion channel activity / ligand-gated calcium channel activity / TRP channels / sodium channel activity / monoatomic cation transport / phagocytic cup / autophagosome maturation / potassium channel activity / monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to calcium ion / cell projection / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / phagocytic vesicle membrane / late endosome / late endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / receptor complex / endosome membrane / lysosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Schmiege P / Li X | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Human TRPML1 channel structures in open and closed conformations. 著者: Philip Schmiege / Michael Fine / Günter Blobel / Xiaochun Li / 要旨: Transient receptor potential mucolipin 1 (TRPML1) is a Ca-releasing cation channel that mediates the calcium signalling and homeostasis of lysosomes. Mutations in TRPML1 lead to mucolipidosis type ...Transient receptor potential mucolipin 1 (TRPML1) is a Ca-releasing cation channel that mediates the calcium signalling and homeostasis of lysosomes. Mutations in TRPML1 lead to mucolipidosis type IV, a severe lysosomal storage disorder. Here we report two electron cryo-microscopy structures of full-length human TRPML1: a 3.72-Å apo structure at pH 7.0 in the closed state, and a 3.49-Å agonist-bound structure at pH 6.0 in an open state. Several aromatic and hydrophobic residues in pore helix 1, helices S5 and S6, and helix S6 of a neighbouring subunit, form a hydrophobic cavity to house the agonist, suggesting a distinct agonist-binding site from that found in TRPV1, a TRP channel from a different subfamily. The opening of TRPML1 is associated with distinct dilations of its lower gate together with a slight structural movement of pore helix 1. Our work reveals the regulatory mechanism of TRPML channels, facilitates better understanding of TRP channel activation, and provides insights into the molecular basis of mucolipidosis type IV pathogenesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8840.map.gz | 115.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8840-v30.xml emd-8840.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8840.png | 68.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8840 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8840 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8840_validation.pdf.gz | 403.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8840_full_validation.pdf.gz | 403 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8840_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8840_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8840 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8840 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8840.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM of a lysosomal protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TRPML1
全体 | 名称: TRPML1 |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPML1
超分子 | 名称: TRPML1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Mucolipin-1
分子 | 名称: Mucolipin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 65.084996 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTAPAGPRGS ETERLLTPNP GYGTQAGPSP APPTPPEEED LRRRLKYFFM SPCDKFRAKG RKPCKLMLQV VKILVVTVQL ILFGLSNQL AVTFREENTI AFRHLFLLGY SDGADDTFAA YTREQLYQAI FHAVDQYLAL PDVSLGRYAY VRGGGDPWTN G SGLALCQR ...文字列: MTAPAGPRGS ETERLLTPNP GYGTQAGPSP APPTPPEEED LRRRLKYFFM SPCDKFRAKG RKPCKLMLQV VKILVVTVQL ILFGLSNQL AVTFREENTI AFRHLFLLGY SDGADDTFAA YTREQLYQAI FHAVDQYLAL PDVSLGRYAY VRGGGDPWTN G SGLALCQR YYHRGHVDPA NDTFDIDPMV VTDCIQVDPP ERPPPPPSDD LTLLESSSSY KNLTLKFHKL VNVTIHFRLK TI NLQSLIN NEIPDCYTFS VLITFDNKAH SGRIPISLET QAHIQECKHP SVFQHGDNSF RLLFDVVVIL TCSLSFLLCA RSL LRGFLL QNEFVGFMWR QRGRVISLWE RLEFVNGWYI LLVTSDVLTI SGTIMKIGIE AKNLASYDVC SILLGTSTLL VWVG VIRYL TFFHNYNILI ATLRVALPSV MRFCCCVAVI YLGYCFCGWI VLGPYHVKFR SLSMVSECLF SLINGDDMFV TFAAM QAQQ GRSSLVWLFS QLYLYSFISL FIYMVLSLFI ALITGAYDTI KHPGGAGAEE SELQAYIAQC QDSPTSGKFR RGSGSA CSL LCCCGRDPSE EHSLLVN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |