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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8758 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Yeast microtubule assembled using the slowly hydrolyzable analogue GMPCPP | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Yeast microtubule assembled with the slowly hydrolyzable analogue GMPCPP | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | Cytoskeleton / tubulin / HYDROLASE | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / nuclear division / mitotic spindle elongation / nuclear migration along microtubule / homologous chromosome segregation / Platelet degranulation / positive regulation of intracellular protein transport / tubulin complex / mitotic sister chromatid segregation / microtubule-based process ...nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / nuclear division / mitotic spindle elongation / nuclear migration along microtubule / homologous chromosome segregation / Platelet degranulation / positive regulation of intracellular protein transport / tubulin complex / mitotic sister chromatid segregation / microtubule-based process / mitotic spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / cytoskeleton organization / nuclear periphery / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Howes SC / Geyer EA / LaFrance B / Zhang R / Kellogg EH / Westermann S / Rice LM / Nogales E | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural differences between yeast and mammalian microtubules revealed by cryo-EM. 著者: Stuart C Howes / Elisabeth A Geyer / Benjamin LaFrance / Rui Zhang / Elizabeth H Kellogg / Stefan Westermann / Luke M Rice / Eva Nogales / ![]() ![]() 要旨: Microtubules are polymers of αβ-tubulin heterodimers essential for all eukaryotes. Despite sequence conservation, there are significant structural differences between microtubules assembled in ...Microtubules are polymers of αβ-tubulin heterodimers essential for all eukaryotes. Despite sequence conservation, there are significant structural differences between microtubules assembled in vitro from mammalian or budding yeast tubulin. Yeast MTs were not observed to undergo compaction at the interdimer interface as seen for mammalian microtubules upon GTP hydrolysis. Lack of compaction might reflect slower GTP hydrolysis or a different degree of allosteric coupling in the lattice. The microtubule plus end-tracking protein Bim1 binds yeast microtubules both between αβ-tubulin heterodimers, as seen for other organisms, and within tubulin dimers, but binds mammalian tubulin only at interdimer contacts. At the concentrations used in cryo-electron microscopy, Bim1 causes the compaction of yeast microtubules and induces their rapid disassembly. Our studies demonstrate structural differences between yeast and mammalian microtubules that likely underlie their differing polymerization dynamics. These differences may reflect adaptations to the demands of different cell size or range of physiological growth temperatures. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 482.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 397.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 590.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 590.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Yeast microtubule assembled with the slowly hydrolyzable analogue GMPCPP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Yeast microtubule assembled using the slowly hydrolyzable analogu...
全体 | 名称: Yeast microtubule assembled using the slowly hydrolyzable analogue GMPCPP |
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要素 |
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-超分子 #1: Yeast microtubule assembled using the slowly hydrolyzable analogu...
超分子 | 名称: Yeast microtubule assembled using the slowly hydrolyzable analogue GMPCPP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Tubulin alpha-1 chain
分子 | 名称: Tubulin alpha-1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MREVISINVG QAGCQIGNAC WELYSLEHGI KPDGHLEDGL SKPKGGEEGF STFFHETGYG KFVPRAIYV DLEPNVIDEV RNGPYKDLFH PEQLISGKED AANNYARGHY TVGREILGDV L DRIRKLAD QCDGLQGFLF THSLGGGTGS GLGSLLLEEL SAEYGKKSKL ...文字列: MREVISINVG QAGCQIGNAC WELYSLEHGI KPDGHLEDGL SKPKGGEEGF STFFHETGYG KFVPRAIYV DLEPNVIDEV RNGPYKDLFH PEQLISGKED AANNYARGHY TVGREILGDV L DRIRKLAD QCDGLQGFLF THSLGGGTGS GLGSLLLEEL SAEYGKKSKL EFAVYPAPQV ST SVVEPYN TVLTTHTTLE HADCTFMVDN EAIYDMCKRN LDIPRPSFAN LNNLIAQVVS SVT ASLRFD GSLNVDLNEF QTNLVPYPRI HFPLVSYSPV LSKSKAFHES NSVSEITNAC FEPG NQMVK CDPRDGKYMA TCLLYRGDVV TRDVQRAVEQ VKNKKTVQLV DWCPTGFKIG ICYEP PTAT PNSQLATVDR AVCMLSNTTS IAEAWKRIDR KFDLMYAKRA FVHWYVGEGM EEGEFT EAR EDLAALERDY IEVGADSYAE EEEF UniProtKB: Tubulin alpha-1 chain |
-分子 #2: Tubulin beta chain
分子 | 名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MREIIHISTG QCGNQIGAAF WETICGEHGL DFNGTYHGHD DIQKERLNVY FNEASSGKWV PRSINVDLE PGTIDAVRNS AIGNLFRPDN YIFGQSSAGN VWAKGHYTEG AELVDSVMDV I RREAEGCD SLQGFQITHS LGGGTGSGMG TLLISKIREE FPDRMMATFS ...文字列: MREIIHISTG QCGNQIGAAF WETICGEHGL DFNGTYHGHD DIQKERLNVY FNEASSGKWV PRSINVDLE PGTIDAVRNS AIGNLFRPDN YIFGQSSAGN VWAKGHYTEG AELVDSVMDV I RREAEGCD SLQGFQITHS LGGGTGSGMG TLLISKIREE FPDRMMATFS VLPSPKTSDT VV EPYNATL SVHQLVEHSD ETFCIDNEAL YDICQRTLKL NQPSYGDLNN LVSSVMSGVT TSL RYPGQL NSDLRKLAVN LVPFPRLHFF MVGYAPLTAI GSQSFRSLTV PELTQQMFDA KNMM AAADP RNGRYLTVAA FFRGKVSVKE VEDEMHKVQS KNSDYFVEWI PNNVQTAVCS VAPQG LDMA ATFIANSTSI QELFKRVGDQ FSAMFKRKAF LHWYTSEGMD ELEFSEAESN MNDLVS EYQ QYQEATVEDD EEVDENGDFG APQNQDEPIT ENFE UniProtKB: Tubulin beta chain |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 303 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 28.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.65 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -27.7 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 12629 |
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初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |