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万見
- EMDB-8409: Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8409
タイトルAtomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase
マップデータAtomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase
試料
  • 複合体: Vo region of the V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c''
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c'
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit f
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit d
キーワードRotary ATPase / Vacuolar-type ATPase / Electron Cryomicroscopy / Vo region / Membrane protein / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity ...cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / P-type proton-exporting transporter activity / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar transport / vacuole organization / protein targeting to vacuole / proton-transporting V-type ATPase complex / fungal-type vacuole / cellular hyperosmotic response / fungal-type vacuole membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / vacuolar acidification / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / proton transmembrane transport / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / cell periphery / transmembrane transport / endocytosis / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / Golgi membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit c'' / V-type proton ATPase subunit c / V-type proton ATPase subunit d / V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform / V-type proton ATPase subunit c' / V-type proton ATPase subunit e
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Mazhab-Jafari MT / Rohou A / Schmidt C / Bueler SA / Benlekbir S / Robinson CV / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 英国, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP81294 カナダ
Wellcome TrustWT008150 英国
Wellcome TrustWT099141 英国
European Research Council (ERC)ERC268851European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Atomic model for the membrane-embedded V motor of a eukaryotic V-ATPase.
著者: Mohammad T Mazhab-Jafari / Alexis Rohou / Carla Schmidt / Stephanie A Bueler / Samir Benlekbir / Carol V Robinson / John L Rubinstein /
要旨: Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are ATP-powered proton pumps involved in processes such as endocytosis, lysosomal degradation, secondary transport, TOR signalling, and osteoclast and kidney ...Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are ATP-powered proton pumps involved in processes such as endocytosis, lysosomal degradation, secondary transport, TOR signalling, and osteoclast and kidney function. ATP hydrolysis in the soluble catalytic V region drives proton translocation through the membrane-embedded V region via rotation of a rotor subcomplex. Variability in the structure of the intact enzyme has prevented construction of an atomic model for the membrane-embedded motor of any rotary ATPase. We induced dissociation and auto-inhibition of the V and V regions of the V-ATPase by starving the yeast Saccharomyces cerevisiae, allowing us to obtain a ~3.9-Å resolution electron cryomicroscopy map of the V complex and build atomic models for the majority of its subunits. The analysis reveals the structures of subunits acc'c″de and a protein that we identify and propose to be a new subunit (subunit f). A large cavity between subunit a and the c-ring creates a cytoplasmic half-channel for protons. The c-ring has an asymmetric distribution of proton-carrying Glu residues, with the Glu residue of subunit c″ interacting with Arg735 of subunit a. The structure suggests sequential protonation and deprotonation of the c-ring, with ATP-hydrolysis-driven rotation causing protonation of a Glu residue at the cytoplasmic half-channel and subsequent deprotonation of a Glu residue at a luminal half-channel.
履歴
登録2016年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月26日-
マップ公開2016年10月26日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5tj5
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8409.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8409.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.554 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.0475 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.15724738 - 0.27012172
平均 (標準偏差)-0.0014383988 (±0.010948882)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 310.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.5541.5541.554
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z310.800310.800310.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1570.270-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Vo region of the V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae

全体名称: Vo region of the V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • 複合体: Vo region of the V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c''
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c'
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit c
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit f
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit d

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超分子 #1: Vo region of the V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae

超分子名称: Vo region of the V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: V-type proton ATPase subunit a

分子名称: V-type proton ATPase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 70.067984 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)AQYRE INAGLPTIVT FPFMFAIMFG DMGHG FLMT LAALSLVLNE KKINKMKRGE IFDMAFTGRY IILLMGVFSM YTGFLYNDIF SKTMTIFKSG WKWPDHWKKG ESITAT SVG TYPIGLDWAW HGTENALLFS NSYKMKLSIL MGFIHMTYSY FFSLANHLYF NSMIDIIGNF IPGLLFMQGI FGYLSVC IV YKWAVDWVKD GKPAPGLLNM LINMFLSPGT IDDELYPHQA KVQVFLLLMA LVCIPWLLLV KPLHFKFTHK KKSHEPLP S TEADASSEDL EAQQLISAMD ADDAEEEEVG SGSHGEDFGD IMIHQVIHTI EFCLNCVSHT ASYLRLWALS LAHAQLSSV LWTMTIQIAF GFRGFVGVFM TVALFAMWFA LTCAVLVLME GTSAMLHSLR LHWVESMSKF FVGEGLPYEP FAFEYKDMEV

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform

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分子 #2: V-type proton ATPase subunit c''

分子名称: V-type proton ATPase subunit c'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.610641 KDa
配列文字列: MNKESKDDDM SLGKFSFSHF LYYLVLIVVI VYGLYKLFTG HGSDINFGKF LLRTSPYMWA NLGIALCVGL SVVGAAWGIF ITGSSMIGA GVRAPRITTK NLISIIFCEV VAIYGLIIAI VFSSKLTVAT AENMYSKSNL YTGYSLFWAG ITVGASNLIC G IAVGITGA ...文字列:
MNKESKDDDM SLGKFSFSHF LYYLVLIVVI VYGLYKLFTG HGSDINFGKF LLRTSPYMWA NLGIALCVGL SVVGAAWGIF ITGSSMIGA GVRAPRITTK NLISIIFCEV VAIYGLIIAI VFSSKLTVAT AENMYSKSNL YTGYSLFWAG ITVGASNLIC G IAVGITGA TAAISDAADS ALFVKILVIE IFGSILGLLG LIVGLLMAGK ASEFQ

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c''

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分子 #3: V-type proton ATPase subunit c'

分子名称: V-type proton ATPase subunit c' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.195271 KDa
配列文字列:
FFGFAGCAAA MVLSCLGAAI GTAKSGIGIA GIGTFKPELI MKSLIPVVMS GILAIYGLVV AVLIAGNLSP TEDYTLFNGF MHLSCGLCV GFACLSSGYA IGMVGDVGVR KYMHQPRLFV GIVLILIFSE VLGLYGMIVA LILNTRGS

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c'

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分子 #4: V-type proton ATPase subunit c

分子名称: V-type proton ATPase subunit c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.218087 KDa
配列文字列:
APFFGAIGCA SAIIFTSLGA AYGTAKSGVG ICATCVLRPD LLFKNIVPVI MAGIIAIYGL VVSVLVCYSL GQKQALYTGF IQLGAGLSV GLSGLAAGFA IGIVGDAGVR GSSQQPRLFV GMILILIFAE VLGLYGLIVA LLLNSRATQD V

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit c

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分子 #5: V-type proton ATPase subunit e

分子名称: V-type proton ATPase subunit e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 6.476928 KDa
配列文字列:
YTVVGVFIVV SAMSVLFWIM APKNNQAVWR STVILTLAMM FLMWAITFLC QLHPLVA

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit e

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分子 #6: V-type proton ATPase subunit f

分子名称: V-type proton ATPase subunit f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 4.613678 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #7: V-type proton ATPase subunit d

分子名称: V-type proton ATPase subunit d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 32.854238 KDa
配列文字列: VYFNIDNGFI EGVVRGYRNG LLSNNQYINL TQCDTLEDLK LQLSSTDYGN FLSSVSSESL TTSLIQEYAS SKLYHEFNYI RDQSSGSTR KFMDYITYGY MIDNVALMIT GTIHDRDKGE ILQRCHPLGW FDTLPTLSVA TDLESLYETV LVD(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
VYFNIDNGFI EGVVRGYRNG LLSNNQYINL TQCDTLEDLK LQLSSTDYGN FLSSVSSESL TTSLIQEYAS SKLYHEFNYI RDQSSGSTR KFMDYITYGY MIDNVALMIT GTIHDRDKGE ILQRCHPLGW FDTLPTLSVA TDLESLYETV LVD(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)NIEII RNKLYKAYLE DFYNFVTEEI P(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)LEDHF YQLEMELCRD AFTQQFAIST VWAWMKSKEQ EVRNITWIAE CIAQNQRERI NNY

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit d, V-type proton ATPase subunit d, V-type proton ATPase subunit d

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 micro M Bafilomycin
グリッドモデル: Maxtaform / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.3 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Modified for ethane/propane.
詳細The Vo region was solubilized in amphipol A8-35 (Anatrace)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細70 micro meter objective aperture, illuminated area of 1.58 micro meter diameter
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4365 / 平均露光時間: 21.0 sec. / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 64350 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were recorded in "super-resolution" mode and then resampled by Fourier cropping.
粒子像選択選択した数: 657975
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: An in-house map of the Vo region.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
詳細: Data beyond 6 A resolution were omitted from refinement.
使用した粒子像数: 462842
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Merit function: Weighted correlation coefficient
Projection matching processing - Angular sampling: 3.4 degrees
ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
詳細: Frealign exhaustive search (mode 3; i.e. projection matching followed by local refinement of top solutions)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Merit function: Weighted correlation coefficient
ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 詳細: Refinement with Frealign mode 1.

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原子モデル構築 1

詳細phenix.real_space_refine REFINEMENT TARGET: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) MODEL TO MAP FIT. CC(ACROSS WHOLE MAP VOLUME): 0.6772 CC(ONLY ACROSS ATOMS IN THE MODEL): 0.6842
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-5tj5:
Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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