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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8308 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex | ||||||||||||||||||
マップデータ | Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex | ||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | yeast (酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.9 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Robinson PJ / Bushnell DA / Kornberg RD | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Structure of a Complete Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex. 著者: Philip J Robinson / Michael J Trnka / David A Bushnell / Ralph E Davis / Pierre-Jean Mattei / Alma L Burlingame / Roger D Kornberg / 要旨: A complete, 52-protein, 2.5 million dalton, Mediator-RNA polymerase II pre-initiation complex (Med-PIC) was assembled and analyzed by cryo-electron microscopy and by chemical cross-linking and mass ...A complete, 52-protein, 2.5 million dalton, Mediator-RNA polymerase II pre-initiation complex (Med-PIC) was assembled and analyzed by cryo-electron microscopy and by chemical cross-linking and mass spectrometry. The resulting complete Med-PIC structure reveals two components of functional significance, absent from previous structures, a protein kinase complex and the Mediator-activator interaction region. It thereby shows how the kinase and its target, the C-terminal domain of the polymerase, control Med-PIC interaction and transcription. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8308.map.gz | 3.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8308-v30.xml emd-8308.xml | 70.2 KB 70.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8308.png | 48.6 KB | ||
マスクデータ | emd_8308_msk_1.map | 40.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_8308_half_map_1.map.gz emd_8308_half_map_2.map.gz | 31.3 MB 31.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8308 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8308 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8308_validation.pdf.gz | 426.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8308_full_validation.pdf.gz | 426.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8308_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8308 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8308 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8308.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_8308_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex half-map odd
ファイル | emd_8308_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex half-map odd | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex half-map even
ファイル | emd_8308_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex half-map even | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex
+超分子 #1: Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex
+分子 #1: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1
+分子 #2: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2
+分子 #3: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3
+分子 #4: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4
+分子 #5: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 1
+分子 #6: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 2
+分子 #7: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
+分子 #9: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
+分子 #11: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11
+分子 #12: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC 4
+分子 #13: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB
+分子 #14: TATA-box-binding protein
+分子 #15: Transcription factor TFIIE subunit TFA1
+分子 #16: Transcription factor TFIIE subunit TFA2
+分子 #17: Transcription initiation factor IIA large subunit
+分子 #18: Transcription initiation factor IIA subunit 2
+分子 #19: Transcription initiation factor IIF subunit alpha
+分子 #20: Transcription initiation factor IIF subunit beta
+分子 #21: Transcription initiation factor IIF subunit gamma
+分子 #22: RNA polymerase II transcription factor B subunit 1
+分子 #23: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
+分子 #24: RNA polymerase II transcription factor B subunit 3
+分子 #25: RNA polymerase II transcription factor B subunit 4
+分子 #26: RNA polymerase II transcription factor B subunit 5
+分子 #27: Serine/threonine-protein kinase KIN28
+分子 #28: Cyclin CCL1
+分子 #29: DNA repair helicase RAD3
+分子 #30: Suppressor of stem-loop protein 1
+分子 #31: DNA repair helicase RAD25
+分子 #32: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
+分子 #33: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 2
+分子 #34: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3
+分子 #35: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
+分子 #36: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5
+分子 #37: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
+分子 #38: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
+分子 #39: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
+分子 #40: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
+分子 #41: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10
+分子 #42: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
+分子 #43: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
+分子 #44: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
+分子 #45: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
+分子 #46: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
+分子 #47: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
+分子 #48: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19
+分子 #49: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
+分子 #50: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
+分子 #51: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
+分子 #52: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
+分子 #53: 108 bp HIS4 promoter fragment
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 80 mM potassium acetate, 20 mM Tris, pH 7.5, 2 mM magnesium acetate, 5 mM DTT | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1, R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | For cryo-EM, samples were chemically stabilized by fixation in glycerol gradients with increasing concentrations of glutaraldehyde (0-0.1%). Peak gradient fractions (~0.2 mg/mL) containing glutaraldhyde were quenched upon the addition of 50 mM Tris-HCl (pH 7.5) before flash-freezing and storage under liquid nitrogen. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 15.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |