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Yorodumi- PDB-5bp4: Modifying region (DH-ER-KR) of a mycocerosic acid synthase-like (... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5bp4 | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Modifying region (DH-ER-KR) of a mycocerosic acid synthase-like (MAS-like) PKS | |||||||||||||||
Components | Mycocerosic acid synthase | |||||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / polyketide / dehydratase / ketoreductase / enoylreductase | |||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationDIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
| Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | |||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.75 Å | |||||||||||||||
Authors | Herbst, D.A. / Jakob, P.R. / Zaehringer, F. / Maier, T. | |||||||||||||||
| Funding support | Switzerland, 4items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2016Title: Mycocerosic acid synthase exemplifies the architecture of reducing polyketide synthases. Authors: Herbst, D.A. / Jakob, R.P. / Zahringer, F. / Maier, T. | |||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5bp4.cif.gz | 12.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5bp4.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 5bp4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5bp4_validation.pdf.gz | 7.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5bp4_full_validation.pdf.gz | 8.2 MB | Display | |
| Data in XML | 5bp4_validation.xml.gz | 560.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 5bp4_validation.cif.gz | 763.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/5bp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/5bp4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5bp1C ![]() 5bp2SC ![]() 5bp3C ![]() 2fr0S ![]() 2vz9S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 120957.656 Da / Num. of mol.: 18 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (bacteria) / Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Cell line: Mybobacterium / Gene: MSMEG_4727 / Plasmid: pNIC28-Bsa4Production host: ![]() References: UniProt: A0R1E8, mycocerosate synthase #2: Chemical | ChemComp-NAP / |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.51 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Crystallization condition: 0.052 M MgCl2, 0.052 M CaCl2, 5.88% (w/v) PEG 3350, 20 % (v/v) ethylene glycol, 0.05 M MES pH 7.0 Protein/buffer: 20.3 mg/ml protein, 1.5 mM NADP+, 0.02 mM HEPES ...Details: Crystallization condition: 0.052 M MgCl2, 0.052 M CaCl2, 5.88% (w/v) PEG 3350, 20 % (v/v) ethylene glycol, 0.05 M MES pH 7.0 Protein/buffer: 20.3 mg/ml protein, 1.5 mM NADP+, 0.02 mM HEPES pH 7.4, 0.25 M NaCl, 5 % (v/v) Glycerol, 0.005 M DTT. Seeding |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.97626 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 19, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97626 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.75→78.62 Å / Num. obs: 296164 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9 % / Biso Wilson estimate: 132.22 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 8.95 |
| Reflection shell | Resolution: 3.75→3.85 Å / Redundancy: 9.26 % / Rmerge(I) obs: 3.159 / Num. unique all: 21835 / CC1/2: 0.449 / % possible all: 98.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2FR0, 5bp2, 2vz9 Resolution: 3.75→78.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9075 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.573
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| Displacement parameters | Biso mean: 171.34 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.538 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.75→78.62 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 3.75→3.85 Å
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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