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- EMDB-8287: Cryo-EM reconstruction of Neisseria meningitidis Type IV pilus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8287
タイトルCryo-EM reconstruction of Neisseria meningitidis Type IV pilus
マップデータ3D cryo-EM reconstruction of Nm Type IV pilus
試料
  • 細胞器官・細胞要素: pilus
    • Other: pilin
機能・相同性Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / pilus / cell adhesion / Pilin
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Kolappan S / Coureuil M / Yu X / Nassif X / Craig L / Egelman EH
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure of the Neisseria meningitidis Type IV pilus.
著者: Subramania Kolappan / Mathieu Coureuil / Xiong Yu / Xavier Nassif / Edward H Egelman / Lisa Craig /
要旨: Neisseria meningitidis use Type IV pili (T4P) to adhere to endothelial cells and breach the blood brain barrier, causing cause fatal meningitis. T4P are multifunctional polymers of the major pilin ...Neisseria meningitidis use Type IV pili (T4P) to adhere to endothelial cells and breach the blood brain barrier, causing cause fatal meningitis. T4P are multifunctional polymers of the major pilin protein, which share a conserved hydrophobic N terminus that is a curved extended α-helix, α1, in X-ray crystal structures. Here we report a 1.44 Å crystal structure of the N. meningitidis major pilin PilE and a ∼6 Å cryo-electron microscopy reconstruction of the intact pilus, from which we built an atomic model for the filament. This structure reveals the molecular arrangement of the N-terminal α-helices in the filament core, including a melted central portion of α1 and a bridge of electron density consistent with a predicted salt bridge necessary for pilus assembly. This structure has important implications for understanding pilus biology.
履歴
登録2016年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月5日-
マップ公開2016年10月12日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5kua
  • 表面レベル: 0.45
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8287.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8287.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D cryo-EM reconstruction of Nm Type IV pilus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 200 pix.
= 210. Å		1.05 Å/pix.
x 100 pix.
= 105. Å		1.05 Å/pix.
x 100 pix.
= 105. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45 / ムービー #1: 0.45
最小 - 最大-0.39593023 - 0.9242279
平均 (標準偏差)0.073884055 (±0.20737447)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-100
サイズ100100200
Spacing100100200
セルA: 104.99999 Å / B: 104.99999 Å / C: 209.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z100100200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z105.000105.000210.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-100
NC/NR/NS100100200
D min/max/mean-0.3960.9240.074

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : pilus

全体名称: pilus
要素
  • 細胞器官・細胞要素: pilus
    • Other: pilin

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超分子 #1: pilus

超分子名称: pilus / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

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分子 #1: pilin

分子名称: pilin / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
配列文字列:
FTLIELMIVI AIVGILAAVA LPAYQDYTAR AQVSEAILLA EGQKSAVTEY YLNHGEWPGD NSSAGVATSA DIKGKYVQSV TVANGVITAQ MASSNVNNEI KSKKLSLWAK RQNGSVKWFC GQPVTRTTAT ATDVAAANGK TDDKINTKHL PSTCRDDSSA S

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 10.5
グリッドモデル: lacey / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 541 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 10.3 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 100.8 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 15586
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
Segment selection選択した数: 15586
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5kua:
Cryo-EM reconstruction of Neisseria meningitidis Type IV pilus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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