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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8287 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of Neisseria meningitidis Type IV pilus | |||||||||
![]() | 3D cryo-EM reconstruction of Nm Type IV pilus | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / pilus / cell adhesion / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å | |||||||||
![]() | Kolappan S / Coureuil M / Yu X / Nassif X / Craig L / Egelman EH | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Neisseria meningitidis Type IV pilus. 著者: Subramania Kolappan / Mathieu Coureuil / Xiong Yu / Xavier Nassif / Edward H Egelman / Lisa Craig / ![]() ![]() ![]() 要旨: Neisseria meningitidis use Type IV pili (T4P) to adhere to endothelial cells and breach the blood brain barrier, causing cause fatal meningitis. T4P are multifunctional polymers of the major pilin ...Neisseria meningitidis use Type IV pili (T4P) to adhere to endothelial cells and breach the blood brain barrier, causing cause fatal meningitis. T4P are multifunctional polymers of the major pilin protein, which share a conserved hydrophobic N terminus that is a curved extended α-helix, α1, in X-ray crystal structures. Here we report a 1.44 Å crystal structure of the N. meningitidis major pilin PilE and a ∼6 Å cryo-electron microscopy reconstruction of the intact pilus, from which we built an atomic model for the filament. This structure reveals the molecular arrangement of the N-terminal α-helices in the filament core, including a melted central portion of α1 and a bridge of electron density consistent with a predicted salt bridge necessary for pilus assembly. This structure has important implications for understanding pilus biology. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 138.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 299.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 299.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.5 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D cryo-EM reconstruction of Nm Type IV pilus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : pilus
全体 | 名称: pilus |
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要素 |
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-超分子 #1: pilus
超分子 | 名称: pilus / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: pilin
分子 | 名称: pilin / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: FTLIELMIVI AIVGILAAVA LPAYQDYTAR AQVSEAILLA EGQKSAVTEY YLNHGEWPGD NSSAGVATSA DIKGKYVQSV TVANGVITAQ MASSNVNNEI KSKKLSLWAK RQNGSVKWFC GQPVTRTTAT ATDVAAANGK TDDKINTKHL PSTCRDDSSA S |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 10.5 |
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グリッド | モデル: lacey / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 541 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 10.3 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 100.8 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 15586 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND3 |
Segment selection | 選択した数: 15586 |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-5kua: |