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- EMDB-8218: MicroED structure of xylanase at 2.3 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8218
タイトルMicroED structure of xylanase at 2.3 A resolution
マップデータXylanase
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Xylanase
    • タンパク質・ペプチド: Endo-1,4-beta-xylanase 2
  • リガンド: IODIDE ION
  • リガンド: water
キーワードHydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoderma reesei (菌類) / Hypocrea jecorina (菌類)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者de la Cruz MJ / Hattne J
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017
タイトル: Atomic-resolution structures from fragmented protein crystals with the cryoEM method MicroED.
著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P ...著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P Hinck / Guillermo Calero / David Eisenberg / Tamir Gonen /
要旨: Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from ...Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from pathologies that render them inappropriate for high-resolution structure determination. Here we show that fragmentation of large, imperfect crystals into microcrystals or nanocrystals can provide a simple path for high-resolution structure determination by the cryoEM method MicroED and potentially by serial femtosecond crystallography.
履歴
登録2016年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月22日-
マップ公開2016年6月22日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5k7p
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5k7p
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8218.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Xylanase
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.79 Å/pix.
x 61 pix.
= 69.812 Å		0.75 Å/pix.
x 67 pix.
= 48.161 Å		0.75 Å/pix.
x 71 pix.
= 59.752 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.75252 Å / Y: 0.7469 Å / Z: 0.79332 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.04 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.066510156 - 0.1118733
平均 (標準偏差)0.000108788234 (±0.018957304)
対称性空間群: 19
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-48-41-8
サイズ677161
Spacing648088
セルA: 48.1611 Å / B: 59.7521 Å / C: 69.812 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.7525156250.74690.79331818181818
M x/y/z648088
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z48.16159.75269.812
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-48-41-8
NX/NY/NZ677161
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-41-48-8
NC/NR/NS716761
D min/max/mean-0.0670.1120.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Xylanase

全体名称: Xylanase
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Xylanase
    • タンパク質・ペプチド: Endo-1,4-beta-xylanase 2
  • リガンド: IODIDE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Xylanase

超分子名称: Xylanase / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Trichoderma reesei (菌類)
分子量理論値: 21.035 KDa

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分子 #1: Endo-1,4-beta-xylanase 2

分子名称: Endo-1,4-beta-xylanase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endo-1,4-beta-xylanase
由来(天然)生物種: Hypocrea jecorina (菌類)
分子量理論値: 20.855467 KDa
配列文字列: QTIQPGTGYN NGYFYSYWND GHGGVTYTNG PGGQFSVNWS NSGNFVGGKG WQPGTKNKVI NFSGSYNPNG NSYLSVYGWS RNPLIEYYI VENFGTYNPS TGATKLGEVT SDGSVYDIYR TQRVNQPSII GTATFYQYWS VRRNHRSSGS VNTANHFNAW A QQGLTLGT ...文字列:
QTIQPGTGYN NGYFYSYWND GHGGVTYTNG PGGQFSVNWS NSGNFVGGKG WQPGTKNKVI NFSGSYNPNG NSYLSVYGWS RNPLIEYYI VENFGTYNPS TGATKLGEVT SDGSVYDIYR TQRVNQPSII GTATFYQYWS VRRNHRSSGS VNTANHFNAW A QQGLTLGT MDYQIVAVEG YFSSGSASIT VS

UniProtKB: Endo-1,4-beta-xylanase 2

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分子 #2: IODIDE ION

分子名称: IODIDE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: IOD
分子量理論値: 126.904 Da
Chemical component information

ChemComp-IOD:
IODIDE ION / ヨ-ジド

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 23 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 9
構成要素:
濃度式名称
0.3 MNaIsodium iodide
1.25 MNH4SO4ammonium sulfate
100.0 mMbicine
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 588 / 回折像の数: 588 / 平均露光時間: 4.1 sec. / 平均電子線量: 0.004 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1750 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Molecular replacementソフトウェア - 名称: MOLREP (ver. 11.4.05) / ソフトウェア - 詳細: Starting model PDB ID 2dfb
Symmetry determination software listソフトウェア - 名称: POINTLESS (ver. 1.10.21)
Merging software listソフトウェア - 名称: AIMLESS (ver. 0.5.25)
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 38699 / Number structure factors: 10664 / Fourier space coverage: 66.6 / R sym: 0.428 / R merge: 0.428 / Overall phase error: 29.95 / Overall phase residual: 44.49 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.9 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 2.3 Å / 殻 - Low resolution: 2.63 Å / 殻 - Number structure factors: 2285 / 殻 - Phase residual: 53.8 / 殻 - Fourier space coverage: 74.9 / 殻 - Multiplicity: 3.8

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2dfb


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-190 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-5k7p:
MicroED structure of xylanase at 2.3 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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