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タイトルAtomic-resolution structures from fragmented protein crystals with the cryoEM method MicroED.
ジャーナル・号・ページNat Methods, Vol. 14, Issue 4, Page 399-402, Year 2017
掲載日2017年2月13日
著者M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P Hinck / Guillermo Calero / David Eisenberg / Tamir Gonen /
PubMed 要旨Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from ...Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from pathologies that render them inappropriate for high-resolution structure determination. Here we show that fragmentation of large, imperfect crystals into microcrystals or nanocrystals can provide a simple path for high-resolution structure determination by the cryoEM method MicroED and potentially by serial femtosecond crystallography.
リンクNat Methods / PubMed:28192420 / PubMed Central
手法EM (電子線結晶学)
解像度1.1 - 2.9 Å
構造データ

8216

5k7n

EMDB-8216, PDB-5k7n:
MicroED structure of tau VQIVYK peptide at 1.1 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 1.1 Å

8217

5k7o

EMDB-8217, PDB-5k7o:
MicroED structure of lysozyme at 1.8 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 1.8 Å

8218

5k7p

EMDB-8218, PDB-5k7p:
MicroED structure of xylanase at 2.3 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 2.3 Å

8219

5k7q

EMDB-8219, PDB-5k7q:
MicroED structure of thaumatin at 2.5 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 2.5 Å

8220

5k7r

EMDB-8220, PDB-5k7r:
MicroED structure of trypsin at 1.7 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 1.7 Å

8221

5k7s

EMDB-8221, PDB-5k7s:
MicroED structure of proteinase K at 1.6 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 1.6 Å

8222

5k7t

EMDB-8222, PDB-5k7t:
MicroED structure of thermolysin at 2.5 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 2.5 Å

8472

5ty4

EMDB-8472, PDB-5ty4:
MicroED structure of a complex between monomeric TGF-b and its receptor, TbRII, at 2.9 A resolution
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-IOD:
IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM / ジメチルスルホキシド

ChemComp-IPA:
ISOPROPYL ALCOHOL / 2-プロパノ-ル / alkaloid*YM / 2-プロパノール

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • Chicken (ニワトリ)
  • Trichoderma reesei (菌類)
  • hypocrea jecorina (菌類)
  • thaumatococcus daniellii (植物)
  • Katemfe (植物)
  • bos taurus (ウシ)
  • Bovine (ウシ)
  • engyodontium album (菌類)
  • bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid (アミロイド) / HYDROLASE (加水分解酵素) / PLANT PROTEIN (植物) / Sweet protein (甘味) / TRANSFERASE (転移酵素)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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