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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8191 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A | |||||||||
![]() | Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A | |||||||||
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![]() | lactate dehydrogenase / small metabolic complex / small molecule inhibitor / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Pyruvate metabolism / Pyruvate metabolism / L-lactate dehydrogenase / carboxylic acid metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / carbohydrate metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Merk A / Bartesaghi A | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Breaking Cryo-EM Resolution Barriers to Facilitate Drug Discovery. 著者: Alan Merk / Alberto Bartesaghi / Soojay Banerjee / Veronica Falconieri / Prashant Rao / Mindy I Davis / Rajan Pragani / Matthew B Boxer / Lesley A Earl / Jacqueline L S Milne / Sriram Subramaniam / ![]() 要旨: Recent advances in single-particle cryoelecton microscopy (cryo-EM) are enabling generation of numerous near-atomic resolution structures for well-ordered protein complexes with sizes ≥ ∼200 kDa. ...Recent advances in single-particle cryoelecton microscopy (cryo-EM) are enabling generation of numerous near-atomic resolution structures for well-ordered protein complexes with sizes ≥ ∼200 kDa. Whether cryo-EM methods are equally useful for high-resolution structural analysis of smaller, dynamic protein complexes such as those involved in cellular metabolism remains an important question. Here, we present 3.8 Å resolution cryo-EM structures of the cancer target isocitrate dehydrogenase (93 kDa) and identify the nature of conformational changes induced by binding of the allosteric small-molecule inhibitor ML309. We also report 2.8-Å- and 1.8-Å-resolution structures of lactate dehydrogenase (145 kDa) and glutamate dehydrogenase (334 kDa), respectively. With these results, two perceived barriers in single-particle cryo-EM are overcome: (1) crossing 2 Å resolution and (2) obtaining structures of proteins with sizes < 100 kDa, demonstrating that cryo-EM can be used to investigate a broad spectrum of drug-target interactions and dynamic conformational states. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 19.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 169.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() | 19.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 505.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 505 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.495 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Map sharpened using a B-factor of -150
ファイル | emd_8191_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Map sharpened using a B-factor of -150 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A
全体 | 名称: Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A |
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要素 |
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-超分子 #1: Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A
超分子 | 名称: Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 145 KDa |
-分子 #1: L-lactate dehydrogenase B chain
分子 | 名称: L-lactate dehydrogenase B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: L-lactate dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 36.115656 KDa |
組換発現 | 生物種: Bacteria (unknown) |
配列 | 文字列: ATLKEKLITP VAAGSTVPSN KITVVGVGQV GMACAISILG KGLCDELALV DVLEDKLKGE MMDLQHGSLF LQTHKIVADK DYAVTANSK IVVVTAGVRQ QEGESRLNLV QRNVNVFKFI IPQIVKYSPN CTILVVSNPV DILTYVTWKL SGLPKHRVIG S GCNLDTAR ...文字列: ATLKEKLITP VAAGSTVPSN KITVVGVGQV GMACAISILG KGLCDELALV DVLEDKLKGE MMDLQHGSLF LQTHKIVADK DYAVTANSK IVVVTAGVRQ QEGESRLNLV QRNVNVFKFI IPQIVKYSPN CTILVVSNPV DILTYVTWKL SGLPKHRVIG S GCNLDTAR FRYLMAERLG IHPTSCHGWI LGEHGDSSVA VWSGVNVAGV SLQELNPAMG TDKDSENWKE VHKQVVESAY EV IRLKGYT NWAIGLSVAE LCETMLKNLY RVHSVSTLVK GTYGIENDVF LSLPCVLSAS GLTSVINQKL KDDEVAQLKK SAD TLWSIQ KDLKD UniProtKB: L-lactate dehydrogenase B chain |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 41 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: PBS / 詳細: Phosphate-buffered saline |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Plunged into liquid ethane (LEICE EM GP). |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 79.6 K / 最高: 79.8 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-29 / 実像数: 1707 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 101000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 270000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |