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Yorodumi- PDB-2o1x: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Deinococcus ra... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2o1x | |||||||||
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Title | 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Deinococcus radiodurans | |||||||||
Components | 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / thiamin / isoprenoid / dxs / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate | |||||||||
Function / homology | Function and homology information 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / chlorophyll biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans (radioresistant) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | |||||||||
Authors | Xiang, S. / Usunow, G. / Lange, G. / Busch, M. / Tong, L. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2007 Title: Crystal Structure of 1-Deoxy-D-xylulose 5-Phosphate Synthase, a Crucial Enzyme for Isoprenoids Biosynthesis. Authors: Xiang, S. / Usunow, G. / Lange, G. / Busch, M. / Tong, L. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2o1x.cif.gz | 840.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2o1x.ent.gz | 697.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2o1x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2o1x_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2o1x_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 2o1x_validation.xml.gz | 81.4 KB | Display | |
Data in CIF | 2o1x_validation.cif.gz | 108.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/2o1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/2o1x | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | Dimers of chains A/B and C/D |
-Components
#1: Protein | Mass: 67756.961 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans (radioresistant) Gene: dxs / Plasmid: pET28a / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21 (DE3) References: UniProt: Q9RUB5, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-TPP / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 100 mM Tris, pH7.5, 200 mM ammonium acetate, 150 mM NaCl, and 20% (w/v) PEG 6000 or PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4C / Wavelength: 0.9795 |
Detector | Type: MAR scanner 180 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 25, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→30 Å / Num. all: 65814 / Num. obs: 64098 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6571 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 96.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 37.282 / SU ML: 0.323 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.431 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.511 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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