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- EMDB-8191: Cryo-EM structure of lactate dehydrogenase (LDH) in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8191
タイトルCryo-EM structure of lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A
マップデータLactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A
試料
  • 複合体: Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A
    • タンパク質・ペプチド: L-lactate dehydrogenase B chain
  • リガンド: water
キーワードlactate dehydrogenase / small metabolic complex / small molecule inhibitor / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyruvate metabolism / Pyruvate metabolism / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / pyruvate metabolic process / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / mitochondrial inner membrane / membrane raft / mitochondrion ...Pyruvate metabolism / Pyruvate metabolism / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / pyruvate metabolic process / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / mitochondrial inner membrane / membrane raft / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L-lactate dehydrogenase B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Merk A / Bartesaghi A
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Breaking Cryo-EM Resolution Barriers to Facilitate Drug Discovery.
著者: Alan Merk / Alberto Bartesaghi / Soojay Banerjee / Veronica Falconieri / Prashant Rao / Mindy I Davis / Rajan Pragani / Matthew B Boxer / Lesley A Earl / Jacqueline L S Milne / Sriram Subramaniam /
要旨: Recent advances in single-particle cryoelecton microscopy (cryo-EM) are enabling generation of numerous near-atomic resolution structures for well-ordered protein complexes with sizes ≥ ∼200 kDa. ...Recent advances in single-particle cryoelecton microscopy (cryo-EM) are enabling generation of numerous near-atomic resolution structures for well-ordered protein complexes with sizes ≥ ∼200 kDa. Whether cryo-EM methods are equally useful for high-resolution structural analysis of smaller, dynamic protein complexes such as those involved in cellular metabolism remains an important question. Here, we present 3.8 Å resolution cryo-EM structures of the cancer target isocitrate dehydrogenase (93 kDa) and identify the nature of conformational changes induced by binding of the allosteric small-molecule inhibitor ML309. We also report 2.8-Å- and 1.8-Å-resolution structures of lactate dehydrogenase (145 kDa) and glutamate dehydrogenase (334 kDa), respectively. With these results, two perceived barriers in single-particle cryo-EM are overcome: (1) crossing 2 Å resolution and (2) obtaining structures of proteins with sizes < 100 kDa, demonstrating that cryo-EM can be used to investigate a broad spectrum of drug-target interactions and dynamic conformational states.
履歴
登録2016年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月8日-
マップ公開2016年6月8日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00574
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00574
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5k0z
  • 表面レベル: 0.00574
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8191.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8191.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.5 Å/pix.
x 180 pix.
= 89.1 Å		0.5 Å/pix.
x 180 pix.
= 89.1 Å		0.5 Å/pix.
x 180 pix.
= 89.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.495 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00574 / ムービー #1: 0.00574
最小 - 最大-0.009958491 - 0.020634288
平均 (標準偏差)0.0008012398 (±0.0030885048)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 89.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.4950.4950.495
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z89.10089.10089.100
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0100.0210.001

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添付データ

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追加マップ: Map sharpened using a B-factor of -150

ファイルemd_8191_additional.map
注釈Map sharpened using a B-factor of -150
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A

全体名称: Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A
要素
  • 複合体: Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A
    • タンパク質・ペプチド: L-lactate dehydrogenase B chain
  • リガンド: water

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超分子 #1: Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A

超分子名称: Lactate dehydrogenase (LDH) in complex with GSK2837808A
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 145 KDa

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分子 #1: L-lactate dehydrogenase B chain

分子名称: L-lactate dehydrogenase B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: L-lactate dehydrogenase
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 36.115656 KDa
組換発現生物種: Bacteria (unknown)
配列文字列: ATLKEKLITP VAAGSTVPSN KITVVGVGQV GMACAISILG KGLCDELALV DVLEDKLKGE MMDLQHGSLF LQTHKIVADK DYAVTANSK IVVVTAGVRQ QEGESRLNLV QRNVNVFKFI IPQIVKYSPN CTILVVSNPV DILTYVTWKL SGLPKHRVIG S GCNLDTAR ...文字列:
ATLKEKLITP VAAGSTVPSN KITVVGVGQV GMACAISILG KGLCDELALV DVLEDKLKGE MMDLQHGSLF LQTHKIVADK DYAVTANSK IVVVTAGVRQ QEGESRLNLV QRNVNVFKFI IPQIVKYSPN CTILVVSNPV DILTYVTWKL SGLPKHRVIG S GCNLDTAR FRYLMAERLG IHPTSCHGWI LGEHGDSSVA VWSGVNVAGV SLQELNPAMG TDKDSENWKE VHKQVVESAY EV IRLKGYT NWAIGLSVAE LCETMLKNLY RVHSVSTLVK GTYGIENDVF LSLPCVLSAS GLTSVINQKL KDDEVAQLKK SAD TLWSIQ KDLKD

UniProtKB: L-lactate dehydrogenase B chain

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 41 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: PBS / 詳細: Phosphate-buffered saline
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Plunged into liquid ethane (LEICE EM GP).

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 79.6 K / 最高: 79.8 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-29 / 実像数: 1707 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 101000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 270000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 508402
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.10)
詳細: The primary map in this entry corresponds to the uncorrected reconstruction. A version sharpened using a B-factor of -150 is provided as additional volume data.
使用した粒子像数: 50865
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.10)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.10)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1i0z


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5k0z:
Cryo-EM structure of lactate dehydrogenase (LDH) in inhibitor-bound state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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