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万見
- PDB-7sgl: DNA-PK complex of DNA end processing -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sgl
タイトルDNA-PK complex of DNA end processing
要素
  • (X-ray repair cross-complementing protein ...) x 2
  • DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
  • Hairpin_1
  • Protein artemis
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / endonuclease / Kinase / complex / DNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of platelet formation / Ku70:Ku80 complex / T cell receptor V(D)J recombination / negative regulation of t-circle formation / pro-B cell differentiation / DNA end binding / single-stranded DNA endonuclease activity / DNA-dependent protein kinase activity / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation ...positive regulation of platelet formation / Ku70:Ku80 complex / T cell receptor V(D)J recombination / negative regulation of t-circle formation / pro-B cell differentiation / DNA end binding / single-stranded DNA endonuclease activity / DNA-dependent protein kinase activity / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / histone H2AXS139 kinase activity / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / immature B cell differentiation / V(D)J recombination / regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to X-ray / regulation of epithelial cell proliferation / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / nuclear telomere cap complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / telomere capping / IRF3-mediated induction of type I IFN / 5'-3' exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of telomere maintenance / recombinational repair / protein localization to chromosome, telomeric region / U3 snoRNA binding / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of neurogenesis / maturation of 5.8S rRNA / T cell lineage commitment / cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / 2-LTR circle formation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / B cell lineage commitment / hematopoietic stem cell proliferation / response to ionizing radiation / telomeric repeat DNA binding / negative regulation of protein phosphorylation / DNA 3'-5' helicase / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / hematopoietic stem cell differentiation / ectopic germ cell programmed cell death / ATP-dependent activity, acting on DNA / somitogenesis / telomere maintenance via telomerase / interstrand cross-link repair / site of DNA damage / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / activation of innate immune response / neurogenesis / positive regulation of erythrocyte differentiation / B cell differentiation / telomere maintenance / cyclin binding / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / protein modification process / DNA helicase activity / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to leukemia inhibitory factor / response to gamma radiation / positive regulation of translation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / small-subunit processome / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / regulation of circadian rhythm / brain development / double-strand break repair via nonhomologous end joining / protein destabilization / enzyme activator activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to insulin stimulus / T cell differentiation in thymus / rhythmic process / double-strand break repair / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / heart development / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / scaffold protein binding / DNA recombination / secretory granule lumen / transcription regulator complex / ficolin-1-rich granule lumen / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein phosphorylation / adaptive immune response / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein kinase activity / chromosome, telomeric region / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 分子機能
Ku70; Chain: A; domain 4 / Ku70; Chain: A; domain 4 - #10 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, catalytic domain / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC5 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-PKcs, CC5 / DNA-PKcs, N-terminal ...Ku70; Chain: A; domain 4 / Ku70; Chain: A; domain 4 - #10 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, catalytic domain / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC5 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-PKcs, CC5 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / NUC194 / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Rossmann fold - #12650 / von Willebrand factor, type A domain / DNA repair metallo-beta-lactamase / DNA repair metallo-beta-lactamase / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein Ku70 / DNA repair protein Ku80 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / Protein artemis
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Liu, L. / Li, J. / Chen, X. / Yang, W. / Gellert, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)M.G., DK036167 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)W.Y., DK036147 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK036144 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Autophosphorylation transforms DNA-PK from protecting to processing DNA ends.
著者: Lan Liu / Xuemin Chen / Jun Li / Huaibin Wang / Christopher J Buehl / Noah J Goff / Katheryn Meek / Wei Yang / Martin Gellert /
要旨: The DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) initially protects broken DNA ends but then promotes their processing during non-homologous end joining (NHEJ). Before ligation by NHEJ, DNA hairpin ends ...The DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) initially protects broken DNA ends but then promotes their processing during non-homologous end joining (NHEJ). Before ligation by NHEJ, DNA hairpin ends generated during V(D)J recombination must be opened by the Artemis nuclease, together with autophosphorylated DNA-PK. Structures of DNA-PK bound to DNA before and after phosphorylation, and in complex with Artemis and a DNA hairpin, reveal an essential functional switch. When bound to open DNA ends in its protection mode, DNA-PK is inhibited for cis-autophosphorylation of the so-called ABCDE cluster but activated for phosphorylation of other targets. In contrast, DNA hairpin ends promote cis-autophosphorylation. Phosphorylation of four Thr residues in ABCDE leads to gross structural rearrangement of DNA-PK, widening the DNA binding groove for Artemis recruitment and hairpin cleavage. Meanwhile, Artemis locks DNA-PK into the kinase-inactive state. Kinase activity and autophosphorylation of DNA-PK are regulated by different DNA ends, feeding forward to coordinate NHEJ events.
履歴
登録2021年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-25113
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
B: X-ray repair cross-complementing protein 6
C: X-ray repair cross-complementing protein 5
D: Protein artemis
E: Hairpin_1
F: Hairpin_1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)737,06212
ポリマ－735,7576
非ポリマー1,3066
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / DNA-PK catalytic subunit / DNA-PKcs / DNPK1 / p460


分子量: 469993.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P78527, non-specific serine/threonine protein kinase
#4: タンパク質 Protein artemis / DNA cross-link repair 1C protein / Protein A-SCID / SNM1 homolog C / hSNM1C / SNM1-like protein


分子量: 79479.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCLRE1C, ARTEMIS, ASCID, SCIDA, SNM1C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q96SD1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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X-ray repair cross-complementing protein ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 6 / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP- ...5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II 70 kDa subunit / CTC box-binding factor 75 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC6 / Lupus Ku autoantigen protein p70 / Ku70 / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6


分子量: 70198.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC6, G22P1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素- ...参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#3: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 5 / 86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase ...86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase II 80 kDa subunit / CTC box-binding factor 85 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC5 / Ku80 / Ku86 / Lupus Ku autoantigen protein p86 / Nuclear factor IV / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining)


分子量: 82812.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC5, G22P2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P13010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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DNA鎖 , 1種, 2分子 EF

#5: DNA鎖 Hairpin_1


分子量: 16636.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 6分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of DNA-PKcs, KU70, Ku80, Artemis and DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.72 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid1
2100 mMPotassium chlorideKCl1
31 mMDithiothreitol1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 55.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4Gctf1.06CTF補正
10RELION3.1.0初期オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161380 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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