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万見
- PDB-7rh5: Mycobacterial CIII2CIV2 supercomplex, Inhibitor free -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rh5
タイトルMycobacterial CIII2CIV2 supercomplex, Inhibitor free
要素
  • (Cytochrome aa3 subunit ...) x 2
  • (Cytochrome bc1 complex cytochrome ...) x 2
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
  • Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 4
  • LpqE protein
  • Putative conserved transmembrane protein
  • Superoxide dismutase [Cu-Zn]
  • Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Electron transport chain / CIII2CIV2 supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / : / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle ...Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / : / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9XX / Chem-9Y0 / Chem-9YF / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 ...Chem-9XX / Chem-9Y0 / Chem-9YF / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 / PALMITIC ACID / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Uncharacterized protein / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / cytochrome-c oxidase / LpqE protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Di Trani, J.M. / Yanofsky, D.J. / Rubinstein, J.L.
資金援助 カナダ, スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)JT162186 カナダ
Knut and Alice Wallenberg Foundation2019.0043 スウェーデン
Swedish Research Council2018-04619 スウェーデン
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structure of mycobacterial CIIICIV respiratory supercomplex bound to the tuberculosis drug candidate telacebec (Q203).
著者: David J Yanofsky / Justin M Di Trani / Sylwia Król / Rana Abdelaziz / Stephanie A Bueler / Peter Imming / Peter Brzezinski / John L Rubinstein /
要旨: The imidazopyridine telacebec, also known as Q203, is one of only a few new classes of compounds in more than 50 years with demonstrated antituberculosis activity in humans. Telacebec inhibits the ...The imidazopyridine telacebec, also known as Q203, is one of only a few new classes of compounds in more than 50 years with demonstrated antituberculosis activity in humans. Telacebec inhibits the mycobacterial respiratory supercomplex composed of complexes III and IV (CIIICIV). In mycobacterial electron transport chains, CIIICIV replaces canonical CIII and CIV, transferring electrons from the intermediate carrier menaquinol to the final acceptor, molecular oxygen, while simultaneously transferring protons across the inner membrane to power ATP synthesis. We show that telacebec inhibits the menaquinol:oxygen oxidoreductase activity of purified CIIICIV at concentrations similar to those needed to inhibit electron transfer in mycobacterial membranes and growth in culture. We then used electron cryomicroscopy (cryoEM) to determine structures of CIIICIV both in the presence and absence of telacebec. The structures suggest that telacebec prevents menaquinol oxidation by blocking two different menaquinol binding modes to prevent CIIICIV activity.
履歴
登録2021年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年8月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年11月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / database_2 / em_entity_assembly_naturalsource / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_entity_assembly_naturalsource.organism / _em_entity_assembly_naturalsource.strain / _em_software.category / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_name_com.entity_id / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_poly_seq.num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end
解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.22025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24455
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Cytochrome c oxidase subunit 1
E: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
F: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
L: Cytochrome c oxidase subunit 1
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
G: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
Q: Cytochrome aa3 subunit 2
S: Cytochrome aa3 subunit 3
T: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
U: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ
V: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
P: Putative conserved transmembrane protein
O: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
K: Cytochrome aa3 subunit 2
X: Cytochrome aa3 subunit 3
Z: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
a: Cytochrome c oxidase subunit CtaJ
b: Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575
J: Putative conserved transmembrane protein
c: LpqE protein
I: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
Y: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
W: LpqE protein
M: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)724,11590
ポリマ－670,78624
非ポリマー53,32966
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 4分子 RLUa

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 63296.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: cytochrome-c oxidase
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit CtaJ


分子量: 8365.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FQK8

-
Cytochrome bc1 complex cytochrome ... , 2種, 4分子 EFOI

#2: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrB


分子量: 59110.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FGS8, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit


分子量: 23183.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FPH1, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 6種, 12分子 DGTZVbPJcWYM

#3: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 21221.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7G2H6, superoxide dismutase
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome aa3 subunit 4 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 15177.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FPH7, cytochrome-c oxidase
#8: タンパク質 Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575


分子量: 14808.747 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R1B5
#9: タンパク質 Putative conserved transmembrane protein


分子量: 11329.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
#11: タンパク質 LpqE protein


分子量: 16412.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7GFE1
#12: タンパク質 Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrA


分子量: 42210.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7GD61

-
Cytochrome aa3 subunit ... , 2種, 4分子 QKSX

#4: タンパク質 Cytochrome aa3 subunit 2


分子量: 38077.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7GD63, cytochrome-c oxidase
#5: タンパク質 Cytochrome aa3 subunit 3 / Probable cytochrome c oxidase subunit 3


分子量: 22196.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R049

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非ポリマー , 11種, 66分子

#13: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#17: 化合物
ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2
#18: 化合物
ChemComp-9Y0 / (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate


分子量: 717.996 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P
#19: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#20: 化合物
ChemComp-9XX / (2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate / (S)-1-(palmitoyloxy)propan-2-yl (S)-10-methyloctadecanoate


分子量: 594.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H74O4
#21: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#22: 化合物
ChemComp-9YF / (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate


分子量: 853.112 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85O13P
#23: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Respiratory supercomplex CIII2CIV2SOD2 from Mycobacterium smegmatis
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 43.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150885 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00450298
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.63268278
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.4998308
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.17246
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0078508

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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